Este programita generado por Lander y colaboradores en 1987, es uno de los más utilizados (si no es el que más). Es un software basado en MS-DOS que se basa en cálculos matemáticos para generar mapas genéticos. Simplemente la función que realiza es ordenar mediante cálculos de frecuencias alélicas, los marcadores (porciones de ADN que pueden ser o no genes) para formar los distintos grupos de ligamiento (que posteriormente podremos asignarles cromosomas). Estas operaciones serían casi imposibles por el tiempo que llevarían hacerlas a mano. Tan sólo hay un método que puede (y digo puede) ser más sencillo y realizarse a mano: el Color Mapping o mapeo por color. Pero eso será otro cantar.
Intentaré hacer un tutorial sobre la utilización del programa. Lo que sí quería destacar son las peculiaridades del programita. Al ser un MS-DOS (por lo tanto hablamos de estar trabajando en Windows), el acceso y ejecución de órdenes tiene que ser por teclado. Lo primero de todo es el formato del archivo y su ubicación. Todo tiene que estar dentro del mismo directorio que el ejecutable. Y el archivo para trabajar tiene que estar en formato .RAW. Ese archivo es un simple archivo de texto cuya extensión de cambia a .raw. Para generar un archivo con la matriz de datos recopilados, tan sólo hay que copiar de excel todas las celdas y pegar en el bloc de notas. El encabezado de los datos del archivo tiene que tener una nomenclatura y orden preciso. Es necesario porque si no el programa dará error a la hora de leer el archivo. Ese encabezado debe estar en la parte superior del archivo y tiene esta pinta:
data type f2 intercross
113 174 0
donde se observa que los tipos de datos son una población F2 y que hay 113 individuos en los que se analizan 174 marcadores.
Estas son las nociones básicas para poder arrancar el programa y los datos que se han obtenido en la experimentación. Espero que haya servido de algo.
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