alineamientos archivos - Raúl de la Puente

Hace unos días me llegó la noticia de que la herramienta dedicada a las búsquedas BLAST en el NCBI se había actualizado ofreciendo novedades.
Al obtener los resultados aparece en la parte superior un enlace a un nuevo tipo de informe “View these results in the new enhanced report” junto otro enlace a un video de YouTube donde se detallan las nuevas opciones.

Entre ellas cabe destacar por su utilidad, la posibilidad de descargar únicamente las regiones de las secuencias de la base de datos que alinean con la nuestra, así como ver gráficamente alineamientos múltiples. Os animo a ver dicho vídeo explicativo de tres minutos:

[youtube]http://www.youtube.com/watch?v=yfITRIk34Js[/youtube]

Doy las gracias al Dr. Carlos Polanco del área de Genética de la Universidad de León por seguir enviando esos correos que ayudan a estar al día de estas pequeñas grandes cosas.

Ya era hora de que saliera un jueguecito para los que analizamos secuencias. Se trata de Phylo (su nombre completo es ‘Phylo: A Human Computing Framework for Comparative Genomics’), que es un juego creado en flash (sí, como esos juegos en los que se cuidan animales y tal ;-D) consistente en alineamientos de secuencias. Trata de enseñar cómo alinear secuencias gracias a unas cajitas de colores que sustituyen los valores reales de ADN, ARN y proteínas (nucleótidos y aminoácidos para ser más exactos). El alineamiento que puede tocar puede ser por lo tanto tanto secuencias de ADN como de ARN como proteínicas. Para iniciarse en esto de los alineamientos y comprender un poco el “tema” no está mal. Tiene varios niveles y se juegan con especies más o menos emparentadas que generarán alineamientos más o menos complejos. También aumenta la dificultad con un temporizador para cada alineamiento.

El juego-puzzle ha sido desarrollado por el Departamento de Bioinformática de la Universidad McGill de Canadá. Se puede jugar contra la CPU o contra otros jugadores (previo registro) e incluso tus resultados pueden ser enviados a la Universidad de California para que puedan ser cotejados por ellos. Según dicen, esas secuencias del juego son ejemplos reales y que pueden servir los alineamientos conseguidos para avanzar en investigaciones basadas en análisis de secuencias.

Tendría que dedicar unos cuantos artículos para poder explicar claramente cómo se alinean secuencias y todos los programas que se pueden usar y las variables para que el alineamiento sea más efectivo. Pero no está mal juguetear un poco para sacar las primeras impresiones. Y tranquilos, seguro que más de uno se vuelve un poco loco.

Enlace al juego

Escuchando: Los Danko

Novedades en las búsquedas BLAST

Jugando a alinear secuencias con Phylo