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Raúl de la Puente

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ARN

Laboratorio COVID 5: El ARN más famoso con una pizca de grafeno

Quinto episodio de Laboratorio COVID con tintes culinarios debido a la mezcla de actualidad y nuestra temática en el pódcast de esta semana. Las puertas abiertas resolviendo las PCRs, un Vórtex breve pero aclarando temas médicos, la centrífuga más densa con un ARN que ya lo conoce todo el mundo y, en las preguntas y respuestas, Nazario nos acompaña como siempre. Además, no la liamos con los micros y sólo existe el problema del ruido fondo ya típico de nuestra sala del café.

Esta es la imagen que ayudará a comprender el tema de la centrífuga: Ciclo vital del SARS-CoV-2 por IBS

Y este es el pódcast recomendado de esta semana: https://www.ivoox.com/podcast-podcast-podcast-luces-horizonte_sq_f146734_1.html

Aquí las localizaciones de las secciones del programa en el audio:

Puertas Abiertas 00:47

El Vórtex 10:20

Preguntas y Respuestas 16:46

La Centrífuga 24:30

Sala Del Café 30:06

Despedida y Cierre 41:05

Como siempre, os damos las gracias a todos por escucharnos y por difundir el programa a diestro y siniestro. Así que comenta tus opiniones, aventuras y desventuras aquí, en la web, o en las distintas plataformas de podcasting, en Telegram o en Twitter o en Facebook…incluso en Instagram. Y ¡Compártelo!.

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Métodos de contacto del podcast:

email: laboratoriocovid@protonmail.com

Telegram: https://t.me/laboratoriocovid

Twitter: https://twitter.com/labcovidpodcast

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https://rauldelapuente.com/wp-content/uploads/2021/04/Laboratorio-COVID-5-El-ARN-mas-Famoso-Con-Una-Pizca-De-Grafeno-.mp3

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Laboratorio COVID 4: Metiendo el ARN en nuestro cuerpo

Cuarto episodio de Laboratorio COVID donde nos pasamos hasta con el tiempo. Una hora de programa con nuestras puertas abiertas para mostrar la preparación de la PCR, abriremos paso a un vórtex cargado para mezclar temas de referencia COVID. La sección de preguntas dará paso a la centrífuga donde explicamos como estamos metiendo el ARN del virus en nuestro cuerpo sin ningún riesgo. Y la sala del café de lo más real.

Enlaces que mencionamos en el programa:

-Documentos en Github.com con el ARNm de la vacuna de Moderna https://github.com/NAalytics/Assemblies-of-putative-SARS-CoV2-spike-encoding-mRNA-sequences-for-vaccines-BNT-162b2-and-mRNA-1273/blob/main/Assemblies%20of%20putative%20SARS-CoV2-spike-encoding%20mRNA%20sequences%20for%20vaccines%20BNT-162b2%20and%20mRNA-1273.docx.pdf

– Hilo de Twitter con las correlaciones entre estados mentales y la pandemia https://twitter.com/victorianoi/status/1379184540091084803

-Podcast recomendado: El garaje del DeLorean https://www.ivoox.com/podcast-garaje-del-delorean_sq_f171557_amp_1.html

Estas son las localizaciones de las secciones del programa en el audio:

Puertas Abiertas 01:02

El Vórtex 10:30

Preguntas y Respuestas 22:45

La Centrífuga 28:43

Sala Del Café 38:54

Despedida y Cierre 59:31

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Laboratorio COVID 3: Entre CTs anda el juego

Tercer episodio de Laboratorio COVID y ya hemos cogido el ritmo. Tras nuestras puertas abiertas dirigidas a la extracción del ARN, abriremos paso a un vórtex cargado para mezclar temas de referencia COVID. Un par de preguntas que darán paso a la centrífuga que muestra que entre CTs anda el juego de los diagnósticos. Esta vez tendremos una sala del café de lo más virtual.

Enlaces que mencionamos en el programa:

-Entrevista a Luis Enjuanes del CSIC https://www.csic.es/es/actualidad-del-csic/luis-enjuanes-vamos-por-una-vacuna-intranasal-y-de-una-sola-dosis-muy-potente

-Imagen de una curva de amplificación donde se explica las CTs https://rauldelapuente.com/wp-content/uploads/2021/03/LaboratorioCOVID-grafica-qpcr-ct.jpeg

-Podcast recomendado: Coffee Break señal y ruido http://vivaldi.ll.iac.es/proyecto/coffeebreak/

Estas son las localizaciones de las secciones del programa en el audio:

Puertas Abiertas 01:05

El Vórtex 08:41

Preguntas y Respuestas 16:45

La Centrífuga 20:27

Sala Del Café 28:38

Despedida y Cierre 37:07

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Virus ARN y su transmisión vía polen

Abeja transportando polen
Abeja transportando polen
Conocemos de sobra la labor de las comunidades animales polinizadores como las abejas. Ese trabajo que hacen en favor de la naturaleza así como al desarrollo de la agricultura. Pero también tiene un lado oscuro: portan virus ARN nocivos para su propia supervivencia.

Diana Cox-Foster, co-autora de este estudio y profesora de entomología en la Universidad de Pennsylvania State, dice que las poblaciones de polinizadores han disminuido por diversas razones. Una de ellas son los virus ARN (son virus que tienen ARN= ácido ribonucleico como material genético o que necesitan de ese ARN para su proceso de replicación), que se están convirtiendo en una seria amenaza para la supervivencia de estos insectos ya que se ha observado una fuerte relación entre estos virus y el descenso de ciertas colonias de abejas.
Los investigadores estudiaron la distribución viral en gránulos de polen de abejas y otros polinizadores de las plantas con flores en Pennsylvania, Nueva York e Illinois en los Estados Unidos. “Por primera vez, los virus ARN como el virus de las alas deformadas se detectaron en gránulos de polen recogidos directamente por las abejas forrajeras”, dijo Cox-Foster. “Pellets de polen de varias abejas forrajeras no infectadas fueron detectados con el virus, lo que indica que el virus se puede alojar y transmitir por el polen. Se demostró que tanto el polen como la miel almacenada en la colmena de estas abejas eran infecciosas. Incluso se probó a dar alimento infectado a la reina de la colonia para comprobar esa transmisión de la infección a los huevos”.
La detección de los virus de ARN en otros polinizadores, como abejas, abejorros, abejas y avispas solitarias, sugiere que los virus podrían tener un impacto más profundo en la salud del ecosistema, dado que estos polinizadores son esenciales para la mayoría de las plantas de producción de semilla, así como de la producción de frutas, nueces, bayas y verduras. Los hallazgos son importantes para la comunidad pública y científica en todo el mundo, dado el papel de los polinizadores en la agricultura y el medio ambiente y la reciente disminución de polinizadores nativos. Los resultados plantean también cuestiones de bioseguridad porque se importa el polen en muchos países para alimentar a las abejas utilizadas en la polinización agrícola.

Referencia: Singh R, Levitt AL, Rajotte EG, Holmes EC, Ostiguy N, et al. 2010 RNA Viruses in Hymenopteran Pollinators: Evidence of Inter-Taxa Virus Transmission via Pollen and Potential Impact on Non-Apis Hymenopteran Species. PLoS ONE 5(12): e14357. doi:10.1371/journal.pone.0014357

Jugando a alinear secuencias con Phylo

Logo de Phylo
Ya era hora de que saliera un jueguecito para los que analizamos secuencias. Se trata de Phylo (su nombre completo es ‘Phylo: A Human Computing Framework for Comparative Genomics’), que es un juego creado en flash (sí, como esos juegos en los que se cuidan animales y tal ;-D) consistente en alineamientos de secuencias. Trata de enseñar cómo alinear secuencias gracias a unas cajitas de colores que sustituyen los valores reales de ADN, ARN y proteínas (nucleótidos y aminoácidos para ser más exactos). El alineamiento que puede tocar puede ser por lo tanto tanto secuencias de ADN como de ARN como proteínicas. Para iniciarse en esto de los alineamientos y comprender un poco el “tema” no está mal. Tiene varios niveles y se juegan con especies más o menos emparentadas que generarán alineamientos más o menos complejos. También aumenta la dificultad con un temporizador para cada alineamiento.

Ejemplo del juego Phylo
Ejemplo del juego Phylo

El juego-puzzle ha sido desarrollado por el Departamento de Bioinformática de la Universidad McGill de Canadá. Se puede jugar contra la CPU o contra otros jugadores (previo registro) e incluso tus resultados pueden ser enviados a la Universidad de California para que puedan ser cotejados por ellos. Según dicen, esas secuencias del juego son ejemplos reales y que pueden servir los alineamientos conseguidos para avanzar en investigaciones basadas en análisis de secuencias.

Tendría que dedicar unos cuantos artículos para poder explicar claramente cómo se alinean secuencias y todos los programas que se pueden usar y las variables para que el alineamiento sea más efectivo. Pero no está mal juguetear un poco para sacar las primeras impresiones. Y tranquilos, seguro que más de uno se vuelve un poco loco.

Enlace al juego

Escuchando: Los Danko

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