Mapa mundial de la expresión génica

Mediante la integración de datos de expresión genética de una variedad sin precedentes de muestras de tejido humano, Alvis Brazma y su equipo en el Instituto Europeo de Bioinformática de la European Molecular Biology Laboratory (EMBL), y sus colaboradores han producido por primera vez un mapa mundial de la expresión génica. El análisis completo de este punto de vista único de las actividades genéticas que determinan nuestra apariencia, la función y el comportamiento se publicó en Nature Biotechnology.
El análisis de los datos utilizados a partir de 163 laboratorios en todo el mundo tiene la participación de 5.372 muestras de diversos tejidos humanos, tipos celulares y enfermedades. Mediante la integración de estos datos a gran escala se ha podido crear una nueva forma de estudiar la expresión génica. El análisis se muestra como un mapa en el que se subdivide expresión genética humana en seis grandes grupos diferenciados o “continentes (ver imagen y cliquear en ella para agrandar). Los continentes han sido generados mediante la agrupación de las muestras con las mismas firmas de expresión génica. Esto estableció la identidad de los seis grupos: el cerebro, los músculos, un grupo hematopoyético, tejidos sólidos tumorales y sanos, líneas celulares derivadas de tejidos sólidos y células parcialmente diferenciadas. Al visualizar estos subconjuntos en 3D, se pueden hacer comparaciones sobre el grado de similitud en los perfiles de expresión genética en cada agrupación. Por ejemplo, el análisis de los continentes mostraron que las líneas celulares suelen ser más similares entre sí que a su tejido de origen.

Fuente: Nature biotechnology