Next-generation DNA sequencing methods

Nuevo secuenciador: HiSeq 2000

Esta semana ha sido presentado el nuevo “next-generation DNA sequencing method”, que ya se ha clasificado como de segunda generación: el Seq2000. Es de Illumina. Hay dos cambios importantes. El aumento del número de datos obtenidos pasa de 3Gb de datos por análisis a 200Gb. Y el área de análisis también se ha aumentado considerablemente. Eso es lo que se ha publicado recientemente. Pero he podido comprobar que el manejo de datos y análisis posterior podría generar problemas de tamaño, ya que incluso se comenta que para trabajar sin restricciones se deberían tener discos duros de 32 Terabytes. Alucinante.
La interfaz con el usuario también ha sido mejorada, pudiendo introducir datos mediante teclado o también gracias a la pantalla táctil.
Los precios de los que se hablan es de 650.000$ por el secuenciador y 10.000$ por los componentes y todo lo necesario para su funcionamiento. Lo bueno es que parece que hay cierta subvención a los propietarios de los aparatos Illumina anteriores a este.
Todavía no se habían instaurado los “antiguos” secuenciadores y ya hay más novedades. Y lo mejor creo que está por llegar en breve.

Fuente: Pathogenomics

Alianzas para la secuenciación

Según se anunció el pasado día 23, DNAVision (la mayor compañía proveedora de sistemas de secuenciación de última generación en Europa) y El Instituto de Genómica de Pekín (Beijing Genomics Insitute, que es el tercer centro más grande en estudios de genómica del mundo) se han aliado finalmente para mejorar su posición en el campo de la secuenciación de próxima generación ó “Next generation sequencing”. Es una alianza totalmente estratégica viendo el potencial de las firmas asiáticas.
DNAVision suministra tecnología de secuenciación para los sistemas Illumina y Roche GS FLX. Desde hace un tiempo ya se lleva anunciando estos sistemas (junto con el SOLiD de Applied Biosystems) como métodos de próxima generación. En realidad son actuales. Todos ellos se basan en la obtención de multitud de secuencias que generan un gran “pool” de datos, pasando de hablar de Megabytes a Gigabytes de información. Ahora se debería hablar del sistema IBM transistor como el Next Generation Sequencing Method principal.
Impresionante el avance de estos últimos 10 años. Dentro de poco casi podremos pedirla secuenciación de nuestro genoma como un análisis rutinario en la seguridad social XDD.

Fuente: Oncogenetics.org

A la caza de variación genética

Después de varios años utilizando como marcadores moleculares los desfasados RFLPs, RAPDs y AFLPs, he podido saber de buena tinta que el futuro pasa de largo por los muy utilizados microsatélites (SSRs) y que va directo a los SNPs. Todo esto se debe, claro, a la aplicación que están teniendo estos marcadores en genética humana. Pero, sobre todo, el gran avance se debe a las tecnologías nuevas a la hora de su detección. Los “Next-generation DNA sequencing methods” son los verdaderos culpables del avance científico a la hora de hallar nuevas variaciones en el DNA.
De todas formas, estamos esperando nuevas tecnologías que permitan una secuenciación parecida a la basada en los métodos convencionales de Sanger, pero con mucha más precisión y obteniendo secuencias más grandes que 600 pares de bases (número de bases en los que estos métodos tienen menor número de errores).
La ciencia sigue siendo paciencia en un 95%.

Escuchando: Vera-Ibiza.com podcast