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Raúl de la Puente

el espacio web de @DoctorGenoma

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Sobre el uso de la sangre materna para saber el genoma del feto

Descifrando el genoma del fetoEl pasado 8 de Diciembre, en la revista Science Translational Medicine se publicó cierto avance sobre el diagnóstico de enfermedades genéticas gracias a la obtención del genoma del feto mediante al análisis de la sangre de la madre. El estudio revela que hay una cierta cantidad de ADN del futuro hijo en el plasma de la sangre materna. Este ADN está degradado y por lo tanto son multitud de fragmentos “flotando” por ese suero sanguíneo.

Las avanzadas técnicas de secuenciación que ya hemos comentado en el blog, permiten el análisis de una gran cantidad de fragmentos y los programas bioinformáticos permiten ordenar esas secuencias. Los estudios para desenmascarar ese ADN del feto son muy exhaustivos y costosos (por ahora), pero se espera que en un futuro no muy lejano los costes se abaraten y sea una prueba que permita eliminar métodos invasivos como la amniocentesis para detectar enfermedades hereditarias.
El estudio se comprobó mediante un análisis a una pareja que podría dotar a su todavía no nato hijo la enfermedad de la beta-talasemia. Gracias a la comparativa del ADN de la madre y del padre junto con el obtenido del plasma sanguíneo comprobaron que la técnica permitía averiguar con certeza si el hijo tendría esa herencia perjudicial para su salud. Recordando un poco de genética, ese gen causante de la beta-talasemia está envuelto en la formación de la hemoglobina y que provoca un bajo rendimiento en la toma de oxígeno. Su herencia es clásica (si los padres son portadores del alelo mutado o malo) con un 25% de probabilidades de que herede los dos alelos “buenos”, un 50% de que herede con ambos alelos sin causar la enfermedad y un 25% de probabilidades de que lleve ambos alelos malos y desarrolle la enfermedad. El estudio del genoma del feto por medio del análisis del plasma sanguíneo permite obtener unas proporciones de los genes de ambos genomas, de la madre y del niño. Estudiando esa proporción se puede estimar si el niño lleva o no la carga genética buena o la mala. Mediante el estudio con la amniocentesis se corroboró todo y se pudo asegurar que el futuro hijo nacerá sano. En el trabajo se pudo secuenciar e identificar el 94% del genoma del feto para su comparación final de más de 900000 puntos a contrastar.

He podido leer en varios periódicos, como la Vanguardia, que explican el estudio pero verdaderamente no lo aclaran, llevando a la confusión a los lectores que comentaban cosas como que se podía conocer todo ya que las células sanguíneas dan toda la información como el cariotipo (esquema de la colocación e identificación de los cromosomas gracias a encontrarse en la fase metafase). Lo que realmente importa es que el ADN del feto que se obtiene está disgregado en el PLASMA. No hay células sanguíneas completas del feto para hacer un estudio cromosómico. Que se pueda deducir una enfermedad del tipo Síndrome de Down (trisomía del cromosoma 21) por una estimación de los genes que están contenidos en ese cromosoma 21 es una cosa y otra es obtener el cariotipo.
Como siempre, las noticias científicas no son informadas con el rigor que se debería. Yo ya he tomado cartas en este asunto ya que me parece un grandísimo avance. Ya me gustaría que todos mis compañeros investigadores cada vez que vieran faltas de rigor lo comunicaran. Así los periodistas tampoco estarían tan mal valorados.

Referencia: Y. M. Dennis Lo, K. C. Allen Chan, Hao Sun, Eric Z. Chen, Peiyong Jiang, Fiona M. F. Lun, Yama W. Zheng, Tak Y. Leung, Tze K. Lau, Charles R. Cantor and Rossa W. K. Chiu. Maternal Plasma DNA Sequencing Reveals the Genome-Wide Genetic and Mutational Profile of the Fetus. Journal of Systematics and Evolution Vol. 2, Issue 61, p. 61ra91 DOI: 10.1126/scitranslmed.3001720

Controladores aéreos en "El Arca de la Alianza"

En otra ocasión tendré más tiempo para explayarme sobre este podcast de entrevistas que sigo, pero en esta ocasión quería simplemente que se escuchara el otro punto de vista del que no tenía ni idea. No tenía ni idea porque no he tenido tiempo en ponerme a leer y quería escuchar ambos lados de esta historia.
En este capítulo del podcast se entrevista a Cristina, cuyo trabajo es el de controlador aéreo y que explica la formación que se recibe, cursos, oposiciones, destinos, cómo trabajan, sus sueldos…etc., y explica desde su punto de vista cómo ha ocurrido todo y las razones. Me parece que es un podcast que se debería de escuchar. Escuchar y no oir, porque como he visto en varios comentarios del blog del podcast (que por ahora van unos 38) la subjetividad ante este tema gana al raciocinio. Pero eso siempre sucede en este país ¿no?. Pero hay otros comentarios que tienen su miga. A descargarse se ha dicho ;-D.

Enlace a la web del podcast del capítulo dedicado a los controladores aéreos.

http://www.ivoox.com/63-hablando-cristina-sobre-crisis-de_md_450459_1.mp3

Podcast: Reproducir en una nueva ventana | Descargar

Jugando a alinear secuencias con Phylo

Logo de Phylo
Ya era hora de que saliera un jueguecito para los que analizamos secuencias. Se trata de Phylo (su nombre completo es ‘Phylo: A Human Computing Framework for Comparative Genomics’), que es un juego creado en flash (sí, como esos juegos en los que se cuidan animales y tal ;-D) consistente en alineamientos de secuencias. Trata de enseñar cómo alinear secuencias gracias a unas cajitas de colores que sustituyen los valores reales de ADN, ARN y proteínas (nucleótidos y aminoácidos para ser más exactos). El alineamiento que puede tocar puede ser por lo tanto tanto secuencias de ADN como de ARN como proteínicas. Para iniciarse en esto de los alineamientos y comprender un poco el “tema” no está mal. Tiene varios niveles y se juegan con especies más o menos emparentadas que generarán alineamientos más o menos complejos. También aumenta la dificultad con un temporizador para cada alineamiento.

Ejemplo del juego Phylo
Ejemplo del juego Phylo

El juego-puzzle ha sido desarrollado por el Departamento de Bioinformática de la Universidad McGill de Canadá. Se puede jugar contra la CPU o contra otros jugadores (previo registro) e incluso tus resultados pueden ser enviados a la Universidad de California para que puedan ser cotejados por ellos. Según dicen, esas secuencias del juego son ejemplos reales y que pueden servir los alineamientos conseguidos para avanzar en investigaciones basadas en análisis de secuencias.

Tendría que dedicar unos cuantos artículos para poder explicar claramente cómo se alinean secuencias y todos los programas que se pueden usar y las variables para que el alineamiento sea más efectivo. Pero no está mal juguetear un poco para sacar las primeras impresiones. Y tranquilos, seguro que más de uno se vuelve un poco loco.

Enlace al juego

Escuchando: Los Danko

Comando alt suprimir y su fin de temporada

Tan sólo es el fin de la segunda temporada. Este podcast (@comandoaltsupr en Twitter) tiene como temática la tecnología, videojuegos y películas generalmente, pero para este último capítulo del año han cambiado las películas por las series.
El podcast cuenta con José Arozena, Juanjo Guevara y Getse (@josarozena, @juanjoguevara y @getse en Twitter) como conductores y en esta ocasión tuvieron un invitado especial, Pablo de Gravina82, que puso el contrapunto de humor que hacía tiempo que faltaba.
Dieron como avanzadilla a la próxima temporada que tendrán más humor, renovarán la web y dejaron el suspense para que estemos atentos.
Este es uno de los podcasts que sigo desde hace tiempo porque es ameno, personal y, en la sección tecnológica, existe el tira y afloja entre la cara iOS de Juanjo y las tendencias más Android del resto. Sin embargo son bastante objetivos: si hay algo que rompe con sus tendencias y les gusta no actúan como fanboys (ni fangirls, en el caso de Getse ;)).
Ahora un toque de atención: Cuidado, señor Arozena, que mientras estuvo usted en las islas británicas sus compañeros hicieron un programa de lo más digno. No se notó su ausencia.
Si no lo habéis escuchado todavía, no dudéis en suscribiros.

P.D.: Escuché que hubo un intento de hacer una recolecta para adquirir un servicio de hosting para el podcast…pues a ponerse a la cola, que Teleadictos está esperando para adquirir un dominio propio todavía XDDD.

La SGAE toca las narices

Este último mes estoy recibiendo informaciones sobre que están llegando a los podcasters ciertas comunicaciones con la SGAE como remitente. Parece ser que están “informando” de las tarifas para poder utilizar la música no libre en los podcasts. Ya ha habido podcasts que se han tenido que reeditar para que no quedara rastro de música comercial y otros piensan retirar los capítulos que la contengan.

Estoy ya más que hasta el gorro con el temita este. Pero se han metido en la podcastfera y hay que opinar. 
Es evidente que hay un “unte” importante por parte de algunos para que esa Sociedad se meta en todos los lados. Sí, sí, se mete en todos los lados. Si no, mirad el titular en portada que se leía en su web: “La SGAE y The Climate Project Spain, por la protección del medioambiente y el fomento de la cultura contra el cambio climático”. Tócate las narices. Bueno, a lo que iba. Se han podido observar ciertas acciones de esta panda de amigos contra negocios con la ya importante repercusión en la sociedad española. En la palabra “negocios” es lo que tiene importancia. Que se envíe la carta a los podcasts que vengan de radio y generen un negocio (y eso que sus podcasts no hay publicidad), vale. Pero ¿por qué el resto?. Igual están viendo un filón importante. Ojalá.
Por mi parte están consiguiendo que odie todo tipo de música comercial. Estoy empezando a pensar en pagar sólo por los conciertos. Y eso es muy triste. ¿Qué será lo siguiente?, ¿que me visiten al laboratorio y me quiten a mi el iPod y la radio al resto?, ¿que vayan al taxi de mi padre y le metan un puro por escuchar cualquier cosa?. A ver si van a llamar a mi puerta un día y decirme que tengo que pagar una tasa por cantar nanas o lo que me salga de los “webs” a mi bebé para que esté contento y sacarle una sonrisa.
Es el colmo. Respeto las sociedades y todo lo que fomente el buen hacer, pero por mi parte se pueden ir todos a tomar por saco (me gustaría poner todo lo que se me pasa por la cabeza, pero no lo veo correcto).
Imagen de cabecera de la página web blog.miguelhernandez.es

Nuevo logo para la web

Este fin de semana hemos recibido un regalo por parte de Jorge Suárez de Lis, también conocido por Twitter como @Gentakojima, perteneciente a los podcasts “Pánico en el núcleo” y “De pelotas como puedas“. Se trata de un rediseño del logo y también cabecera de la web. No nos cansaremos de agradecérselo. Ahora está más curioso, ¿no creéis?.
Hemos cambiado todos los logos en todos los sites, pero si observáis que se nos ha pasado alguno avisadnos para cambiarlo.

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