Raúl de la Puente

el espacio web de @DoctorGenoma

Blog

Jugando a alinear secuencias con Phylo

Logo de Phylo
Ya era hora de que saliera un jueguecito para los que analizamos secuencias. Se trata de Phylo (su nombre completo es ‘Phylo: A Human Computing Framework for Comparative Genomics’), que es un juego creado en flash (sí, como esos juegos en los que se cuidan animales y tal ;-D) consistente en alineamientos de secuencias. Trata de enseñar cómo alinear secuencias gracias a unas cajitas de colores que sustituyen los valores reales de ADN, ARN y proteínas (nucleótidos y aminoácidos para ser más exactos). El alineamiento que puede tocar puede ser por lo tanto tanto secuencias de ADN como de ARN como proteínicas. Para iniciarse en esto de los alineamientos y comprender un poco el “tema” no está mal. Tiene varios niveles y se juegan con especies más o menos emparentadas que generarán alineamientos más o menos complejos. También aumenta la dificultad con un temporizador para cada alineamiento.

Ejemplo del juego Phylo
Ejemplo del juego Phylo

El juego-puzzle ha sido desarrollado por el Departamento de Bioinformática de la Universidad McGill de Canadá. Se puede jugar contra la CPU o contra otros jugadores (previo registro) e incluso tus resultados pueden ser enviados a la Universidad de California para que puedan ser cotejados por ellos. Según dicen, esas secuencias del juego son ejemplos reales y que pueden servir los alineamientos conseguidos para avanzar en investigaciones basadas en análisis de secuencias.

Tendría que dedicar unos cuantos artículos para poder explicar claramente cómo se alinean secuencias y todos los programas que se pueden usar y las variables para que el alineamiento sea más efectivo. Pero no está mal juguetear un poco para sacar las primeras impresiones. Y tranquilos, seguro que más de uno se vuelve un poco loco.

Enlace al juego

Escuchando: Los Danko

Comando alt suprimir y su fin de temporada

Tan sólo es el fin de la segunda temporada. Este podcast (@comandoaltsupr en Twitter) tiene como temática la tecnología, videojuegos y películas generalmente, pero para este último capítulo del año han cambiado las películas por las series.
El podcast cuenta con José Arozena, Juanjo Guevara y Getse (@josarozena, @juanjoguevara y @getse en Twitter) como conductores y en esta ocasión tuvieron un invitado especial, Pablo de Gravina82, que puso el contrapunto de humor que hacía tiempo que faltaba.
Dieron como avanzadilla a la próxima temporada que tendrán más humor, renovarán la web y dejaron el suspense para que estemos atentos.
Este es uno de los podcasts que sigo desde hace tiempo porque es ameno, personal y, en la sección tecnológica, existe el tira y afloja entre la cara iOS de Juanjo y las tendencias más Android del resto. Sin embargo son bastante objetivos: si hay algo que rompe con sus tendencias y les gusta no actúan como fanboys (ni fangirls, en el caso de Getse ;)).
Ahora un toque de atención: Cuidado, señor Arozena, que mientras estuvo usted en las islas británicas sus compañeros hicieron un programa de lo más digno. No se notó su ausencia.
Si no lo habéis escuchado todavía, no dudéis en suscribiros.

P.D.: Escuché que hubo un intento de hacer una recolecta para adquirir un servicio de hosting para el podcast…pues a ponerse a la cola, que Teleadictos está esperando para adquirir un dominio propio todavía XDDD.

La SGAE toca las narices

Este último mes estoy recibiendo informaciones sobre que están llegando a los podcasters ciertas comunicaciones con la SGAE como remitente. Parece ser que están “informando” de las tarifas para poder utilizar la música no libre en los podcasts. Ya ha habido podcasts que se han tenido que reeditar para que no quedara rastro de música comercial y otros piensan retirar los capítulos que la contengan.

Estoy ya más que hasta el gorro con el temita este. Pero se han metido en la podcastfera y hay que opinar. 
Es evidente que hay un “unte” importante por parte de algunos para que esa Sociedad se meta en todos los lados. Sí, sí, se mete en todos los lados. Si no, mirad el titular en portada que se leía en su web: “La SGAE y The Climate Project Spain, por la protección del medioambiente y el fomento de la cultura contra el cambio climático”. Tócate las narices. Bueno, a lo que iba. Se han podido observar ciertas acciones de esta panda de amigos contra negocios con la ya importante repercusión en la sociedad española. En la palabra “negocios” es lo que tiene importancia. Que se envíe la carta a los podcasts que vengan de radio y generen un negocio (y eso que sus podcasts no hay publicidad), vale. Pero ¿por qué el resto?. Igual están viendo un filón importante. Ojalá.
Por mi parte están consiguiendo que odie todo tipo de música comercial. Estoy empezando a pensar en pagar sólo por los conciertos. Y eso es muy triste. ¿Qué será lo siguiente?, ¿que me visiten al laboratorio y me quiten a mi el iPod y la radio al resto?, ¿que vayan al taxi de mi padre y le metan un puro por escuchar cualquier cosa?. A ver si van a llamar a mi puerta un día y decirme que tengo que pagar una tasa por cantar nanas o lo que me salga de los “webs” a mi bebé para que esté contento y sacarle una sonrisa.
Es el colmo. Respeto las sociedades y todo lo que fomente el buen hacer, pero por mi parte se pueden ir todos a tomar por saco (me gustaría poner todo lo que se me pasa por la cabeza, pero no lo veo correcto).
Imagen de cabecera de la página web blog.miguelhernandez.es

El corral de la Pacheca

No puedo dejar pasar mas tiempo sin hablaros y, si aun no lo habéis hecho, descubriros este podcast, El corral de la Pacheca, un podcast llevado al que ya puedo llamar personalmente, el estilo de Zigaurre.

Es un podcast realmente corto,de los que puedes escuchar en cualquier lugar, y que desde el principio hasta el final hacen mantenerte pegado a tus cascos, sobre una temática variada, parafraseando a su autor, una bitácora en formato de audio, con una mezcla exquisita de estilo, personalidad, temática y música, aderezado con una peculiar voz, tengo que decir que para mi de las mejores de la podcastfera, que te lleva a lo mas profundo de ti mismo.

No trata de convencernos de nada y muchas veces ni siquiera muestra su punto de vista, solo te acompaña para que tengas tus propias conclusiones, te lleva a lo esencial de la poesía en sus números sobre la misma, otras nos acerca la política a los que a veces andamos perdidos en la misma, una sorna educada y una picaresca disfrazada de seriedad que hacen de este podcast un podcast esperado a cada número.