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Raúl de la Puente

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Lo maravilloso de las micropipetas


El ajuar de laboratorio es siempre escaso. Y el cansancio que conlleva intentar mejorar esas condiciones es proporcional al material disponible: cuanto más y mejor material se tiene, menos cansancio se acumula. Esto que parece una bobada, cuando se trata de estar haciendo reacciones de PCR durante toda una semana para poder mapear genes…pues deja de ser un simple pipeteo a convertirse en un destroza hombros, antebrazos y pulgares. Y, si además para ver mejor el alicuoteo para cada muestra, el proceso se debe hacer de pie…pues hay que añadir cansancio en las piernas y la espalda. Vamos, que acabas el día como si hubieras trabajado en la obra, con el agotamiento mental añadido de estar concentrado para no pifiarla a la hora de pipetear. Para los que no se hacen una idea: una tanda de PCR normal que realizo yo en el laboratorio consiste en 105 muestras en las que, en cada una de ellas, hay que añadir un volumen determinado de dNTPs, buffer de reacción para la polimerasa, Taq polimerasa, Agua estéril Mili Q y el DNA correspondiente. Todo el mundo científico se vale de la maravillosa ayuda de las casas comerciales que permiten no tener que hacer a mano los búfferes de reacción. Y los dNTPs junto con el búffer y el agua se puede juntar para hacer un mix. Incluso si tienes unos cebadores que vayan bien, puedes incluirlos en el mix. Pero, cuando se trata de mapear genes y tienes que hacer la reacción para cada uno de los 105 individuos para ese gen determinado, pues, al menos, necesitas pipetear…unas 210 veces si haces el mix con primers incluidos y no tienes una micropipeta. A eso hay que añadir los pipeteos de la preparación de los mix de reacción. Todo esto lleva un gasto de tiempo bastante grande. Pero, si se quiere estar seguro de que vaya una concentración determinada de cada pareja de cebadores en cada muestra, pues el número de pipeteos se duplica. Todo esto lo cuento para un científico que no tiene la posibilidad de tener una micropipeta multicanal.
A eso quería yo llegar. Para los que no lo sepan, una pipeta multicanal es, como su nombre indica, una micropipeta que tiene muchos canales. Dependiendo del modelo, las hay de 8 ó 12 canales. Por lo tanto, cada vez que accionamos el émbolo para dejar soltar la alícuota pertinente en una batería de muestras, haremos el mismo trabajo reducido en una octava parte como poco. Vamos, que se puede hacer lo mismo que con la micropipeta normal pero 8 veces más rápido (si tiene ocho canales) ó 12 veces más rápido, como es el caso de la micropipeta que dispongo.
A eso de la reducción de esfuerzo hay que añadir una reducción de error de pipeteo, ya que cada vez que se acciona el mecanismo la succión y vertido es el mismo en los 12 pocillos a la vez.
Pero hay algo más. El cansancio mental también se reduce puesto que no se tiene que estar tan concentrado (esto no significa que no haya que estarlo para que todo vaya bien, eh!) a la hora de controlar los pipeteos.
Si a esto sumamos la pericia de cada investigador a la hora de hacer mixes, la reducción del número de pipeteos se reduce hasta un número de…¡¡36 pipeteos por cada tanda de 105 reacciones!!.
Todo esto también tiene un fallo: la captura de cada punta con las micropipetas multicanal. Cada casa comercial que fabrique este tipo de pipetas, produce unas puntas específicas que permite un mejor anclaje de éstas. Sin embargo, en la gran mayoría de los laboratorios se piden puntas a granel para todas la pipetas y pedir un cargamento a mayores de esas puntas tan específicas conlleva un gasto bastante grande. Siempre que se usan puntas no especiales, se suele tener que apretar un poco cada punta para que tome el volumen correcto. Esto hay que hacerlo con cuidado para preservar las condiciones de esterilidad. Pero cuando ya lo has hecho unas cuantas veces, la maña bate por goleada a la falta de presupuesto.
En fin, que todo laboratorio que tenga que manejar un número considerable de muestras, debería tener unas cuantas micropipetas multicanal. Tan sólo un consejo más: cada pipeta debería ser personal en intransferible. Para evitar continuas descalibraciones.

Escuchando: El golpeo a las teclas del portátil

Recordando Barcelona

curso de Certfem
curso de Certfem
El pasado julio estuve en un curso de post-grado impartido por la Universidad de Barcelona sobre Filogenias y Genealogías de DNA. Está dirigido al ámbito bioinformático. Por ahora es lo mejorcito del verano, con esto de que hasta dentro de 15 días no cojo las vacaciones. Fue un curso intensivo pero muy ameno y con proporción entre teoría y práctica del 50%. Además, el personal que impartió las clases era de lo mejorcito en el ámbito de filogenias y, sobre todo, aplicaciones bioinformáticas dirigidas a ello.
Creo que se debería de mandar a más de un becario a que cursara estas lecciones porque siempre se debe poner algún aporte estadístico en las publicaciones sobre genética y, más aún, si se trabaja con un gran número de individuos. Sin embargo, y por lo que pude comprobar allí, también los directores de tesis tendrían que asistir al menos una vez en la vida y varias si lo que se quiere es tener conocimientos más avanzados. Puedo recordar el caso de varios directores que estaban asistiendo al curso porque no se fiaban de lo que escribían sus becarios para las publicaciones. Vamos, que seguramente un número indeterminado de publicaciones (o intentos de publicaciones) llevarán lo más seguro errores de tipo estadístico y por tanto no será del todo cierta la información que den allí.
Animo a todo el que esté asociado a este mundillo que vaya a este curso el año que viene. Y que se deje de mirar tanto por el dinero a la hora de asistir a eventos de este tipo, que se trata de obtener una buena formación y labrarte un futuro. Si alguien quiere más información al respecto, que lo escriba a modo de comentario o en los foros.

Escuchando: Anthea Ibiza-Voice.com podcast

Subidón de adrenalina

GT Avalanche 2.0
Menudo susto me he pegado cuando he mirado el pulsómetro después de una etapa subiendo y bajando la Candamia, aquí en León. Me ha dado 226 pulsaciones. O estoy muerto o mi corazón está hecho de titanio o…la fiabilidad de un pulsómetro como el polar rs400 queda entredicha. Para fliparlo. Es verdad que me he llevado un par de sustos y que hacía bastante que no subía todo el monte sin parar y a buen ritmo, pero de ahí a que me de un 116% de pulsaciones. Increíble. Lo mejor de la ruta es que me ha permitido observar lo mucho que ha cambiado este “parque de recreo” en estos 10 años. Me acuerdo que cuando subía por las colinas (que no eran de pista con gravilla como ahora…no sé a quién se le ha ocurrido semejante tontería. Voy a tener que limpiar la bici cada vez que se me ocurra bajar por las pistas. Y de paso toda la ropa), me metía por la zona de pinos y no había más que eso, pinos. Ahora ya se han dedicado a hacer hasta saltos con trampolines. Es perfecto. No tenía intención de pillarme más que otro casco, pero me dan ganas de cogerme unas protecciones para empezar a probar…o que me pruebe a mi el terreno, que será lo más fácil. Lo bueno es que he probado definitivamente la bicicleta pegando un ligero salto a una piedra y sigo diciendo que es soberbio el comportamiento.

Escuchando: Los ventiladores de los termocicladores

Rutas por la Sierra de Francia

Durante el verano se pueden hacer escapadas para trazar rutas de senderismo en la amplia geografía española. Uno de los sitios es la Sierra de Francia, al sur de Salamanca. No quiero hacer promoción ni mucho menos, pero si hay alguien interesado en ello, un buen senderista y amante de la fotografía llamado Rafita ha generado una web donde se puede encontrar todo tipo de rutas con los planos y folletos para descargarse. Además, se ha preocupado para subir los datos GPS de cada ruta, así como imágenes tomadas por él mismo. Os dejo el enlace a continuación.
La web de Rafita

Escuchando: Economía for Dummies

Configurar todos los correos desde Mail

Ya se puede configurar todos los correos desde Mail. Al decir todos los correos, me refiero a los que casi todo el mundo tenemos: hotmail, yahoo y gmail. No hay restricciones en ninguno de los casos. Pero sí hay que tener en cuenta un pequeño detalle a la hora de configurar los correos de yahoo:
1ºHay que seleccionar el botón “opciones” situado a la derecha de la interfaz del cliente de correo y cliquear en “opciones de correo”
2ºIr a la parte derecha y seleccionar “acceso POP y reenvío” y acto seguido entrar en “configurar o modificar el acceso POP y reenvío”.
3ºPor último, se tiene que activar la opción “acceso web y pop” y dar a “guardar” en la parte inferior.

En cuanto a la información necesaria para la configuración de Mail para cada uno de los correos, está disponible para todos los clientes en los menús de opciones y configuración POP. (Por ejemplo, en yahoo lo veréis bien desde el paso 3º, ya que pone “ver la configuración POP”).

Con esto ya se tiene todo correcto para poder recibir y mandar correos desde nuestros flamantes Macs.

Escuchando: Termocyclers noise

Economía for Dummies

Lo tengo que promocionar porque no quiero que se termine este podcast. De lo mejorcito que hay en internet. Ya estoy harto de que nos avasallen con podcast de tecnología o cargados de marketing. Miguel López ha tenido la brillante idea de plasmar sus conocimientos sobre economía para explicarlos de forma clara y concisa. Sobre todo porque atiende a preguntas personales. Si necesitáis saber más, cliquead en el enlace que pongo a continuación y suscribíos. Espero que siga por muchos programas más. Ánimo, Miki!!
Economía for Dummies

Escuchando: Daniel Merriweather- Change

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