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Raúl de la Puente

el espacio web de @DoctorGenoma

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Ciencia

Logo del antiguo Blog de laboratorio, ahora incluido en la página personal del director, autor y responsable de todas las publicaciones.

Aquí encontrarás todo lo relacionado con la ciencia y su divulgación. Gran parte, desarrollado de la extinta web "Blog de laboratorio".

¿Se publica lo necesario?

¿Se publica lo necesario?
El mundo de las publicaciones científicas. Gran desconocido para muchos y tan cercano para otros tantos. Podría publicar un libro hablando de publicaciones, pero hoy voy a tratar un pequeño tema que suele desesperar: la utilidad de una publicación científica.

La verdad es que depende mucho del campo perteneciente a una publicación, pero en Ciencia el rigor puede venir por muchos flancos. Siempre se busca un avance y para ello una investigación se debe apoyar en estudios previos. Y la publicación que se puede estar elaborando ahora, mañana puede servir a muchos otros.
Todo este “rollo” que he soltado viene por el hecho de que son tan importantes los resultados obtenidos como la explicación de cómo se ha llegado a ellos. Sé lo que es estar desarrollando técnicas, ponerlas a punto (con los quebraderos de cabeza y desilusiones incluidas) y conseguir lo que uno necesita. Pero es difícil encontrar una separata (término ampliamente utilizado en Ciencia para referirse a artículos científicos) actual que permita el desarrollo de un estudio tan sólo guiándose por ella misma.
En el siglo pasado (siglo XX, que suena menos lejano) existían limitaciones tecnológicas a la hora de publicar. Ahora casi no hay límites, con posibilidad de añadir archivos adjuntos, y esto también ocasiona quebraderos de cabeza. Se pueden encontrar publicaciones en revistas de bajo impacto grandes trabajos en los que se ha invertido un esfuerzo enorme. Y todo lo contrario también. El hecho de publicar para engrosar el currículo genera mucho ruido.
Igual es porque soy joven y aún creo en la Ciencia, pero el avance debería tener unos cimientos fuertes y estables. Los resultados no sirven para nada si no se pueden utilizar para avanzar. Por muy “impactantes” que estos sean (atención a las comillas). Aunque viéndolo desde otro punto de vista, todo esto se puede incluir dentro del “nuevo” método científico que nos está haciendo madurar a muchos.

Después de esto, ¿creéis que se publica lo necesario? ¿existe verdaderamente un criterio básico y universal en todo tipo de publicaciones dependiendo de la temática? ¿el tiempo destinado a publicar entorpece al investigador? ¿se prima el impacto ante el rigor? ¿publicar lo veis como una batalla?…y muchas preguntas más. Os animo a que expreséis lo que pensáis sobre el tema. Objetiva y subjetivamente. ¡Sacad la faceta científica crítica!

Mi blog es CO2 neutral

Hace un tiempo me llegó por correo una iniciativa interesante. Se trata de apadrinar un árbol gracias al apoyo a la iniciativa “Haz tu blog CO2 neutral”. Hasta ahora ha estado en la recámara. Simplemente consiste en intercambiar una muestra de simpatía por esta iniciativa por plantar un árbol que “neutralice” emisiones de CO2. ¿Qué se necesita? 5 minutos de edición (y un poco más si se quiere aporrear el teclado) para mostrar que el mundo 2.0 puede ir de la mano de la naturaleza con detalles como este.
Toda la información referente a esta iniciativa la podéis encontrar en ESTA PÁGINA. La verdad es que es intrigante ese estudio por el que se asocia una emisión de 3,6 Kg de CO2 por año por cada blog que tenga unas 15000 visitas mensuales. Pero, no me cuesta nada apoyar la plantación de un árbol.
Animo a todos que se conviertan en “neutralizadores del dióxido de carbono”.

Referencia: ¡Haz tu blog CO2 neutral!

Un movimiento “sexy” celular

Conocer cómo las células controlan su crecimiento es algo que siempre nos ha tenido en vilo a todos los científicos. Pues parece ser que un estudio realizado en levaduras, y publicado en Science, permite saber algo más sobre el tema. Investigadores de la Universidad de Miami han descubierto que cierta proteína (denominada Cdc42) oscila a lo largo del “cuerpo” de las levaduras, lo que ocasiona cambios de polaridad en las células. No voy a entrar en detalle, pero esas oscilaciones de la proteína son provocadas por la concentración de activadores e inhibidores de la misma y tienen una duración de unos cinco minutos en las levaduras.

Fisión celularEn las levaduras, este fenómeno está asociado al proceso de fisión celular, un tipo de división celular que consiste en la división del núcleo (cariocinesis) seguida de la división del citoplasma (citocinesis) dando lugar a dos células “hijas” idénticas. Al cambiar la polaridad, Cdc42 regula la forma, estructura y función en las levaduras, comenzando el proceso de crecimiento en un área de la membrana celular. Este mecanismo de oscilación puede ser una estrategia general en todos los sistemas de “auto-organización” biológicos, no sólo en levaduras.

Para poder observar estos movimientos de la proteína Cdc42, los investigadores tuvieron que utilizar marcajes fluorescentes en diversas proteínas involucradas en el proceso de fisión celular y observaron esas oscilaciones en sólo la proteína mencionada, cambiando de lado cada cinco minutos aproximadamente. Se pueden ver esas oscilaciones en la siguiente imagen.

oscilaciones de Cdc42
Imagen del movimiento oscilatorio de la proteína Cdc42 gracias al marcaje con fluorescencia.

Por ejemplo, este descubrimiento podría ayudar a la búsqueda de fármacos que controlen el crecimiento celular en tratamientos de regeneración de tejidos, desarrollo de órganos y también para saber cómo las neuronas se extienden en diferentes direcciones.
Interesantes fenómenos los que ocurren a nivel celular. Y los que faltan aún por conocer.

Este post participa en la XIII Edición del Carnaval de Biología que organiza Marisa Alonso Nuñez (@lualnu10) en su blog “Caja de Ciencia“.

Referencia: Oscillatory Dynamics of Cdc42 GTPase in the Control of Polarized Growth. Maitreyi Das, Tyler Drake, David J. Wiley, Peter Buchwald, Dimitrios Vavylonis, and Fulvia Verde
Science 1218377 Published online 17 May 2012 [DOI:10.1126/science.1218377]

¿StAS listo para la Ciencia?

Logo del evento Street Alicante Science
He conseguido sacar tal que 10 minutos para poder explicar un poco lo que se está cociendo en el levante español. El título del post parece un mensaje SMS (de esos que ya casi no se usan), pero la abreviatura da mucho juego. StAS significa Street Alicante Science y es una iniciativa FANTÁSTICA que se va a realizar en esa ciudad de la costa mediterránea teniendo sus días estelares el 10, 11 y 12 de este mes de Mayo. Sí, porque ya se están sucediendo los “Eventos satélites”.

La bata sale a la calleTal y como explican desde la organización, es un evento sin precedentes en la provincia de Alicante en el que la Ciencia “sale a la calle” representada de diferentes formas y actividades en un escenario global. StAS va a transformar la provincia de Alicante en el mayor acontecimiento relacionado con la Ciencia y Tecnología de toda España, durante quince días se sucederán propuestas para interactuar y disfrutar de nuevas experiencias destinadas a entretener, inspirar y aumentar conocimientos científicos. Todo ello organizado y llevado a cabo por un grupo de gente ejemplar. Entre ellos estarán los monstruos de “Journal of Feelsynapsis“. Esa revistilla tan mona en LA QUE COLABORO y que saldrá su número 4 dentro de muy poquito.
Por lo que sé, acercar la Ciencia a todo el que se pase es lo primordial. Pero me han contado que también habrá un espacio para los más pequeños. Desde que conozco la fecha del evento, mis ADN polimerasas están que se mueren de la envidia por no poder asistir. Pero seguro que me harán desaparecer algún que otro nervio por mi defensa de tesis unos días más tarde. Al menos podré escuchar algunas de las conferencias gracias a la labor de “Radio Podcastellano”. Destacable es también el apoyo de varios patrocinadores como Big Bang Ciencia, Revista QUO, Feelsynapsis, Explora o Genoma España, entre otros.
El evento dispone de una web oficial completa donde encontrar información de todo tipo (atención también al voluntariado, que lo veo interesantísimo para los alicantinos) y animo a que leáis también algunas de las entradas de su blog oficial.
Como toda buena cita orquestada por Biofrikis, el 2.0 estará muy presente. A parte de la emisión por Radio Podcastellano, se puede estar al tanto de todo por las redes sociales Twitter, Facebook y Google +.

En resumen, todo un movimiento en pro de la Ciencia en un momento en el que todos necesitamos apoyo. Ya sabéis el lema de este año: Sin Ciencia no hay futuro.

P.D.: He podido escuchar el podcast de “Entre probetas” en el que José Antonio López Guerrero explica muy bien en dos minutos el evento. Por si lo queréis escuchar, pinchad AQUÍ.

Logo de Sin Ciencia no hay futuro

http://www.rtve.es/resources/TE_SENTREP/mp3/3/8/1336046580183.mp3

Podcast: Reproducir en una nueva ventana | Descargar

El Día del ADN

logo del DNA day
La celebración de este día es algo que realmente se lleva haciendo desde hace 9 años. Aunque los “DNAólogos” como yo lo llevemos celebrando desde que supimos la publicación de los señores Watson y Crick en Nature de la estructura del ADN allá por 1953 (aconsejo visitar las publicaciones del año pasado sobre el descubrimiento de la estructura del ADN, con vídeo, y la dedicada a la publicación en Nature ;)), los norteamericanos se quisieron adueñar de esa fecha por su aportación en el proyecto del genoma humano (ya que también terminó por esas fechas en 2003). En realidad no, “su día” no suele caer el mismo 25 de abril. Ya sabemos como son. Hacen fiesta nacional y chitón. Pero algo tan relevante no puede ser “secuestrado” por unos pocos. A lo largo y ancho del globo terráqueo se celebra ese 25 de abril como el Día Mundial del ADN.

Gracias a las redes sociales se puede compartir con todo el mundo las experiencias que se tengan durante el día y que estén relacionadas con el ADN. Yo he participado a través de mi red social favorita (hablo de Twitter) los dos últimos años con el hashtag #DNAday, publicando noticias relevantes, fotografías y frases relaciondadas con el ácido desoxirribonucleico. Se pueden ver incluso concursos a nivel europeo conmemorando esta jornada. Pero este año España se une a la fiesta con una iniciativa que se debe difundir. Se trata del evento conmemorativo al Día del ADN que se celebrará en el Museo Nacional de Ciencia y Tecnología (MUNCyT). No voy a repetir lo que podéis ver en la web de Genoma España (PULSA AQUÍ Y AQUÍ), pero me parece muy bien que se inicie en el conocimiento de esta estructura a niños y mayores a través de una reunión para pasarlo bien. ¡Quién tuviera entre 5 y 8 años para hacer una doble hélice de gominolas!…ummhh…;D.
A parte de la proyección de una de las películas que más nos gusta a casi todos los biólogos moleculares y en especial a los que nos dedicamos a la Genética (GATTACA) en la sesión de adultos con la correspondiente mesa debate, los jóvenes adolescentes podrán hacer un estudio forense al más puro estilo CSI (vaya, ya he mencionado esa serie…GRR).

Claro está que no todos podremos ir a Madrid para disfrutar de los talleres. Pero para eso están las redes sociales. Con plataformas como Flickr o Instagram podremos compartir todo tipo de instantáneas mediante la etiqueta #DíadelADN (en Flickr la fundación Genoma España ya ha creado un grupo).
Existe una aplicación web muy “biofriki” que consiste en introducir tu nombre y obtener la secuencia de ADN codificante a la proteína que forma el nombre, hace una búsqueda en bases de datos y da un resultado con la proteína similar a la correspondiente a la secuencia aminoacídica obtenida tras traducir la secuencia nucleotídica de ADN (como un BLAST con el algoritmo blastx, vamos -perdón por el tecnicismo, pero he tenido que hacer muuuchos a lo largo de los últimos años-). Parece lioso, pero es simple: Nombre–>proteína—>secuencia de ADN a partir de la secuencia proteica—>búsqueda en bases de datos de las posibles traducciones con proteínas similares de algún organismo.

interfaz de la aplicación web deCODE
Interfaz de la aplicación web deCODE. Pulsar para agrandar.

Por ejemplo, mi nick es una proteína predicha de Escherichia coli. Como dicen en Genoma España, sería gracioso poner todos el día 25 el nombre pero en código ADN. Es una chorrada y SUPERBIOFRIKI ;D.

Espero que este día sea conocido un poco más por todos. Desde aquí animo a todos los internautas a que aporten con píldoras de su #DíadelADN.

Este post participa en la XII Edición del Carnaval de Biología que se organiza en este “Blog de laboratorio“.

XII Carnaval de Biología

Logo del duodécimo carnaval de biología

Tomando el relevo del último Biocarnaval alojado en “Ciencia y alguna que otra cosa“, comienza una nueva edición. ¡Y van 12!. Bueno, 12 +2, porque en veranito se hizo una edición especial doble para no aburrirnos en esos meses de calor, por estas latitudes, que son Julio y Agosto. Parece que fue ayer cuando comenzó esta iniciativa aquel mes de febrero del año pasado. He disfrutado y disfrutaré de estos biocarnavales como un enano. Tanto que ya forman parte de mi genoma. Y es que se han podido leer más de 300 artículos junto con ilustraciones y fotografías relacionadas con el estudio de la vida. Esto es como un pay per view de lo que me interesa pero sin el “pay”. Y no porque sea gratis (que lo es) sino porque es IMPAGABLE todo el esfuerzo que se está haciendo y encima divirtiéndonos comunicando la ciencia. Mirad todos los temas tratados en las ediciones anteriores:

  • I edición (febrero de 2011): MicroGaia (Tema propuesto: Bacterias)
  • II edición (marzo de 2011): La muerte de un ácaro (Tema propuesto: Evolución)
  • III edición (abril 2011): El Pakozoico (Tema propuesto: Relaciones tróficas)
  • IV edición (mayo 2011): BioUnalm (Tema propuesto: Biotecnología)
  • V edición (junio 2011): Feelsynapsis (Tema propuesto: Ellas también investigan)
  • 1ª edición del Biocarnaval de verano (julio y agosto de 2011), coordinado por Marimarus blog (Tema propuesto: Artrópodos) y ¡Jindetrés sal! (Tema propuesto: Anécdotas biológicas veraniegas). También se llevó a cabo el Concurso de bioilustraciónen Feelsynapsis y el de biofotografía en Microgaia
  • VI edición (octubre 2011): Diario de un copépodo (Tema propuesto: ¡No puedo creer que no sea…!)
  • VII edición (noviembre 2011): Curiosidades de la Microbiología (Tema propuesto:Gazapos)
  • VIII edición (diciembre 2011): Resistencia numantina (Tema propuesto: Defendiendo ideas contra la evidencia)
  • IX edición (enero 2012): La Ciencia de la Vida (Tema propuesto: Cordados)
  • X edición (febrero 2012): Scientia (Tema propuesto: Enzimas)
  • XI edición (marzo 2012): Ciencia y alguna que otra cosa (Tema propuesto: La información y la vida)

 

A modo personal, he de decir que alojar esta edición es muy importante. Es el mes de mi cumpleaños y justo el mes que viene defenderé mi tesis doctoral. Va a ser una inyección de moral impresionante.
Ya dejándonos de “ñoñerías”, voy a hacer los honores de poner a continuación las normas, directrices o reglas (como más os guste) que se han de seguir para llevar a buen puerto este XII Carnaval de Biología:

1. La participación es libre.
2. Cada mes el blog anfitrión anunciará el inicio del Carnaval indicando la fecha de comienzo (se recomienda que sea la misma que la del anuncio) y la fecha de fin del mismo (preferiblemente a finales de cada mes). La elección del blog anfitrión de cada edición la hará libremente el último blog que la haya organizado. Se puede recurrir a amigos, familiares o vecinos blogueros. Para participar no hace falta tener blog propio, se puede publicar en el de un amigo, familiar, vecino…y se hará mención expresa al autor o autores.
3. La temática será libre pudiendo ser de cualquiera de los muchos campos dentro de la biología: evolución, botánica, zoología, microbiología, bioquímica, genética, etc. Por supuesto también es libre el contenido de la misma. Aunque el anfitrión puede proponer un tema concreto sobre el que los participantes pueden escribir, dibujar, cantar, o lo que tengan pensado.
4. Cada entrada (post) publicado deberá indicar que participa en la n-Edición del Carnaval de biología citando y enlazando al blog organizador. Tenéis dos posibles formas de avisar, directamente al blog anfitrión o al twitter del carnaval @biocarnaval.
5. Cada organizador puede ir mejorando e innovando con nuevas propuestas y apuestas. Todo debe funcionar solo. Si alguien se ofrece a crear una web y/o un logo o banner para el carnaval mucho mejor.

Se irán publicando los enlaces de cada participación en esta misma entrada.
Como fecha de inicio es la correspondiente a la publicación de esta entrada, el 7 de abril, y como fin el próximo 3 de mayo. Ambos días incluidos.
Al igual que en el resto de las ediciones, el tema es libre. Como estamos en el mes en el que se celebra el día del ADN, cumpliéndose el aniversario de la publicación de la estructura de la doble hélice y siendo ésta una web con cierta tendencia genética…qué menos proponer como tema “el ADN”. Con que exista alguna relación en lo publicado, vale. Pero recordad que sólo es una propuesta.
A parte de las formas de avisar expuestas en la norma número 2 (comunicándolo en el blog o mediante la cuenta de twitter del biocarnaval), podéis contactar también por e-mail (a contacto@blogdelaboratorio.com o a mi buzón personal doctorgenoma@gmail.com) tanto para el aviso como para postear alguna publicación si no se posee algún blog a donde enlazar. Las páginas oficiales de rauldelapuente.com/ en Facebook o Google plus y las cuentas de twitter @bloglaboratorio y @doctorgenoma están también a disposición de todos para dejar comentarios o lo que estiméis oportuno.
Para dejarlo todo más fácil aún, os dejo un ejemplo en código html para copiar y pegar (que a lo mejor es más cómodo…o no ;)) de la mención que se puede poner al final del artículo que participe y que se explica en la norma 4:

Este post participa en la <a href="http://twitter.com/biocarnaval" target="_blank">XII Edición del Carnaval de Biología</a> que organiza Raúl de la Puente (<a href="http://twitter.com/doctorgenoma" target="_blank">@doctorGENoma</a>) en su "<a href="http://blogdelaboratorio.com/xii-carnaval-de-biologia/" target="_blank">Blog de laboratorio</a>".

Dicho todo esto, aquí espero vuestras aportaciones. Un abrazo a todos desde el lab ;D

LISTADO DE PARTICIPACIONES

1.- Los biomarcadores como base en el diagnóstico de enfermedades. Publicado en “Curiosidades de un químico soñador” por @yerga
2.- El plancton oceánico en peligro. Publicado en “Ser Vivo” por @Ser__vivo
3.- Superlife, silicio orgánico. Publicado en “Científicamente correcto“.
4.- Supernova bacteriana. Publicado en “Curiosidades de la Microbiología” por @Manuel_SanchezA.
5.- Electrobiocombustibles. Publicado en “Curiosidades de la Microbiología” por @Manuel_SanchezA.
6.- Los animalillos de las películas de animación (XXX). Animals United. Publicado en “La Ciencia de la vida” por @biogeocarlos.
7.- La Coenzima Q10… ¿molécula milagro o el cuento de la lechera?. Publicado en “Scientia” por @ScientiaJMLN.
8.- La última procesión. Publicado en “La Ciencia de Amara” por @bioamara.
9.- La tropa avitaminada. Publicado en “Vendo mi cuerpo por ser delgad@“.
10.- El día del ADN. Publicado en “Blog de laboratorio” por @doctorGENoma.
11.- Composición de la dosis genética de los cromosomas sexuales en plantas. Publicado en “Biounalm” por @davidzote.
12.- Luz actínica. Publicado en “La aventura de la Ciencia” por @monzonete.
13.- Dóblalo, pliégalo, foldit!!!. Publicado en “Considérate pequeño para llegar a ser grande”.
14.-
¿Cuál es la mejor plataforma de secuenciamento?. Publicado en “Biounalm” por @davidzote.
15.-
Geofagia en piquituertos. Publicado en “Ser Vivo” por @Ser__vivo.
16.-
La ranita de vaqueros azules. Publicado en “Forestalia” por @claudator_.
17.-
Los cameos científicos de Parque Jurásico. Publicado en “Cultivando cultivos“.
18.-
Obesos acuosos. Publicado en “Vendo mi cuerpo por ser delgad@“.
19.-
Gimli, el enano bioencapsulado por culpa de su mal olor. Publicado en “Scientia” por @ScientiaJMLN.
20.-
EL Nikola Tesla de los monos. Publicado en “Idea secundaria” por @Jeibros.

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