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Raúl de la Puente

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Ciencia

Logo del antiguo Blog de laboratorio, ahora incluido en la página personal del director, autor y responsable de todas las publicaciones.

Aquí encontrarás todo lo relacionado con la ciencia y su divulgación. Gran parte, desarrollado de la extinta web "Blog de laboratorio".

Bata de laboratorio de la ULE

Acabo de adquirir una nueva bata de laboratorio en la tienda de la ULE (Universidad de León). Quería destacar esto como noticia porque la empresa textil que se encarga de fabricar estas batas, Fundotex, tiene un gran número de discapacitados en la plantilla. Espero que haya sido de ayuda mi aportación. Por cierto, es la bata más barata que he podido encontrar. Ahí queda eso.

Escuchando: el hambre rugiendo

Lo maravilloso de las micropipetas


El ajuar de laboratorio es siempre escaso. Y el cansancio que conlleva intentar mejorar esas condiciones es proporcional al material disponible: cuanto más y mejor material se tiene, menos cansancio se acumula. Esto que parece una bobada, cuando se trata de estar haciendo reacciones de PCR durante toda una semana para poder mapear genes…pues deja de ser un simple pipeteo a convertirse en un destroza hombros, antebrazos y pulgares. Y, si además para ver mejor el alicuoteo para cada muestra, el proceso se debe hacer de pie…pues hay que añadir cansancio en las piernas y la espalda. Vamos, que acabas el día como si hubieras trabajado en la obra, con el agotamiento mental añadido de estar concentrado para no pifiarla a la hora de pipetear. Para los que no se hacen una idea: una tanda de PCR normal que realizo yo en el laboratorio consiste en 105 muestras en las que, en cada una de ellas, hay que añadir un volumen determinado de dNTPs, buffer de reacción para la polimerasa, Taq polimerasa, Agua estéril Mili Q y el DNA correspondiente. Todo el mundo científico se vale de la maravillosa ayuda de las casas comerciales que permiten no tener que hacer a mano los búfferes de reacción. Y los dNTPs junto con el búffer y el agua se puede juntar para hacer un mix. Incluso si tienes unos cebadores que vayan bien, puedes incluirlos en el mix. Pero, cuando se trata de mapear genes y tienes que hacer la reacción para cada uno de los 105 individuos para ese gen determinado, pues, al menos, necesitas pipetear…unas 210 veces si haces el mix con primers incluidos y no tienes una micropipeta. A eso hay que añadir los pipeteos de la preparación de los mix de reacción. Todo esto lleva un gasto de tiempo bastante grande. Pero, si se quiere estar seguro de que vaya una concentración determinada de cada pareja de cebadores en cada muestra, pues el número de pipeteos se duplica. Todo esto lo cuento para un científico que no tiene la posibilidad de tener una micropipeta multicanal.
A eso quería yo llegar. Para los que no lo sepan, una pipeta multicanal es, como su nombre indica, una micropipeta que tiene muchos canales. Dependiendo del modelo, las hay de 8 ó 12 canales. Por lo tanto, cada vez que accionamos el émbolo para dejar soltar la alícuota pertinente en una batería de muestras, haremos el mismo trabajo reducido en una octava parte como poco. Vamos, que se puede hacer lo mismo que con la micropipeta normal pero 8 veces más rápido (si tiene ocho canales) ó 12 veces más rápido, como es el caso de la micropipeta que dispongo.
A eso de la reducción de esfuerzo hay que añadir una reducción de error de pipeteo, ya que cada vez que se acciona el mecanismo la succión y vertido es el mismo en los 12 pocillos a la vez.
Pero hay algo más. El cansancio mental también se reduce puesto que no se tiene que estar tan concentrado (esto no significa que no haya que estarlo para que todo vaya bien, eh!) a la hora de controlar los pipeteos.
Si a esto sumamos la pericia de cada investigador a la hora de hacer mixes, la reducción del número de pipeteos se reduce hasta un número de…¡¡36 pipeteos por cada tanda de 105 reacciones!!.
Todo esto también tiene un fallo: la captura de cada punta con las micropipetas multicanal. Cada casa comercial que fabrique este tipo de pipetas, produce unas puntas específicas que permite un mejor anclaje de éstas. Sin embargo, en la gran mayoría de los laboratorios se piden puntas a granel para todas la pipetas y pedir un cargamento a mayores de esas puntas tan específicas conlleva un gasto bastante grande. Siempre que se usan puntas no especiales, se suele tener que apretar un poco cada punta para que tome el volumen correcto. Esto hay que hacerlo con cuidado para preservar las condiciones de esterilidad. Pero cuando ya lo has hecho unas cuantas veces, la maña bate por goleada a la falta de presupuesto.
En fin, que todo laboratorio que tenga que manejar un número considerable de muestras, debería tener unas cuantas micropipetas multicanal. Tan sólo un consejo más: cada pipeta debería ser personal en intransferible. Para evitar continuas descalibraciones.

Escuchando: El golpeo a las teclas del portátil

Recordando Barcelona

curso de Certfem
curso de Certfem
El pasado julio estuve en un curso de post-grado impartido por la Universidad de Barcelona sobre Filogenias y Genealogías de DNA. Está dirigido al ámbito bioinformático. Por ahora es lo mejorcito del verano, con esto de que hasta dentro de 15 días no cojo las vacaciones. Fue un curso intensivo pero muy ameno y con proporción entre teoría y práctica del 50%. Además, el personal que impartió las clases era de lo mejorcito en el ámbito de filogenias y, sobre todo, aplicaciones bioinformáticas dirigidas a ello.
Creo que se debería de mandar a más de un becario a que cursara estas lecciones porque siempre se debe poner algún aporte estadístico en las publicaciones sobre genética y, más aún, si se trabaja con un gran número de individuos. Sin embargo, y por lo que pude comprobar allí, también los directores de tesis tendrían que asistir al menos una vez en la vida y varias si lo que se quiere es tener conocimientos más avanzados. Puedo recordar el caso de varios directores que estaban asistiendo al curso porque no se fiaban de lo que escribían sus becarios para las publicaciones. Vamos, que seguramente un número indeterminado de publicaciones (o intentos de publicaciones) llevarán lo más seguro errores de tipo estadístico y por tanto no será del todo cierta la información que den allí.
Animo a todo el que esté asociado a este mundillo que vaya a este curso el año que viene. Y que se deje de mirar tanto por el dinero a la hora de asistir a eventos de este tipo, que se trata de obtener una buena formación y labrarte un futuro. Si alguien quiere más información al respecto, que lo escriba a modo de comentario o en los foros.

Escuchando: Anthea Ibiza-Voice.com podcast

Contraer o no contraer los músculos

Parece ser que esa parte de DNA que antes se creía “basura” sigue teniendo cada vez más importancia. Ahora se ha descubierto que la contracción muscular está regulada indirectamente por microRNAs. Estos microRNAs actúan a nivel de la expresión de genes reguladores del flujo sanguíneo, el cuál es necesario para la contracción.
Cada día me maravillo más con la naturaleza.
Fuente – PhysOrg.com

Escuchando: PuroMac nº150

A la caza de variación genética

Después de varios años utilizando como marcadores moleculares los desfasados RFLPs, RAPDs y AFLPs, he podido saber de buena tinta que el futuro pasa de largo por los muy utilizados microsatélites (SSRs) y que va directo a los SNPs. Todo esto se debe, claro, a la aplicación que están teniendo estos marcadores en genética humana. Pero, sobre todo, el gran avance se debe a las tecnologías nuevas a la hora de su detección. Los “Next-generation DNA sequencing methods” son los verdaderos culpables del avance científico a la hora de hallar nuevas variaciones en el DNA.
De todas formas, estamos esperando nuevas tecnologías que permitan una secuenciación parecida a la basada en los métodos convencionales de Sanger, pero con mucha más precisión y obteniendo secuencias más grandes que 600 pares de bases (número de bases en los que estos métodos tienen menor número de errores).
La ciencia sigue siendo paciencia en un 95%.

Escuchando: Vera-Ibiza.com podcast

Virus de la gripe

Tan sólo os dejo un vídeo para que la gente se entere un poco de lo que realmente sucede en el mundo y no lo que los medios de información nos dan a entender. Moraleja: dinero, dinero y más dinero.
[youtube=http://www.youtube.com/watch?v=gKwk8Kq8QXA]

Escuchando: el sonido del ventilador de la CPU

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