
Desde 1888, esta sociedad dedicada a informarnos sobre todo lo relacionado con este planeta nos ha deleitado con fabulosos ejemplares que poco a poco van cogiendo polvo. Que mejor que poder tener todas las revistas (cuando digo todas es todas) que han publicado en un soporte como un disco duro. Pues esa es el regalo de reyes que muchos querrán tener.
El disco duro es de 160 gb, pero han dejado libres 100 gb para que guardemos lo que queramos en ese espacio. La colección también vendrá con una aplicación que te permitirá buscar de una forma simple entre todo su contenido, un juego de trivia y la posibilidad de poner en favoritos tus artículos preferidos.
Todo a un precio de 199$ americanos. Incluyendo un DVD con los making off de algunos documentales. Buen elemento para pedir a los reyes, ya que sale el día 6 de Enero.
Enlace para realizar el pedido
Blog
En el blog encontrarás todas las entradas correspondientes a artículos publicados no pertenecientes al podcast ni al fotolog. Temas variados correspondientes a las inquietudes que me surgen en el día a día: tecnología informática Linux, Windows y MacOS; de dispositivos Android, iOS y Raspbian; sobre el estilo de vida fitness; algo de Ciencia, incluyendo referencias a mi blogdelaboratorio.com; viajes y opiniones varias que sirven en ocasiones para hacer terapia y otras para mostrar incoherencias.
Dropbox y SugarSync: iniciándose en la nube
Las tecnologías avanzan y hace tiempo que la información en tiempo real es lo que manda. Se quiere compartir de todo en todos los lugares y llevar un “ladrillito” de disco duro para compartir las fotos, vídeos y documentos ya ha quedado atrás con el acceso a internet. Con la ayuda de los nuevos gadgets y los planes de datos, ya sea para móvil como ADSL, la posibilidad de tener todo lo que se quiera colgado en la nube abre nuevas posibilidades. Se denomina “la nube” al conjunto de servidores que suministran un almacenamiento para poder tener los datos que se quieran en ellos. Manteniendo la seguridad de privacidad que se olvidan ciertas redes sociales como Facebook.
Hay varias plataformas que promueven estos servicios. Lo mejor de todas ellas es que permiten una sincronización de ciertas carpetas mediante aplicaciones instaladas tanto en los ordenadores como en dispositivos móviles. En este post pretendía comentar ciertas características de 2 de estos servicios, Dropbox y SugarSync, pero Tazzito (gran gurú de los videotutoriales) me va a ayudar. Os dejo los dos screencast que realizó para cada una de los dos servicios de alojamiento de datos.
VIDEO sobre DROPBOXPulsar aquí si no se puede ver el vídeo
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VIDEO sobre SUGARSYNCPulsar aquí si no se puede ver el vídeo
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Ahora SugarSync a mejorado la tasa de transferencia. En el momento de realizar estos vídeos, la tasa de transferencia se capaba a la mitad de la posible. Ahora han aumentado hasta un mínimo del 80%.
En el podcast de iCharlas número 15, tratan los usos de Dropbox. Muy recomendado. Incluso se explica como alojar una web de forma gratuita.
Para iniciarse en transferir datos a la nube, me parecen un par de buenas herramientas a probar.
Si se quieren obtener 250 megas más de almacenamiento en Dropbox, os dejo este enlace a modo de invitación que permitirá aumentar esa cuota de 2 Gb gratuíta.
Viendo: el derbi escocés Celtic-Rangers
Predisposición genética en el consumo de marihuana y alcohol
Nunca habría podido imaginar que el consumo de estas drogas blandas podría estar predeterminado genéticamente. Se ha realizado un estudio en los Estados Unidos en el que se ha analizado un total de más de 6.000 individuos que tenían la característica de ser gemelos. Se estudiaron sus hábitos de consumo y las alteraciones emocionales que han provocado el consumo de estas drogas. En USA, el 42% de los jóvenes han consumido marihuana y un 5% son consumidores diarios. Tanto el alcohol como la marihuana tienen la “ventaja” que no generan una dependencia a los consumidores esporádicos. Y se observan patrones similares en el comportamiento de los individuos, viéndose grandes alteraciones cuanto más fuerte y continuado es el consumo.
Un conjunto de genes son los responsables de esa predisposición al consumo. Pero también a la inversa. Provocan un rechazo en las personas que no les llama ese consumo.
Para mí no hay mejor droga que el conocimiento científico. Y mi adicción no sé si será causa de genes, pero los expreso a mares.
Fuente: Alcoholism: Clinical & Experimental Research
El problema de la medicina en España
No es una queja lo que voy a publicar aquí. La medicina en España tiene grandes problemas y yo los he sufrido en mis carnes. Por ahora no me han ocasionado más que pérdida de mi calidad de vida. Qué se le va a hacer. Esto último es el problema. No hay reacciones. Estamos todos ahora con la moda de la política. Que si manifiesto para los derechos de los internautas, que si la mala gestión económica del gobierno, que si los recortes presupuestarios para la ciencia…etc. No quiero quitar protagonismo. Todo esto me fastidia, me irrita, me jode. Pero todos esos sentimientos no serían posibles sin vivir. Sí, vivir. Algo que se está menospreciando. Por lo menos a nivel de la sanidad española. Sin la vida no se puede protestar, ni quejarse. Pero, lo peor, es que no se puede vivir. Menuda redundancia: sin la vida no se puede vivir. A ver que os parece mi experiencia (como buen blog de laboratorio): He tenido 3 grandes problemas sanitarios (despreciando una operación de amigdalitis a mis pocos años de edad). Todos de índole distinta. Todos con médicos de cabecera distintos. En dos ciudades distintas. Y en todos los casos, el diagnóstico final no es inferior a los nueve meses. Y mi edad no llega a los treinta años. Esto me ha dado mucho que pensar. Y mi opinión sobre el sistema médico español es simple: es una MIERDA.
Conversando con todo tipo de personas, es cierto que yo estoy cerrado en banda en este tema. No hay nadie que me convenza de lo contrario. Incluso, todos terminan dándome la razón. Y me ha gustado una última opinión que he escuchado estos días. La comparación del ojo clínico de la medicina tradicional con la saturación de información que tienen los médicos actuales. Por ejemplo, cuando se tenía un problema muscular el médico hacía lo lógico: preguntaba al paciente sobre todo lo que le pasaba, indagaba en su situación laboral y del día a día y lo exploraba concienzudamente hasta el límite que las técnicas del momento le dejaban. Recordamos: preguntar, indagar y explorar. Hace casi un año me dirigí a la consulta de mi médico de cabecera con un dolor en un hombro al realizar ciertos ejercicios de musculación. La única pregunta que escuché fue “¿qué le sucede?”. Y yo lo expliqué de forma detallada. Se levantó y empezó a moverme el brazo por si me dolía en alguna posición. Era para reirse. Imaginad que decís a alguien que os duele la mano al abrir y cerrar los dedos con la palma hacia arriba. Y que esa persona, para comprobarlo, os coge la mano, la mira, la gira como si del CSI Miami se tratara, y se extraña que no duela con esos movimientos. ¡Por favor!. Pero poneos en mi piel. Yo tengo un nivel académico elevado. O eso creo. Además de estar estudiando para obtener el título de Entrenador personal de culturismo y musculación. Y aún pidiendo que observara el verdadero movimiento que me ocasionaba el dolor, el médico no hace ni caso y se sienta para rellenar un papel y pedir cita a rayos. Con la consecuente pedida de cita al especialista: el traumatólogo. Atención a la palabra “especialista”. En tres semanas o cuatro estaba delante del especialista. El cuál hace los mismos comentarios absurdos que un médico de cabecera. Pero es que también me hizo los mismos movimientos. Y se extrañaba de que no me doliera. Incluso se atrevió a darme un diagnóstico sin saber de donde venía mi problema. Pero, como los médicos están en el “Olimpo”, en cuanto le comenté mis conocimientos sobre la materia, el tipo de movimiento específico de musculación y los diagnósticos de otros conocidos (yo estoy bastante metido en el deporte y he podido comentar esta lesión con otros que han sufrido daños similares), pues me miró con desprecio y volvió a explicarme las cosas como si tuviera 12 años. Conclusión: más pruebas. Esta vez una ecografía. (¡Ah!, se me olvidaba decir que después de las radiografías que tuve que llevar a mano a mi medico de cabecera, esta persona me preguntó que si no me había dado hora para el traumatólogo. Por lo tanto, perdí una semana entre cita con el de cabecera y que me dieran para el traumatólogo).
La cita para esta ecografía tardó algún mes que otro: cuatro. Y la conseguí al pasarme por el hospital y dirigirme a la secretaría y que la señorita “al mando” levantara su cabeza de su conversación del corazón con la amiga de turno me la “concediera” alegando que “ya me iban a llamar”. ¡Qué casualidad!. La ecografía no estuvo mal. La especialista vino mascando chicle y me exploró de arriba a abajo. Eso sí. Mejor no podía haberme explorado. En esta ocasión salí satisfecho. Pero no supe nada de lo que había visto de no ser porque soy curioso y, según me vestía, ojeé mi hojita de la cita en la que había escrito un par de anotaciones y al final se leía “posible tendinitis”. Para no aburrir, sintetizaré lo que siguió hasta hoy: vuelta al traumatólogo, cita con rehabilitación (2 meses), cita para empezar la rehabilitación (3 meses y esperando a que me llamen después de volver a hablar con una señorita encargada en persona y decirme de nuevo que estarán a punto de llamarme).
Vale que no es una cosa de vida o muerte. Pero algo raro pasa. Que me ocurra con otra lesión y con un problema digestivo, no es casualidad. A mí me han quitado (mejor dicho, me están quitando) calidad de vida. ¿Y si me la quitan del todo?. Si mi problema digestivo hubiera sido canceroso, no estaría escribiendo esto. Ese es el problema. Cuando se pasa de un problema cualitativo a uno cuantitativo.
Tuve en una ocasión un golpe jugando al fútbol y tuve la oportunidad de pasar los gastos del tratamiento en una clínica privada a la seguridad social. Fue una lesión en el pié. ¿Sabéis quién me vio en la misma semana?, un especialista (de verdad) en lesiones deportivas. Con experiencia. Y ojo clínico. 3 semanas más tarde estaba corriendo de nuevo.
Me dicen que proteste. Que ocurren estas cosas porque no se protesta. ¿Por qué tengo que hacer más trabajo que el mío? ¿Es que no hay nadie que regule esto?. He gastado tiempo y dinero en un par de pruebas que no me han diagnosticado el problema (sí, finalmente me han dicho que debe ser una tendinitis porque no ven nada) y que han ampliado la cola de espera para otras personas que, a lo mejor, las necesitan más que yo.
La falta de profesionalidad a la hora de actuar en el sector médico en España necesita un control. La medicina no es lo mismo que arreglar el coche. Se trata de nuestras vidas. Estoy seguro que hay médicos que su profesionalidad no se puede dudar. Tan sólo me gustaría que la probabilidad de encontrarme con ellos sea mayor que la de encontrarme con los que me he encontrado (y sus “gestoras administrativas”).
Espero que el año que entra mejore mi situación. Pero, y hablando desde la ciencia, me da miedo que mi experiencia se extrapole a otras situaciones y que el valor significativo obtenido en mi muestreo aleatorio en tan sólo 3 situaciones afiance mi hipótesis: hay un problema en la medicina.
Amplificación del ADN: la PCR
La amplificación del ADN mediante PCR no podía faltar en este blog. Ya he podido comentar como se trabaja con el material hereditario anteriormente. Mejor dicho, cómo se prepara para poder sacarle partido. Para poder tener varias copias de una región específica de ADN, se utiliza la tecnología de la Reacción en Cadena de la Polimerasa (Polimerase Chain Reaction = PCR).
Comienzos de la PCR
Este “gran invento” de la PCR se lo debemos al premiado Nobel en Química de 1993 Kary B. Mullis. Se le ocurrió realizar in vitro las condiciones necesarias para conseguir copias de fragmentos de ADN.
El ADN está en forma de doble hélice. Para que se pueda amplificar cada hebra, es necesario que se rompan los enlaces existentes para que se mantenga esa estructura. La idea consiste en reproducir ese vaivén molecular en un tubo de ensayo. Y así pudo hacerlo con la ayuda de todos los compañeros de la empresa en la que Kary B. Mullis trabajaba: Cetus Corporation.
Según nos puede contar la historia cercana de la Biología Molecular, el señor Mullis tuvo la brillante idea mientras conducía por las carreteras californianas a horas nocturnas. Observó el ir y venir de los coches cruzándose por las diferentes vías. De pronto, paró el coche y comenzó a pensar sobre el proceso de amplificación del ADN in vitro y como con tan sólo 20 ciclos podrían obtenerse la friolera de un millón de moléculas a partir de dos hebras de dicho ácido desoxirribonucleico.
Cuando volvió al trabajo lo puso en práctica. Funcionaba. La sencillez de todo el proceso hizo que hubiera muchos desconfiados dentro del ámbito de la Genética molecular. Poco tiempo después, otro premio nobel llamado Joshua Lederberg se quedó perplejo mirando el póster explicativo de Mullis con todo el proceso detallado. Le preguntó “¿funciona?”, a lo que después espetó un “¿Por qué no se me habría ocurrido a mí?”.
Amplificación del ADN paso a paso
Este proceso se realiza elevando la temperatura aproximadamente a 95 ºC durante un breve período de tiempo. Se denomina desnaturalización.
Posteriormente se necesita que los cebadores (oligonúcleótidos o secuencias cortas de ADN de unos 20 nucleótidos diseñadas para que flanqueen una zona específica de ADN que se quiera amplificar) se anclen a sus secuencias complementarias. L
a temperatura juega un papel importantísimo, puesto que cada pareja de cebadores (siempre se habla de parejas puesto que se debe tener un primer o cebador por un lado y otro por el otro para que se amplifique el mismo fragmento por ambos lados y producir la amplificación de la zona flanqueada) hibrida (se une al ADN) a una temperatura que, generalmente, puede variar entre 45 y 65 ºC. Aunque hay protocolos en los que se utilizan variaciones de temperatura para obtener un mejor rendimiento, pero esto lo comentaré en artículos posteriores.
Finalmente, se necesita una extensión de los fragmentos flanqueados por los primers gracias a la acción de una molécula llamada Polimerasa y que tiene su temperatura óptima de reacción a 72 ºC (aunque se utiliza también una temperatura óptima de 68 ºC, dependiendo de la casa que suministre la polimerasa).
Resumen de la PCR
Por lo tanto y en resumen se tiene en todo el proceso 3 fases:
- Desnaturalización.
- Hibridación de los cebadores.
- Extensión de los fragmentos. Al final de todo el programa, se introduce una fase de extensión más larga para que se termine de obtener un mayor número de copias.
Todo este proceso se realiza en los termocicladores: las reacciones se preparan en frío y los tubos o placas de reacción se depositan en estos aparatos que son programados para realizar los ciclos que he explicado antes. Un esquema de programa es el que pongo en la imagen siguiente:

En cada ciclo de amplificación del ADN, el fragmento diana aumentará en el número de copias de forma exponencial. Esto provoca que, al final de un programa básico, se obtengan aproximadamente hasta 100 millones de copias del fragmento deseado.
Consideraciones sobre la amplificación del ADN por PCR
Las variaciones de tiempo dependen principalmente de la longitud de los fragmentos. Cuanto más tiempo mayor es el fragmento a amplificar. La clave de una buena eficiencia depende de los diseños de las reacciones de PCR que se deben ajustar a las condiciones de cada reacción.
Al principio, las polimerasas que se utilizaban no eran termorresitentes. Esto provocaba que, en cada ciclo, había que añadir polimerasa para que se pudiera extender la amplificación del ADN. Ahora se utilizan polimerasas que permiten ser añadidas en la preparación de las reacciones y se puede olvidar de ello.
No más importante, cuidado con el material a ser utilizado: el calibrado de las micropipetas es esencial y la “limpieza” del resto de materiales y lugar de trabajo pueden ser clave.
Me gustaría explicarlo todo: como se diseñan los cebadores, la realización de la reacción de PCR y todos los componentes, los estudios que se pueden derivar…etc, pero igual no acabo con el artículo y creo que la base sí que la he plasmado.
Una cosa es clara: sin la propia evolución en los conocimientos sobre el ADN y su comportamiento no se podría haber llegado a la situación de Mullis. Personas como James D. Watson, Francis Crick, Rosalind Franklin, Arthur Kornberg, H. Gobind Khorana o Thomas D. Brock tienen en sus espaldas haber sembrado poco a poco la información que ayudó a Kary B. Mullis a desarrollar su idea (que puede tener cierta controversia con el trabajo presentado por Kjell Kleppe).
Información adicional sobre la amplificación del ADN por PCR
Lo mejor es partir del propio escrito original de Kary B. Mullis. Después de generar las correspondientes patentes se puede encontrar por la red un par de documentos datados en 1986 y 1987 respectivamente con los títulos “Specific enzymatic amplification of DNA in vitro: the polymerase chain reaction” y “Specific Synthesis of DNA in vitro via a Polymerase-Catalyzed Chain Reaction”.
Otra lectura que recomiendo encarecidamente es mi monográfico dedicado a la PCR que escribí en su momento para Journal of Feelsynapsis. Como la revista se ha reconvertido en Principia, cualquiera que desee leerlo puede pedirme una copia que se la enviaré con honores.
Este vídeo explica todo bastante bien con un inglés muy fácil de seguir. Incluso se observan los fragmentos que no son específicos (que no se buscan amplificar pero que se obtienen de todas formas por la hibridación de los primers)
[youtube]http://www.youtube.com/watch?v=eEcy9k_KsDI[/youtube]
Referencia del vídeo: Essential Cell Biology, 3rd Edition. Alberts, Bray, Hopkin, Johnson, Lewis, Raff, Roberts, & Walter
Si se tuviera alguna duda al respecto, los comentarios e email están a disposición de cualquiera (y abiertos las 24 horas del día los 365 días del año).
Escuchando: el sonido de las campanas de Papá Noël…JOJOJO!!
Qué es un feed y su utilización
Seguro que alguno os habréis preguntado por qué ponen en la mayoría de los sitios web palabras como feed o rss. Para estar al tanto de lo que se publica en las llamadas webs 2.0 (definición de web 2.0 por Xabier Ribes en 2007 “todas aquellas utilidades y servicios de Internet que se sustentan en una base de datos, la cual puede ser modificada por los usuarios del servicio, ya sea en su contenido (añadiendo, cambiando o borrando información o asociando datos a la información existente), bien en la forma de presentarlos o en contenido y forma simultáneamente”), es tener una suscripción al feed de las webs que interesen. Un claro ejemplo de web 2.0 es este Blog de Laboratorio.
En inglés la palabra feed significa alimento pero el término que se ha adoptado en español es fuente web. Para abreviar, ese feed no es más que un enlace que permite a cualquier usuario o internauta suscribirse al contenido de la página que desee. Como la suscripción a una revista o a un periódico por correo ordinario. En estos últimos casos, el suscriptor paga una cuota, generalmente anual, y la revista o periódico le llega al suscriptor al buzón de casa o donde ordene que se lo entreguen. En el caso de los feeds, la información a la que se está suscrito le llega al internauta a cualquiera de los lectores donde haya alojado ese feed. Me explico. Por ejemplo, si se quiere suscribir a esta web, lo más fácil es cliquear en el botón de la derecha que pone “Suscríbete al blog”. Al pulsar encima del icono se enlaza a una dirección.
Dependiendo de la configuración del ordenador, se puede predeterminar que cada vez que se cliquee en estos feeds, se redirigirá al servicio que los almacene para ser leídos. Ese servicio es como el buzón de las casas donde llega la suscripción de la revista o periódico que comenté anteriormente. De los mejores servicios “lectores de feeds” es el que ofrece Google con su herramienta “Reader”. No es por hacer propaganda, pero si se tiene una cuenta Gmail se puede acceder a este lector en cualquier dispositivo y ordenador mediante la interfaz web de cualquier navegador. De todas formas, se pueden almacenar las suscripciones en programas específicos como “Mail” en Mac o en “Outlook” para Windows. Incluso se pueden almacenar en los propios navegadores web como si se tratara de un marcador o favorito.
Muchos me comentan nada más ver lo de “Suscríbete” que si hay que pagar algo. Pues depende de a qué se quiera suscribir. Pues la respuesta es que no. Por ejemplo en investigación es muy importante estar a la última en noticias y técnicas relacionadas con el trabajo. Todas las webs que se dedican a publicar artículos y técnicas tienen un feed para suscribirse. Y sólo pedirán el abono del precio del artículo que en ese momento no sea de libre distribución. Pero ya dentro de la web y nada que ver con la suscripción. Aunque se esté acostumbrado a que la palabra suscripción signifique “estar atado”, nada más lejos de la realidad. En internet la elección de la información es lo importante. Si no te gusta la web a la que estás suscrito se elimina del gestor de feeds y listo.
Para terminar quería dejar claro un par de conceptos. La fuente web o feed estará escrita siempre en un lenguaje llamado “xml”. Sin embargo se puede encontrar dos tipos de formatos para un feed: los RSS y ATOM. Esto lo quería explicar para que se hable con propiedad. Un RSS no tiene por qué ser el feed de una web. Puede ser ATOM. Fuente web se refiere al medio de redifusión web, mientras que RSS se refiere al formato de dicha fuente web.
Si tenéis cualquier duda, comentádmela como siempre e intentaré resolverla.
Una vez explicado todo esto y ya habiéndose hecho una idea, os puedo comentar a modo de resumen que cuando una página web “redifunde” su contenido mediante una fuente web, los internautas pueden “suscribirse” a ella para estar informados de sus novedades. Este es el concepto. Ahora…¡¡a suscribirse!!