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Raúl de la Puente

el espacio web de @DoctorGenoma

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En el blog encontrarás todas las entradas correspondientes a artículos publicados no pertenecientes al podcast ni al fotolog. Temas variados correspondientes a las inquietudes que me surgen en el día a día: tecnología informática Linux, Windows y MacOS; de dispositivos Android, iOS y Raspbian; sobre el estilo de vida fitness; algo de Ciencia, incluyendo referencias a mi blogdelaboratorio.com; viajes y opiniones varias que sirven en ocasiones para hacer terapia y otras para mostrar incoherencias.

 

Frases que te puedes encontrar en un laboratorio #lablife

Frases que te puedes encontrar en un laboratorio #lablife

Actualización manual del Nexus 5 a Android Lollipop con máquina virtual

Actualizacion-Nexus5-Manual-Maquina-virtual

Mi caso a la hora de actualizar el Nexus de forma manual, como el de muchos, es algo especial puesto que no dispongo de un sistema windows tipo PC. Bueno, sí dispongo, pero siempre intento hacer todo desde la virtualización con mi Mac. Antes las cosas eran más difíciles, pero la compatibilidad de los drivers actuales lo hace todo más sencillo.
Las instrucciones generales para la actualización manual de un Nexus a Lollipop se pueden leer en la página oficial de Desarrolladores de Google, donde se encuentran las imágenes de descarga para cada terminal. Yo tenía el Nexus 5 rooteado, con el Kernel Franco y Xposed framework operativo en mi versión de Kit Kat 4.4.4. Antes de nada, probé a actualizar vía OTA. Lo primero es desinstalar todo lo relacionado con Xposed, desactivando módulos y desinstalando. Luego, por si acaso y para partir de una instalación limpia, hice un reset de fábrica al terminal. Aún así, el kernel seguía siendo Franco y en el momento de actualizar, el error estaba ahí.

Androide típico cuando algo sale mal.
Androide típico cuando algo sale mal.

Así que tocaba actualizar de forma manual. Y ahí fue donde tuve que echar mano de la máquina virtual y poner la paciencia en mi mano derecha como aliada. Instalar todo lo correspondiente al SDK son unas cuantas gigas de datos y no es recomendable hacerlo con prisas.
Una vez todo listo, conectando el terminal por USB en modo fastboot (encendiendo el móvil apretando a la vez botón de volumen arriba+botón de volumen abajo+ botón de encendido) y siguiendo las instrucciones básicas de darle a flashear todo con flash-all.bat, surgió el siguiente error (o algo similar):

target reported max download size of 1073741824 bytes
archive does not contain ‘boot.sig’
archive does not contain ‘recovery.sig’
failed to allocate 1005154516 bytes
error: update package missing system.img
Press any key to exit…

Pongo a continuación el proceso de flasheo manual descrito por Google:

Flashing Instructions

To flash a device using one of the system images below (or one of your own), you need the fastboot tool. You can get thefastboot tool either:

  • From a compiled version of the the Android Open Source Project.
  • Or, from the platform-tools/ directory in the Android SDK. Be sure that you have the latest version of the Android SDK Platform-tools from the SDK Manager.

Once you have the fastboot tool, add it to your PATH environment variable (the flash-all script below must be able to find it). Also be certain that you’ve set up USB access for your device, as described in the Using Hardware Devices guide.

Caution: Flashing a new system image deletes all user data. Be certain to first backup any personal data such as photos.

To flash a system image:

  1. Download the appropriate system image for your device below, then unzip it to a safe directory.
  2. Connect your device to your computer over USB.
  3. Start the device in fastboot mode with one of the following methods:
    • Using the adb tool: With the device powered on, execute:
      adb reboot bootloader
    • Using a key combo: Turn the device off, then turn it on and immediately hold down the relevant key combination for your device. For example, to put a Nexus 5 (“hammerhead”) into fastboot mode, press and hold Volume Up + Volume Down + Power as the device begins booting up.
  4. If necessary, unlock the device’s bootloader by running:
    fastboot oem unlock

    The target device will show you a confirmation screen. (This erases all data on the target device.)

  5. Open a terminal and navigate to the unzipped system image directory.
  6. Execute the flash-all script. This script installs the necessary bootloader, baseband firmware(s), and operating system.

Once the script finishes, your device reboots. You should now lock the bootloader for security:

  1. Start the device in fastboot mode again, as described above.
  2. Execute:
    fastboot oem lock

Locking the bootloader does not wipe any data, but when you want to flash it again, you must run fastboot oem unlock again, which will wipe the data.

La solución ante ese problema de memoria es simple: descomprimir también el archivo de la imagen de Lollipop (en Nexus 5 GSM sería el archivo “image-hammerhead-lrx21o.zip”), asegurarse de tener todo descomprimido en la carpeta “platform-tools” del SDK y ejecutar desde esa carpeta en línea de comandos (cmd) las siguientes órdenes una a una (en la referente al flasheo de la imagen, paciencia. Id a tomar algo. Tarda mucho. Lo justo y necesario para desesperarse pensando que va mal):

fastboot flash bootloader bootloader-hammerhead-hhz12d.img
fastboot reboot-bootloader
fastboot flash radio radio-hammerhead-m8974a-2.0.50.2.21.img
fastboot reboot-bootloader
fastboot flash system system.img
fastboot reboot-bootloader
fastboot flash userdata userdata.img
fastboot flash recovery recovery.img
fastboot flash boot boot.img
fastboot erase cache
fastboot flash cache cache.img
fastboot reboot

 

Ventana de Explorer de Windows 7 con todos los archivos descomprimidos
Ventana de Explorer de Windows 7 con todos los archivos descomprimidos que deben aparecer en la carpeta “platform-tools”. Los correspondientes a la imagen, resaltados. Pulsar para ampliar.

Durante todo el proceso el terminal debe quedarse en modo fastboot. Y con el último comando el terminal empezará a iniciar Lollipop. Paciencia también, que estará unos minutos hasta que aparezcan las palabras Android. Lo mejor es no prestar atención al terminal.

Y listo. La forma más manual de actualizar el Nexus 5 a Lollipop de una manera limpia y con máquina virtual.

De todas formas, para los que les guste ver las cosas en vez de leerlas, aquí os dejo uno de los vídeos en español sobre cómo actualizar a mano el terminal Nexus. Explica la forma tradicional de Google con flash-all.bat. Pero, repito, si os falla como me pasó a mí…ya sabéis qué hacer.


 

Recordando el día de ayer :D

Recordando el día de ayer :D

La primera divulgación científica pasada con nota :D

La primera divulgación científica pasada con nota :D

¡Castañada medieval! #Atarfe #Granada

¡Castañada medieval! #Atarfe #Granada

SIDA, células madre e ingeniería genética

SIDA, células madre e ingeniería genética

Una persona berlinesa consiguió deshacerse del VIH (virus de inmunodeficiencia humana responsable del SIDA) tras un transplante al recibir células madre de un donante que era inmune de forma natural. Así es como comenzó una historia que ha revolucionado a parte de la comunidad científica que lucha por erradicar este mal que amenaza al ser humano.

En 2007, cierto habitante de la capital de Alemania tuvo la desgracia de ser diagnosticado de leucemia con el VIH a sus espaldas. Su médico de entonces y ligado a la Universidad de Berlín, Gero Huetter, conocía los estudios en los que se explicaba la relación de cierta inactivación completa de un gen con la inmunidad ante el VIH. Ese gen (denominado CCR5) controla un receptor de la superficie de las células (linfocitos) T CD4, por donde el virus penetra.

Representación del receptor CCR5 en la membrana.
Representación del receptor CCR5 en la membrana. Pulsar para ampliar.

La inactivación de ese gen de forma completa (con sus dos copias inactivadas en el genoma del individuo. Recordemos que cada gen tiene dos copias en nuestro material cromosómico) provoca la inmunidad ante el virus del SIDA. Gero Huetter hizo una búsqueda exhaustiva en las bases de datos de donantes buscando uno que fuera compatible con su paciente y que, además, tuviera ese gen inactivado de forma natural. Timothy Brown, que así se llama nuestro protagonista enfermo de leucemia e infectado por el VIH, ha estado libre de la carga viral desde poco tiempo después que se le realizara el transplante de células madre.

Distribución mundial de la prevalencia del VIH.
Distribución mundial de la prevalencia del VIH. Pulsar para ampliar.

A partir de aquí entran dos empresas biotecnológicas y una famosa universidad en busca del remedio anti-VIH.

Acción de las nucleasas con dedos de Zinc como sistema de anclaje a la secuencia a modificar.
Acción de las nucleasas con dedos de Zinc como sistema de anclaje a la secuencia a modificar. Pulsar para ampliar.

La empresa Sangamo realizó un estudio en 2009 donde se extrajeron linfocitos T CD4 de pacientes infectados y se trataron mediante la tecnología de nucleasas con dedos de Zinc. Para resumir, esas nucleasas son enzimas construidas a partir de unos dominios denominados Dedos de Zinc de unión al ADN y con enzimas de corte de ADN. Modificando esa capacidad de unión de los dedos de Zinc al ADN se pueden cortar las zonas del ADN que interesen ser escindidas. Esta tecnología permitió obtener en este estudio linfocitos T CD4 sin las copias del gen CCR5, siendo introducidos de nuevo en los pacientes de los que fueron extraídos.
Según se pudo leer en un artículo publicado el pasado mes de marzo, se determinó una mayor supervivencia de esas células modificadas y las personas que estaban siendo ya tratadas, al usarse esta técnica, mejoraron respecto a las que no recibieron los linfocitos modificados. Incluso uno de los pacientes redujo su carga viral tanto que era indetectable. Más tarde se supo que ese individuo tenía uno de los alelos de ese famoso gen CCR5 mutado, inactivado, demostrando la importancia de nuevo de poseer de forma natural esa modificación en el ADN. Uno de los problemas es la vida de los linfocitos T modificados ya que no son permanentes y tuvieron una duración de 48 horas, cosa limitante y que luego veremos que se tuvo en cuenta.

Pasando de compañía, Calimmune tuvo bien aprendida la lección de la duración de las células en el torrente sanguíneo y pasó a otro nivel: las células madre hematopoyéticas, esas células precursoras de las células sanguíneas y, por tanto, de los linfocitos T. Su excelente característica es que estos tipos celulares son permanentes.
En sus avances, la empresa hizo ensayos en individuos introduciendo tanto linfocitos T CD4 como ese tipo de células madre modificadas y presentando ese gen CCR5 inactivado. Pero para esta ocasión se utilizó otra tecnología a la hora de la modificación del ADN: el uso de vectores virales. Usando virus para eliminar otro virus. No quiero liar este post explicando la acción ya que es algo complicado puesto que se basa en el uso de lentivirus, cuyo material genético es RNA. Pero dejo una imagen de ese “silenciamiento” del gen mediante esta técnica para los más curiosos.

Ejemplo de la técnica de silenciamiento de genes mediante uso de vectores virales de Lentivirus
Ejemplo de la técnica de silenciamiento de genes mediante uso de vectores virales de Lentivirus. Pulsar para ampliar.

De este modo, lo que se intentaba era provocar que el organismo de la persona infectada por VIH se transformara en una fábrica de esos tipos celulares modificados y así curarse por sí mismas. Todos estos avances salieron a la luz el pasado agosto de forma fugaz afirmando que el uso de estas células también eran seguras.

Pero es que científicos de la Universidad de Harvard han entrado en acción y han utilizado otra tecnología llamada CRISPR/Cas para modificar las células madre de ratones e inferir esa cualidad que permita la resistencia ante el VIH. Lo mejor es que se ha avanzado en el uso de la técnica ya que se ha demostrado mediante secuenciación que el uso de este método provoca muy pocas variaciones fuera del gen que se quiere modificar. Vamos que es eficiente, cosa que se lee ya en el título del artículo publicado en octubre de este año 2014 en Cell Stem Cell “Efficient Ablation of Genes in Human Hematopoietic Stem and Effector Cells using CRISPR/Cas9”.

Ejemplo de la acción de la tecnología CRISPR/Cas.
Ejemplo de la acción de la tecnología CRISPR/Cas. Pulsar para ampliar.

Más allá de las disputas entre empresas e investigadores (que las hay) sobre quién es mejor o qué técnica tendrá mayor rendimiento a nivel clínico (recordemos que todos estos estudios fueron a nivel preclínico e in vitro y que todas las técnicas generan errores), lo que quería mostrar es esa competencia que provoca un avance. Estudios en paralelo con un mismo objetivo, algo que un alemán y su eficiente médico animaron a iniciar y que ha generado un nuevo frente de batalla ante el VIH. Un final de guerra que puede verse colapsado por esas disputas. Interesante la naturaleza del ser humano, tan rica científicamente y tan desastrosa para nuestra vida en otros campos más ¿económicos?.

Referencias: ZFN technology for HIV/AIDS por Sangamo
Efficient Ablation of Genes in Human Hematopoietic Stem and Effector Cells using CRISPR/Cas9. Mandal, Pankaj K. et al. Cell Stem Cell , Volume 15 , Issue 5 , 643 – 652
Gene Editing of CCR5 in Autologous CD4 T Cells of Persons Infected with HIV
Pablo Tebas, M.D. et al. 2014. N Engl J Med; 370:901-910. March 6, 2014DOI: 10.1056/NEJMoa1300662

Wikimedia Commons.

Este post participa en la XXXIII edición del Carnaval de Biología, que hospeda @CEAmbiental en su blog Consultoría y Educación Ambiental“

Biocarnaval edición XXXIII

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