Tecnología

AmplifX

Estamos ante un programa muy básico que permite simular PCRs y así permite verificar que los primers diseñados para amplificar una secuencia específica, están bien construidos. Esta aplicación permite guardar los primers a modo de base de datos. Así se pueden tener varias parejas de cebadores guardadas y probar con varios fragmentos de ADN secuenciados para probar la reacción de amplificación.

Tiene una funcionalidad añadida: informa sobre la teórica temperatura de anillamiento óptima para llevar a cabo la amplificación de forma específica. Sin embargo es mejor seguir con las indicaciones habituales que seguir esta recomendación (lo he podido comprobar en amplificaciones específicas). Así también, al añadir la pareja de cebadores, muestra un diálogo que comenta la temperatura de fusión, porcentaje de c+g o la estabilidad del extremo 3’ entre otros parámetros.
Es otra herramienta que puede facilitar algo el trabajo del laboratorio.

Enlace AmplifX

Nuevos iMacs y Macs Mini

Cuidado, estudiantes. No caigáis en la tentación de adquirir un nuevo iMac ateniéndose a la oferta de Apple para el sector educativo. No hasta al menos una semana. Apple está dejando sin stocks los iMacs y Mac minis. Esto es porque van a actualizarlos. Por eso es mejor esperar una semanita, que es el tiempo que todos los noticieros especialistas en la manzanita estiman para la salida de los nuevos productos. Según dicen los rumores saldrán esta semana, el día 9 de Octubre para ser más exactos.

Enlace: oferta estudiantes Universia

Escuchando: PuroMac #152

Css-Tricks

El desarrollo de una buena web o blog radica muchas veces en un buen diseño. Es algo que a todos no ha quebrado algo la cabeza cuando se comienza. Se tienen muchas ideas e imágenes en la cabeza y luego es algo dificil plasmarlas en nuestro blog, en cuanto a diseño.

Cris Coyier ha desarrollado una serie de screencast sobre como editar los temas dinámicos de WordPress para que sean más «especiales». En la web css-tricks.com, se pueden ver como es posible modificar las hojas css y las distintas partes de los temas que están diseñados mediante lenguaje php. Aunque hay algunas aplicaciones básicas que utilizan como Psd2Html que son de pago, es un buen comienzo para ver las entrañas de este lenguaje de programación web.
Lo mejor de todo son los screencast realizados por Cris Coyier. Están en inglés, pero en una resolución que permite ver con detalle los pasos a seguir.

Enlace a Css-tricks.com

Escuchando: Podcast de PuroMac

MAPMAKER/EXP 3.0

Este programita generado por Lander y colaboradores en 1987, es uno de los más utilizados (si no es el que más). Es un software basado en MS-DOS que se basa en cálculos matemáticos para generar mapas genéticos. Simplemente la función que realiza es ordenar mediante cálculos de frecuencias alélicas, los marcadores (porciones de ADN que pueden ser o no genes) para formar los distintos grupos de ligamiento (que posteriormente podremos asignarles cromosomas). Estas operaciones serían casi imposibles por el tiempo que llevarían hacerlas a mano. Tan sólo hay un método que puede (y digo puede) ser más sencillo y realizarse a mano: el Color Mapping o mapeo por color. Pero eso será otro cantar.
Intentaré hacer un tutorial sobre la utilización del programa. Lo que sí quería destacar son las peculiaridades del programita. Al ser un MS-DOS (por lo tanto hablamos de estar trabajando en Windows), el acceso y ejecución de órdenes tiene que ser por teclado. Lo primero de todo es el formato del archivo y su ubicación. Todo tiene que estar dentro del mismo directorio que el ejecutable. Y el archivo para trabajar tiene que estar en formato .RAW. Ese archivo es un simple archivo de texto cuya extensión de cambia a .raw. Para generar un archivo con la matriz de datos recopilados, tan sólo hay que copiar de excel todas las celdas y pegar en el bloc de notas. El encabezado de los datos del archivo tiene que tener una nomenclatura y orden preciso. Es necesario porque si no el programa dará error a la hora de leer el archivo. Ese encabezado debe estar en la parte superior del archivo y tiene esta pinta:

data type f2 intercross
113 174 0

donde se observa que los tipos de datos son una población F2 y que hay 113 individuos en los que se analizan 174 marcadores.
Estas son las nociones básicas para poder arrancar el programa y los datos que se han obtenido en la experimentación. Espero que haya servido de algo.

Papers

Esta es una aplicación dirigida a admnistrar papers o artículos de investigación ó papers. Escribir la bibliografía cuando se está escribiendo un artículo para alguna revista o tesis es una tarea engorrosa para alguien novato en el tema. Este programa hace más fácil todo eso.
Primero hay que saber ciertas nociones a la hora de tratar con artículos de investigación. Como las canciones mp3, estos archivos en pdf, tienen la posibilidad de ser etiquetados. Estas etiquetas permitirán añadir datos como el nombre del artículo, autor o revista para que puedan luego catalogarse mejor. Este método de asignar las etiquetas es lo que da trabajo porque se tiene que hacer uno a uno si el archivo no las incluye.
Papers tiene integrado un buscador enlazado con ciertas bases de datos como Google o PubMed y permite importar directamente los pdf, siempre que se esté suscrito a la revista o el artículo sea libre. Mediante esta importación, las etiquetas ya están añadidas y no hace falta reescribirlas. De todas formas, siempre habrá algún paper perdido que necesite ser editado.
La interfaz es muy similar al iTunes en cuanto a aspecto. En el panel principal se pueden ver a la izquierda las bases de datos (ya sean nuestras o del exterior), en el medio las publicaciones listadas con una miniventana con la preview del artículo que esté seleccionado y junto con botones de acceso rápido para imprimir o abrir el pdf completamente. Y a la derecha está el panel donde se encuentra toda esa información de las etiquetas del artículo y que se puede modificar con simples clics de ratón.

interfaz del Papers

A la hora de añadir una cita bibliográfica lo único que hay que hacer es arrastrar al documento que queremos completar y listo. Todo esto es configurable. También se pueden hacer cosas como sincronizar con el iPhone, pero no lo voy a contar todo!.
Sin embargo hay una pega: es de pago. Son 29€ si eres estudiante. Pero siempre se puede bajar la versión de 30 días para probarlo. Hay otros productos como Mendeley Desktop que está tanto para Mac como para PC, pero todavía no les he hechado el ojo. No he hablado del EndNote porque estamos en crisis y ese sí que cuesta una pasta.

Referencia: Papers

Escuchando: F*ck me I’m famous podcast

GTD para laboratorio

Ahora que he podido aprender la metodología del GTD (Getting things done) gracias a la ayuda de Berto Pena de ThinkWasabi y sus fantásticos screencasts, me he dado cuenta que desde hacía tiempo había utilizado un programa para Mac que se basaba en algo muy parecido: Lab Assistant.

Este software permite gestionar las tareas del laboratorio dividiéndolas en Cosas por hacer, recordatorios e incluso genera un log donde almacena todo lo que se ha ido recopilando quedando en un archivo de texto que puede servir como cuaderno de laboratorio digital.
Es una aplicación gratuita y desarrollada por el grupo de Mekentosj, famoso en creación de aplicaciones para uso en investigación. La única pega es que es una excusa más para estar pegado delante de la pantalla y el teclado, aunque en ocasiones haya que hacerlo.

Escuchando: nada de nada