Desde el laboratorio es muy oportuno desear un mejor y feliz 2011. Esperemos que sea al menos un poco mejor que este 2010. Sobre todo en el plano científico, que se ve venir un poco oscuro en nuestro país con la crisis en la que vivimos. Pero sin decaer. Ánimo a todos los que investigan y que no se deje de poner ganas en el trabajo científico, que es lo que realmente importa.
Este blog seguirá intentando divulgar el conocimiento científico de primera mano de los artículos publicados por los investigadores a nivel mundial junto con las experiencias y conocimientos propios en técnicas de biología molecular. Se completará con contenidos tecnológicos, fitness y ocio como se viene haciendo, pero sin comer espacio a la ciencia. Como siempre, está abierto a ideas y temas para mejorarlo. No dudéis en mandar un e-mail, comentarlo en el blog, página de Facebook o Twitter. Incluso ahora disponéis de un formulario de contacto en una de las páginas del blog.
Un saludo para todos y ¡¡A PASARLO BIEN EN ESTAS FIESTAS!!
Tecnología
Jugando a alinear secuencias con Phylo
Ya era hora de que saliera un jueguecito para los que analizamos secuencias. Se trata de Phylo (su nombre completo es ‘Phylo: A Human Computing Framework for Comparative Genomics’), que es un juego creado en flash (sí, como esos juegos en los que se cuidan animales y tal ;-D) consistente en alineamientos de secuencias. Trata de enseñar cómo alinear secuencias gracias a unas cajitas de colores que sustituyen los valores reales de ADN, ARN y proteínas (nucleótidos y aminoácidos para ser más exactos). El alineamiento que puede tocar puede ser por lo tanto tanto secuencias de ADN como de ARN como proteínicas. Para iniciarse en esto de los alineamientos y comprender un poco el “tema” no está mal. Tiene varios niveles y se juegan con especies más o menos emparentadas que generarán alineamientos más o menos complejos. También aumenta la dificultad con un temporizador para cada alineamiento.
El juego-puzzle ha sido desarrollado por el Departamento de Bioinformática de la Universidad McGill de Canadá. Se puede jugar contra la CPU o contra otros jugadores (previo registro) e incluso tus resultados pueden ser enviados a la Universidad de California para que puedan ser cotejados por ellos. Según dicen, esas secuencias del juego son ejemplos reales y que pueden servir los alineamientos conseguidos para avanzar en investigaciones basadas en análisis de secuencias.
Tendría que dedicar unos cuantos artículos para poder explicar claramente cómo se alinean secuencias y todos los programas que se pueden usar y las variables para que el alineamiento sea más efectivo. Pero no está mal juguetear un poco para sacar las primeras impresiones. Y tranquilos, seguro que más de uno se vuelve un poco loco.
Enlace al juego
Escuchando: Los Danko
Gran firewall el óvulo
Esta información ha sido obtenida de una publicación en ¡Cuánta razón! del pasado 28 de noviembre. Pero tenía que estar en este blog por lo que aporta.
Esto sí que es BIOINFORMÁTICA
Escuchando Puromac 191
Ley de protección de datos en JavaHispano podcast
En la sociedad en la que vivimos, el tránsito de los datos en internet es algo que no se mira con mucho hincapié. En este episodio del podcast de la comunidad JavaHispano, que generalmente trata de programación y no de leyes, tienen como invitado a Jesús Perez Serna, experto en Ley de Protección de Datos Personales y privacidad en general. El tema de la entrevista trata sobre qué consiste la Ley de Protección de Datos Personales y se opina sobre casos reales de resoluciones judiciales aplicadas. Lo bueno es que todo lo tratado lo explican con ejemplos del día a día y hace que, desde mi punto de vista, sea un programa de obligada escucha para concienciarse un poco de todo lo concerniente a la protección de datos.
Podréis suscribiros al podcast mediante este enlace o navegar por el post dedicado al podcast, que tiene un menú de enlaces muy interesantes y que completan la información que se da en este episodio sobremanera.
Semana de la ciencia 2010
La semana del 8 al 21 de noviembre en León y Ponferrada se puede disfrutar de una de las actividades más interactivas en cuanto a la ciencia y tecnología se refiere: La semana de la ciencia.
Para este año se han enfocado en tres temas principales:
– Ciencia y tecnología de los alimentos: la ciencia en la cocina.
– Salud y calidad de vida.
– Biodiversidad.
La biodiversidad tiene un espacio especial puesto que nos encontramos en el año internacional dedicado a este tema.
Lo mejor de estas jornadas es, como he dicho antes, la interactividad. Hay un total de 9 actividades a disfrutar entre las que se incluyen multitud de talleres, entre los que destacan los culinarios como catas de vino y queso o también un taller de fisioterapia y otro dedicado a la memoria, y una visita a puertas abiertas en la Universidad de León.
Para que las jornadas fluyan sin problema, se ha habilitado un formulario de inscripción donde poderse apuntar. Esto es porque los aforos de los talleres y visitas es limitado. Así que, si se tiene ganas de asistir visitad la página web habilitada para ello y a apuntarse se ha dicho.
BioLinux 6.0
Este artículo lo escribo con cierta rabia e indignación, por debajo de la alegría de encontrar algo tan útil como este sistema operativo. Lo comento así porque llevo interesado en mejorar el estado de la bioinformática en este país (donde no hay una carrera o especialización como debería), ya que todos los estudios genéticos necesitan un soporte informático ya sea por un análisis de datos o por un estudio estadístico. Es como si los biólogos tuvieran miedo de meterse en la bioinformática. Pero lo curioso es que, en un congreso al que asistí este pasado verano, hablando distendidamente con grandes cargos de la sociedad española de genética ellos estaban también preocupados por el tema y discutimos la situación de este campo en España. La verdad es que somos pocos los biólogos que nos gusta trastear con los ordenadores y sacarles el máximo partido sin mandarles al carajo, pero la conclusión a la que llegamos es que deberían ser Biólogos y no informáticos los que desarrollaran una especialización en esta materia para poder adecuar mejor los datos a la realidad. Después de esta pequeña pataleta, el motivo de la entrada es mi “descubrimiento” de la nueva versión del sistema operativo Biolinux: la 6.0.
Esta distribución de Linux está basada en Ubuntu 10.04 y la desarrollaron para un público que necesita el uso de herramientas bioinformáticas para sus respectivos proyectos. El grupo que lo ha llevado a cabo es NERC Environmental Bioinformatics Centre y, para no tener que instalarlo de cero en usuarios que ya tengan Ubuntu en su ordenador, han posibilitado la instalación de todos los paquetes necesarios para que se transforme en BioLinux en cuanto a las aplicaciones se refiere. Esto es de gran ayuda puesto que muchos tenemos alojados en algún equipo ese sistema operativo y reinstalar de cero no es de mucho agrado.
La única desventaja es que toda la documentación al respecto está en inglés, pero es algo asumible y que viene siendo habitual. Así se tienen aplicaciones instaladas como el QTLcartographer o CLCsequence viewer, que sirven para mapeo genético y manejo de secuencias. Así también, está adaptado para búsquedas para análisis como Blast. De todas formas AQUÍ está un listado con los paquetes instalados de serie con su descripción.
Siempre que hablo con biólogos que no usan más que güindous sobre sistemas Linux, son un poco esquivos a la hora de instalarlos. No tenéis que instalar el sistema operativo para probarlo con todas las funcionalidades. Estas distribuciones Linux vienen en modo Live, que significa que tan sólo tendréis que iniciar el ordenador (ya sea Mac o PC) para que arranque en el CD ó DVD donde se encuentre la distribución y podréis comprobar la potencia de este software libre.
Enlace de descarga de la distribución BioLinux 6.0
Escuchando: El Club vintage