el espacio web de @DoctorGenoma

Ahora que estoy terminando de escribir la ansiada tesis doctoral, me hubiera gustado poder enseñar como he ido trabajando en el laboratorio día a día. Una de las labores cotidianas es realizar fotografías de los geles de electroforesis que contienen los fragmentos de ADN previamente amplificados mediante PCR para poder analizarlos posteriormente con más detenimiento. Esas imágenes se han podido ver en infinidad de documentales y series de televisión. Son esas fotografías en las que salen una serie de bandas que pertenecen a cada uno de los productos de PCR (aunque también pueden ser digestiones con enzimas u otro tipo de análisis a nivel molecular).
Resumiré las nociones básicas de por qué se ven las bandas de ADN gracias al bromuro de etidio (cada día en más desuso por la utilización de otros agentes intercalantes como el Sybr green, con relativo menor peligro mutagénico) y el por qué de su “iluminación” al incidir los rayos ultravioleta. Cuando se expone el bromuro de etidio (ó Bromuro de 3,8-diamino-5-etil-6-fenilfenantridinio) a luz ultravioleta, emite una luz roja-anaranjada, que se intensifica unas 20 veces después de haberse unido a una cadena de ADN. Este efecto es debido al aumento de la hidrofobia del medio. Como el bromuro de etidio se intercala en el ADN, esta sustancia tiene un poderoso efecto mutágenico y, posiblemente puede ser cancerígeno o teratógeno.

Desde que lanzaron el conocido Sybr green los laboratorios Invitrogen®, parecía que el miedo que siempre nos metían a todos los científicos sobre lo malo que era este compuesto desaparecería con el nuevo “invento verde”. Esta molécula se introduce en la estructura secundaria de la doble hélice del ADN y se acopla energéticamente a los ácidos nucleicos que lo forman, de manera que se incrementa notablemente su tasa de emisión fluorescente. Este fenómeno se conoce como transferencia de energía mediante resonancia de fluorescencia. El complejo resultante ADN-SYBR Green presenta el pico de absorción en λ = 498 nm y el pico de emisión en λ = 522 nm (correspondiente a la zona verde del espectro, de ahí su nombre). Ese “miedo” sobre la genotoxicidad del bromuro de etidio que nos intercalaban en nuestras mentes no está muy bien determinado. Como se explicó en 2006 en rrresearch.fieldofscience.com por Rosie Redfield, esa posibilidad mutagénica no está demostrada y las cantidades para que ocurra son increíblemente elevadas. Casi todas las marcas que lo distribuyen muestran los resultados del test de Ames que demuestran el pase de este Sybr green como no mutagénico. Sin embargo, parece ser que existen estudios (ver artículo anteriormente enlazado) en los que se demuestra una mayor toxicidad en ratones con este compuesto que con el bromuro de etidio. Lo malo es que no se suelen explicar todos los pros y contras de cada compuesto como se debería. Y los agentes de ventas de las casas que comercializan estos compuestos tampoco conocen todo sobre ellos. Y no tienen por qué ser completamente transparentes si omitiendo datos consiguen ventas. Lo importante no es echar culpas si no ser precavidos e informarse debidamente.
Una vez dicho todo esto sobre lo que esconden nuestros geles teñidos, quería mostrar que los investigadores del centro TNAU Genomics & Proteomics parece que me han leído el pensamiento y han elaborado un vídeo sobre esta toma de imágenes. Lo bueno es que es exactamente el mismo equipo que usamos en nuestros laboratorios. Tanto el transiluminador Gel Doc como el software Quantity One de BioRad®. El vídeo está en un inglés con acento hindú, pero muy fácil de seguir. Sin más dilación, os dejo con el documento multimedia:
[youtube]http://www.youtube.com/watch?v=a38-lYuPhkQ[/youtube]Este es uno de los equipos. Para los geles de poliacrilamida de toda la vida podemos tomar las fotos con un densitómetro (como un escáner) y luego están los equipos automatizados de electroforesis capilar que te suministran los datos directamente en formato digital para analizarlos tranquilamente. Eso puede ser tema para otro artículo.
Y vosotros ¿qué compuestos y aparatos utilizáis para estas “tareas cotidianas”?
Este post participa en la VI Edición del Carnaval de Biología, , que organiza @Copepodo en su blog Diario de un Copépodo y también en el VIII Carnaval de Química organizado por @lualnu10 en su blog “Caja de Ciencia”.


Escuchando: El golpeo de las teclas en el portátil ;-P
You can find information on the best ways to export your video files for use on blip.tv in our knowledge base.
Thank you,
blip.tv
Ahora que parece que se está mejorando el podcasting y que cada vez vienen mejores proyectos, es un buen momento para dar unas pinceladas de lo importante que es la página web de un podcast. En general, las webs de los podcast cumplen con su cometido. Pero me he llevado alguna que otra sorpresa.
El podcast es un medio de comunicación de contenidos, pero que se pueden consumir en situaciones dispares, por lo que es posible que se quiera consultar algo de lo que se ha comentado en el podcast en otro momento. Incluso recomendar a alguien, que no tenga un conocimiento medio del podcasting, un podcast . De ahí lo importante de una página web para un podcast. Dependerá de la temática del podcast, pero creo que podré adaptarlo:
1) La dirección web: yo soy muy friki y cada vez que añado un podcast también lo añado a mis favoritos de mi navegador web, pero no todo el mundo es así y la primera vez que se busca un podcast también puede ocurrir que, debido al medio elegido o nombre de la url, no se encuentre entre los primeros puestos en los buscadores. Con un dominio único y genuíno todo es más fácil y en el futuro también (por si se quiere cambiar de gestor de contenidos -blogger, wordpress, posterous…etc.- o tenerlo en un alojamiento propio). Siempre lo digo a modo de recomendación, pero suele coincidir que los buenos proyectos tienen un dominio propio.
2) El diseño: es mejor invertir más tiempo en el contenido que en lo bonito que queda la web. Lo importante es cómo ofrecer los contenidos para que el visitante lo pueda consumir y no haya dudas a la hora de conseguir la información. Lo bueno de los gestores de contenidos gratuitos para páginas web es que están plagados de buenas plantillas que se pueden modificar. Ya se irá poco a poco modificando el diseño hasta que quede como se quiera y cumpla con todas las necesidades (de los podcasters y de los oyentes), pero sin prisas.
3) Las páginas: cada web de un podcast debería tener al menos 3 partes: la página principal, la página sobre “acerca de” y una página de contacto. No he puesto una con los medios de suscripción porque ya estarán visibles en la barra lateral de todas las páginas. En la página sobre “acerca de” se puede tener un poco de información del podcast y explicar quién son los integrantes del mismo. Pero se podría dividir en dos páginas si se quiere. En cuanto a la de contacto, con un formulario y el correo valdría, pero añadir las redes sociales en las que se puede encontrar el podcast completa muy bien esta sección.
4) La barra lateral: tanto los medios de suscripción como las redes sociales del podcast deberían tener cabida ahí. Y siempre un reproductor que recopile los episodios del podcast. El resto debe ser complementario. A mí, por ejemplo, no me agrada tener que ir buscando en esta barra métodos de contacto o información del podcast, siendo más intuitivo y rápido crear una página con esa información.
5) Suscripciones: a parte de dejar claro dónde poderse suscribir, es importante que se separe el feed del podcast con el del resto de la web, si es que va a tener publicaciones a parte de las correspondientes a cada episodio. A parte del feed tipo feedburner para el podcast, iVoox e iTunes son de obligado enlace. A partir de ahí, los canales a añadir que sean al gusto del podcaster.
6) Las entradas de cada episodio: aquí depende mucho de la temática del podcast. Un podcast de humor simplemente necesita comentar a grandes pinceladas de lo que constará el programa, pero si entramos en otros contenidos como series, tecnología, cultura o magazines añadir los enlaces de los temas destacados y de las personas que colaboran mejora la calidad de la web del podcast.
7) Reproductor para cada episodio: esto no creo que fuera necesario ni recordarlo. En cada post de cada podcast, debería incluirse al final un reproductor para poder disfrutar del contenido sin tener que salir de la web. Aunque se edite el audio añadiendo esta información para poder observar la “sinopsis” del episodio, los enlaces en la web aumentan la interacción con el oyente.
8) Interacciones con los oyentes: en primer lugar, las redes sociales reciben más feedback de lo que hacen los comentarios en la propia web. Al menos se debe tener un perfil en Twitter y una fan page en Facebook. Si se quiere abrir el abanico, pues mejor. Cuidar los comentarios también mejora ese feedback. Se debería contestar a los comentarios generados en el blog. Aunque sean sólo felicitaciones.
9) Accesibilidad: hay que intentar cuidar que la web sea accesible. Aunque no lo sea completamente. Al menos añadir ciertas etiquetas que permitan navegar a cualquier persona por el site. Este apartado es el menos conocido para mí y me encantaría poder conocer más el tema.
No llega a ser un decálogo (aunque podrían añadirse más puntos seguramente), pero es básico para que todo podcast tenga una página web eficiente. Se que puede ser algo tedioso y más aún en este mundo en el que se hacen las cosas por “amor al arte”, pero vale la pena. Hay que recordar que el podcasting necesita difundirse y, cuanto más fácil se lo pongan a los oyentes, mejor.
Ya sabéis, si tenéis alguna idea más que no haya comentado, sugeridla. Creo que la web de un podcast es como la carta de presentación del mismo. Un currículo actualizándose con cada episodio.
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