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Raúl de la Puente

el espacio web de @DoctorGenoma

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Mirad a los jovenzuelos Steve Jobs y Bill Gates (1983)

Este vídeo lo vi hace unos años después de ver la película de Piratas de Silicon Valley y es cuando me di cuenta lo bien que hicieron en casting para el film.

[youtube]http://www.youtube.com/watch?v=NVtxEA7AEHg[/youtube]

Jpod11. Opinión II.

¡Hola a todos!
Es mi turno de contaros como se viven unas Jpod desde la distancia. A pesar de que por supuesto ya llevo dos años diciendo: “el año que viene NO me lo pierdo”, espero poder decir el próximo año, por estas fechas, que por fin he asistido a unas jornadas de podcasting, así que ahí va mi historia.
Empecé el día por supuesto envidiando a todos los que sabía que en esos momentos están preparándose para ir hacia Alicante, pero aún así, la envidia es sana y vía tuiter veo como se van poniendo en marcha por turnos y según la lejanía, podcasters de diferentes localidades.Les deseo a todos un buen viaje.
Tras consultar las webs de Asociación Podcast, Radio Podcastellano y Jpod11 y estar al día de horarios sobre cada evento que se va a celebrar, se acerca la hora de comenzar y por supuesto me pongo igual de nerviosa casi como si hubiese asistido. Tengo el Ipod en una mano, móvil en la otra, twitter encendido, las webs donde se va a ver en streaming localizadas y asisto desde la distancia al comienzo de las Jpod11.
Por desgracia tengo responsabilidades sociales, familiares y escolares que me impiden seguir el 100% de las jornadas, pero escucho en mi Ipod varios de los podcast que se hacen en directo y en streaming asisto a una de las dos charlas que más me interesaban, pero confío en la organización y pronto podré verlas, estoy segura.
El sábado era el gran día, se entregaban los Segundos Premios de la Asociación y me habría encantado verlos en directo, ver que cara ponen cuando son nombrados ganadores, aplaudirles por su trabajo bien hecho y por supuesto celebrarlo después, pero me es imposible seguirlos por streaming, primero porque voy a estar fuera de casa y segundo porque mi terminal móvil a pesar de ser Android no me permite ver flash, así que pienso en seguirlos vía twitter.
Justo llega la hora de comienzo de la entrega de premios y a pesar de encontrarme en un centro comercial, lleno de gente, con mi pareja (al que también debo esto de estar liada con los podcast), todos viendo el partido de la jornada, yo estoy en otro mundo no puedo dejar de mirar mi móvil porque los tuits se envían por decenas indicando nominados y premiados, me alegro por todos los que se lo llevan, por supuesto,y les felicito; pero también por los que se quedaron a las puertas, quizás este no ha sido su año, pero espero que lo sigan intentando y el próximo año sean los afortunados. Todo bien hasta que soy consciente de que una pequeñita parte de un premio también es mío. Y es que el podcast del que formo parte, Trending Podcast,  ha ganado el premio al Mejor Podcast de Actualidad. Y pese a parecer un poco ñoña, me emociono, sé que el trabajo mas duro lo lleva por supuesto el creador del podcast Kike Silva, y que conmigo tengo a compañeros muchos mas merecedores del premio que yo, pero aprovecho desde aquí una vez mas la confianza que depositaron todos en mí, al contar conmigo para el proyecto; y me siento parte de él. Así que por supuesto felicito desde aquí a TODOS mis compañeros de Trending Podcast por este merecido premio.
Luego llegó el domingo y tras el cierre y las vueltas a casa escalonadas, solo queda hacer balance y ver el buen rollo que a través del streaming, los directos de audio, las fotos, los vídeos y tuits de las jornadas y las salidas tras las jornadas, había y hay entre todos los asistentes y lo habéis demostrado, seguro que todos los oyentes que han asistido habrán quedado con ganas de volver, incluso de formar parte de esta gran comunidad. Gracias a todos por darnos este fin de semana y por supuesto por el trabajo tan bien realizado.
Y aprovechando este espacio de opinión, en el que hablamos de podcast, sin hablar de podcast, aprovecho también para dar las gracias al DoctorGenoma por dejarme pertenecer a este estupendo blog en el que llevo participando algo mas de un año, para ser exactos, un año y 15 días.

Jpod11 opinión I

Hola, soy el encargado de abrir uno de los varios post sobre las Jpod11, ya que 3 de nosotros estuvieron en ellas y cada uno tiene algo que decir, algo que contar y punto de vista diferente. Con el fin de dar la una mejor sensación de lo vivido y para los que no fueron. Lo haremos en varias entregas. Disfruten.
Las Jpod11 que se celebraron en Alicante han sido las más divertidas, si en Barcelona destacaba el ejercito de voluntarios y el constante flujo de cosas ha poder hacer/ver. Aquí destacaría, el esfuerzo de los organizadores, dentro y fuera de las jornadas en si, aquí las jornadas no tenían horario laboral. Empezaban el Viernes por la tarde y terminaban el Domingo, sin parar, todo organizado, todo divertido.
El esquema era el siguiente, dos ubicaciones, Aula Cam, un teatro, dónde se hacían las ponencias y la entrega de premios y sede Camon, para los directos. Ambas salas perfectas, el teatro, por grande y cómodo. Y la Camon por estética (parecía un plató de algo del estilo el informal) y preparación tecnológica (conexiones, enchufes ocultos a ras de suelo…) además de algunos pufs. Esos asientos amorfos pero extremadamente cómodos.
Yo puedo hablar de los directos, que estuve en el 90% y puedo recomendar que se escuchen todos desde la pagina de radiopodcastellano en mp3. Si aparecen video sobretodo se le eche un ojo al de Pánico en el núcleo, los cuales se disfrazaron varias veces. Y al de Ohhhtv y El microondas, dónde cantaron en directo una canción.
Las ponencias fueron interesantes, como siempre Andy Ramos nos mantuvo con los oídos puestos ( recomendamos audio o video cuando salga), Emma Rodero, nos incitó a pensar más en el que está detrás, escuchando y J.Ignacio de Ivoox, nos presentó un nuevo modelo de Ivoox, con opción premium. Del cual hablaremos en futuros post, cuando la información pueda ser valorada y estudiada correctamente.
Los ganadores de las Jpod11 ya están publicados en la pagina de la asociación, en modo podium. Desde aquí queremos destacar a Teleadictos y en especial Dan Defensor que arrasó con todo lo que estaba nominado y fue aplaudido varias veces hasta agotar discurso.
Tras los premios, muchos nos reunimos a cenar y la cosa acabó a altas horas de la madrugada dónde las otras jpod11 finalizaron, solo para dejar paso a los pocos que sobrevivieron el Domingo y asistieron a una interesante y corta mesa sobre profesionalización del podcasting y monetizar.

 

 

Me gustaría felicitar por el trabajo bien hecho y destacar cosas como:
* El exquisito trato personalizado, preJpod11, via email por parte de la organización.
* La perfecta ubicación de, hotel, cena, bar, con respecto a las sedes. 100 metros a la redonda.
* Perfecto trabajo de radio podcastellano, está vez sin problemas de ningún tipo.
* No tuvimos problema ni a la hora de que los ciento y pico de la cena pagáramos y todo cuadrara.
* La eterna sonrisa de los organizadores.
* La cercanía de las personas de las ponencias, postcharla. Cara a cara en un bar, aceptando todo tipo de conversación, critica, chiste y copa.
Enhorabuena a todos, organizadores, asistentes y compañeros, por hacermelo pasar tan bien.
Sunne

Las fotos del ADN

Estructura química del bromuro de etidio
Estructura química del bromuro de etidio

Ahora que estoy terminando de escribir la ansiada tesis doctoral, me hubiera gustado poder enseñar como he ido trabajando en el laboratorio día a día. Una de las labores cotidianas es realizar fotografías de los geles de electroforesis que contienen los fragmentos de ADN previamente amplificados mediante PCR para poder analizarlos posteriormente con más detenimiento. Esas imágenes se han podido ver en infinidad de documentales y series de televisión. Son esas fotografías en las que salen una serie de bandas que pertenecen a cada uno de los productos de PCR (aunque también pueden ser digestiones con enzimas u otro tipo de análisis a nivel molecular).
Resumiré las nociones básicas de por qué se ven las bandas de ADN gracias al bromuro de etidio (cada día en más desuso por la utilización de otros agentes intercalantes como el Sybr green, con relativo menor peligro mutagénico) y el por qué de su “iluminación” al incidir los rayos ultravioleta. Cuando se expone el bromuro de etidio (ó Bromuro de 3,8-diamino-5-etil-6-fenilfenantridinio) a luz ultravioleta, emite una luz roja-anaranjada, que se intensifica unas 20 veces después de haberse unido a una cadena de ADN. Este efecto es debido al aumento de la hidrofobia del medio. Como el bromuro de etidio se intercala en el ADN, esta sustancia tiene un poderoso efecto mutágenico y, posiblemente puede ser cancerígeno o teratógeno.

Distorsión de la hélice de ADN por la inserción del bromuro de etidio entre las pares de bases AT (adenina y timina) y TA. Imágenes procedentes de sandwalk.blogspot.com y artículo en JACS de Reha et al., 2003.

Estructura química del Sybr green
Estructura química del Sybr green

Desde que lanzaron el conocido Sybr green los laboratorios Invitrogen®, parecía que el miedo que siempre nos metían a todos los científicos sobre lo malo que era este compuesto desaparecería con el nuevo “invento verde”. Esta molécula se introduce en la estructura secundaria de la doble hélice del ADN y se acopla energéticamente a los ácidos nucleicos que lo forman, de manera que se incrementa notablemente su tasa de emisión fluorescente. Este fenómeno se conoce como transferencia de energía mediante resonancia de fluorescencia. El complejo resultante ADN-SYBR Green presenta el pico de absorción en λ = 498 nm y el pico de emisión en λ = 522 nm (correspondiente a la zona verde del espectro, de ahí su nombre). Ese “miedo” sobre la genotoxicidad del bromuro de etidio que nos intercalaban en nuestras mentes no está muy bien determinado. Como se explicó en 2006 en rrresearch.fieldofscience.com por Rosie Redfield, esa posibilidad mutagénica no está demostrada y las cantidades para que ocurra son increíblemente elevadas. Casi todas las marcas que lo distribuyen muestran los resultados del test de Ames que demuestran el pase de este Sybr green como no mutagénico. Sin embargo, parece ser que existen estudios (ver artículo anteriormente enlazado) en los que se demuestra una mayor toxicidad en ratones con este compuesto que con el bromuro de etidio. Lo malo es que no se suelen explicar todos los pros y contras de cada compuesto como se debería. Y los agentes de ventas de las casas que comercializan estos compuestos tampoco conocen todo sobre ellos. Y no tienen por qué ser completamente transparentes si omitiendo datos consiguen ventas. Lo importante no es echar culpas si no ser precavidos e informarse debidamente.

Una vez dicho todo esto sobre lo que esconden nuestros geles teñidos, quería mostrar que los investigadores del centro TNAU Genomics & Proteomics parece que me han leído el pensamiento y han elaborado un vídeo sobre esta toma de imágenes. Lo bueno es que es exactamente el mismo equipo que usamos en nuestros laboratorios. Tanto el transiluminador Gel Doc como el software Quantity One de BioRad®. El vídeo está en un inglés con acento hindú, pero muy fácil de seguir. Sin más dilación, os dejo con el documento multimedia:

[youtube]http://www.youtube.com/watch?v=a38-lYuPhkQ[/youtube]

Este es uno de los equipos. Para los geles de poliacrilamida de toda la vida podemos tomar las fotos con un densitómetro (como un escáner) y luego están los equipos automatizados de electroforesis capilar que te suministran los datos directamente en formato digital para analizarlos tranquilamente. Eso puede ser tema para otro artículo.
Y vosotros ¿qué compuestos y aparatos utilizáis para estas “tareas cotidianas”?

Este post participa en la VI Edición del Carnaval de Biología, , que organiza @Copepodo en su blog Diario de un Copépodo y también en el VIII Carnaval de Química organizado por @lualnu10 en su blog “Caja de Ciencia”.
Logo del Carnaval de Biología
Sexta edición del carnaval de química

Escuchando: El golpeo de las teclas en el portátil ;-P

Jugando a las construcciones…y destrucciones!

Img_20111019_182045

Blip tv ya no permitirá alojar mp3

Aviso a podcasters (sobretodo los que tengan pensado empezar) y oyentes, todo aquel que tenga una cuenta de bliptv ha recibido este email:
At blip.tv we’re focused on being the best home for high quality, original episodic web series. To that end, we have focused on making our upload process as easy and fool-proof as possible. For a number of years we’ve permitted the upload of non-video formats, but beginning December 13th, 2011 we will be turning off the ability to upload all audio-only formats, including MP3.
Pro accounts will still have the ability to create MP3 conversions from their source video files, but direct MP3 uploads will no longer be allowed.  If you are uploading an audio only podcast, we strongly recommend using a more appropriate platform such as Libsyn or Podbean. On November 15th we will begin offering an option in the  blip.tv Dashboard to re-direct your current feed to a new location. This will allow iTunes to move your subscribers over to your new feed and host automatically.

You can find information on the best ways to export your video files for use on blip.tv in our knowledge base.

Thank you,
blip.tv

Así que a partir del 13 de Diciembre se cierra el grifo para subir podcast de audio. Bliptv nos informa de que a partir del 15 de Noviembre nos facilitarán una manera de migrar nuestro feed y que Itunes lo tolere ( a mi esto me suena a ciencia ficción porque me huele una de problemas con los feeds y perdidas de capítulos anteriores…) ¿Alguien ha usado las plataformas que nos dicen, Podbean o Libsyn ?
Desde lapodcastfera.net queremos mostrar otras opciones para solucionar este problema. Si al crear el podcast en Itunes fuisteis avispados y le disteis la url de vuestro Feedburner lo tenéis francamente fácil. Simplemente seleccionar la plataforma de alojamiento que más rabia os de, ya sea de pago como Redcoruna (recordad que Kafelog ofrece un descuento con una palabra clave, más información contactad con ellos) o gratuito como Ivoox, entre otros. Y le dais el RSS de dicha plataforma con el nombre de vuestro podcast a Feedburner. Y nadie habrá notado el cambio.
Si eres de los que le dio el feed de Bliptv a iTunes, el tema es peliagudo, ya que negociar con Itunes es bastante complicado. En dicho caso solo tenemos 2 opciones, una, esperar a ver si lo que nos ofrece Bliptv es una solución sencilla y funcional (sobretodo funcional). O bien, perder el feed y crear otro.
¡Tranquilos, no cerréis el blog y salgáis gritando! ¿cómo cambiar el feed del podcast sin quedarme sin oyentes? Pues para ello tendremos que crear un último audio (o video si ya está en marcha la nueva ley de Bliptv) avisando de nuestro cambio y pidiendo educadamente que los oyentes interesados cambien la url del Feed, no seremos los primeros en hacerlo. Ni los últimos. Antes de esto tendremos que crear un Feedburner para que no nos vuelva a suceder y dárselo a Itunes.
Aviso que no será 100% efectivo y los oyentes menos activos podrían perderse por el camino. Así que les deseamos suerte en sus migraciones.
* Lapodcastfera.net informa que no tiene ningún tipo de comisión con ninguna de las direcciones web mencionadas anteriormente en este post. Gracias
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