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Raúl de la Puente

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En el blog encontrarás todas las entradas correspondientes a artículos publicados no pertenecientes al podcast ni al fotolog. Temas variados correspondientes a las inquietudes que me surgen en el día a día: tecnología informática Linux, Windows y MacOS; de dispositivos Android, iOS y Raspbian; sobre el estilo de vida fitness; algo de Ciencia, incluyendo referencias a mi blogdelaboratorio.com; viajes y opiniones varias que sirven en ocasiones para hacer terapia y otras para mostrar incoherencias.

 

Jugando a alinear secuencias con Phylo

Logo de Phylo
Ya era hora de que saliera un jueguecito para los que analizamos secuencias. Se trata de Phylo (su nombre completo es ‘Phylo: A Human Computing Framework for Comparative Genomics’), que es un juego creado en flash (sí, como esos juegos en los que se cuidan animales y tal ;-D) consistente en alineamientos de secuencias. Trata de enseñar cómo alinear secuencias gracias a unas cajitas de colores que sustituyen los valores reales de ADN, ARN y proteínas (nucleótidos y aminoácidos para ser más exactos). El alineamiento que puede tocar puede ser por lo tanto tanto secuencias de ADN como de ARN como proteínicas. Para iniciarse en esto de los alineamientos y comprender un poco el “tema” no está mal. Tiene varios niveles y se juegan con especies más o menos emparentadas que generarán alineamientos más o menos complejos. También aumenta la dificultad con un temporizador para cada alineamiento.

Ejemplo del juego Phylo
Ejemplo del juego Phylo

El juego-puzzle ha sido desarrollado por el Departamento de Bioinformática de la Universidad McGill de Canadá. Se puede jugar contra la CPU o contra otros jugadores (previo registro) e incluso tus resultados pueden ser enviados a la Universidad de California para que puedan ser cotejados por ellos. Según dicen, esas secuencias del juego son ejemplos reales y que pueden servir los alineamientos conseguidos para avanzar en investigaciones basadas en análisis de secuencias.

Tendría que dedicar unos cuantos artículos para poder explicar claramente cómo se alinean secuencias y todos los programas que se pueden usar y las variables para que el alineamiento sea más efectivo. Pero no está mal juguetear un poco para sacar las primeras impresiones. Y tranquilos, seguro que más de uno se vuelve un poco loco.

Enlace al juego

Escuchando: Los Danko

Gran firewall el óvulo

Esta información ha sido obtenida de una publicación en ¡Cuánta razón! del pasado 28 de noviembre. Pero tenía que estar en este blog por lo que aporta.
El óvulo como firewall

Esto sí que es BIOINFORMÁTICA

Escuchando Puromac 191

Vistas especialmente blancas

Esto es lo que se ve al llegar a casa. Antes cualquiera saca el móvil :-S

A los becarios nos quitan el 5% del sueldo

Aunque recientemente he dejado de ser becario en el sentido estricto de la palabra, todavía me considero como tal. Y más ahora con lo que nos aplican al llamado “funcionariado”. Como sabréis todos los funcionarios han recibido ciertos recortes en su salario debido a la crisis económica en la que nos encontramos. Para ir al grano, hace aproximadamente 15 días nos convocaban a todos los becarios con contrato laboral FPI, FPU, ULE (Universidad de León) y becarios de proyectos dependientes de subvenciones de organismos oficiales para darnos la fantástica noticia de que nos quitan el 5% del sueldo y que se aplica desde Junio de este mismo año (que en realidad es desde el 20 de Mayo). Menuda broma. Después de muchos años de lucha para que nos dieran el beneplácito de incluirnos en un régimen de contrato a partir del tercer año para poder cotizar en seguridad social y que cuente para cobrar el paro, ahora nos incluyen a todos los efectos en lo que llaman funcionariado cuando antes sólo éramos curritos post-universitarios. Vale, venga, me trago que nos incluyan “en su mundo” pero ¿desde Junio? Bien claro lo dejaron diciendo que los que hayamos dejado de ser becarios entre la fecha de aplicación y la fecha actual también se nos aplica. Y sí. Me ha llegado una carta solicitando el pago a la Universidad de León del dinero correspondiente a la “deuda” por ese 5%. Irónico: becario y ahora endeudado.
Se nos ha comunicado que debemos esperar por si se puede apelar. Apelar, ¿A quién? Pues las dos salidas que nos dan son un recurso contencioso administrativo ante el Juzgado de lo Contencioso Administrativo de nuestra ciudad o un recurso de reposición ante el Rectorado de nuestra Universidad. Ya es bastante difícil vivir con nuestro sueldo y con la mitad de tu trabajo perdido a efectos de desempleo para que encima nos quiten un 5% y a destiempo.

Notificación Deuda Becarios

Esto es a nivel nacional, pero nuestra Universidad también tiene la dejadez de no avisar a los alumnos de doctorado que el pago de la tutela académica (pago que se tiene que realizar para mantener en registro el título de tesis doctoral) este año no se hace más que por la secretaría virtual (un servicio web) y siempre se ha enviado una carta para pagarlo un mes después como tope. También se añade el mamoneo que existe para ciertas becas sobre temas específicos (ya sabemos que el mamoneo “normal” es cosa del día a día). Y hay muchos más temas que provocan un desprecio por mi parte a este país, que siempre hacen perder el tiempo y preocuparnos por más cosas de las que deberíamos siendo investigadores. Claramente lo digo desde mi punto de vista como científico. Excepto el apego por los familiares, siempre terminamos mirando fuera de las fronteras como cachorros enjaulados. Menos mal que, en ocasiones, se tiene un grupo humano trabajando contigo que hace que te olvides de estas cosas. Pero todo esto corrobora que en España, la ciencia va por muy mal camino.

#EpicFail de la semana en accesibilidad: Correos

Y no es sólo la puerta de entrada, que la exterior es manual y la interior automática, sino que el escalón alto (perdón porque no se vea) sin rampa unido a la apertura de la puerta hacia afuera lo complican todo llevando un cochecito de bebé. Y la empleada no creáis que se levanta para ayudar, ¿Para qué?

Herramientas para la detección de sandeces

Hoy mismo se ha publicado en el blog de la Aldea Irreductible un artículo en el que se trata cómo nos creemos más lo que nos dice un tipo con bata. Me he quedado con el vídeo que ha enlazado al final del post y que he querido mostrar también en este blog puesto que nos llega muy pero que muy directamente a los que estamos metidos en Ciencia. El vídeo dura 15 minutos y consta de dos partes que os pongo a continuación. Vedlos y sacad conclusiones.
[youtube]http://www.youtube.com/watch?v=6mBbA_TlLZI[/youtube] [youtube]http://www.youtube.com/watch?v=bSapkPHuLNU[/youtube]

¿A que son claras esas herramientas? Los que nos estamos doctorando sabes muy bien lo que es el Método científico. Perfecta esa última frase del señor Michael Shermer: “La Ciencia es la mejor cosa jamás ingeniada para comprender el mundo”.

Escuchando: Teleadictos podcast

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