Ya que he estado estas semanas volviendo al maravilloso mundo de las enzimas de restricción, voy a explicar algo sobre una aplicación web que ayuda un poco a la hora de utilizar estas tecnologías.
RestrictionMapper version 3 es simplemente una utilidad desarrollada por una casa comercializadora de enzimas de restricción, que permite configurar diversas variables para encontrar las proteínas cortantes que nos sirvan. Se introduce la secuencia que se quiera estudiar y luego se va configurando si se quiere una endonucleasa con cierto número inicial de nucleótidos como partida, si sea o no sensible a metilaciones, si se quiere restringir el estudio a un puñado de enzimas preferidas por el investigador…etc. Finalmente se debe dar un nombre de proyecto y se da a «Run». Se obtiene una página imprimible donde expone las enzimas que cortan y las que no. Muestra el número de veces que ha actuado la endonucleasa y las posiciones de corte.
Blog
En el blog encontrarás todas las entradas correspondientes a artículos publicados no pertenecientes al podcast ni al fotolog. Temas variados correspondientes a las inquietudes que me surgen en el día a día: tecnología informática Linux, Windows y MacOS; de dispositivos Android, iOS y Raspbian; sobre el estilo de vida fitness; algo de Ciencia, incluyendo referencias a mi blogdelaboratorio.com; viajes y opiniones varias que sirven en ocasiones para hacer terapia y otras para mostrar incoherencias.
Dopaje genético
La necesidad de explotar al máximo las capacidades de los deportistas no está limitada en la toma de ciertas sustancias. Desde antes del inicio de las olimpiadas de invierno en Vancouver, los organismos encargados de controlar el doping están bastante preocupados por la posibilidad de dopaje genético. Lo más usual en el doping deportivo es el consumo de sustancias del tipo hormonal o que incidan directamente en el torrente sanguíneo para mejorar el rendimiento. En medicina se han utilizado los avances en la genética para tratar la obesidad, la diabetes o enfermedades musculares. ¿Y si se pudiera canalizar ese conocimiento para hacer trampas en el deporte? Por ejemplo, los genes de la insulina como factor de crecimiento podría aumentar la masa muscular. Y las moléculas que regulan la expresión de los genes pueden hacer que los atletas más eficiente de la energía, o ayudar a crear más fibras de contracción lenta del músculo. Todos estos estudios ya han sido publicados en la revista Science.
Lo más trascendente es que se sabe que en Alemania y en China se ha estado experimentando con estas tecnologías. Se comenta que han estado en manos de los competidores. Los investigadores apuntan que estos tratamientos hasta ahora sólo ha sido capaz de producir “ratones más rápidos o más fuertes.” Ya, ya. Generando superratones. A lo mejor empiezan a invadirnos los individuos transgénicos.
Fuente: Podcast de Scientific American
Qik: vídeos en streaming para compartir
Jugando con las aplicaciones del Market de Android me tope con una que se llamaba Qik. En la descripción decía que era un servicio para publicar vídeos que se grabaran con el móvil en streaming. En tiempo real. Había que registrarse, así que un día sin más lo probé en el laboratorio. No me lo creía. Lo que se graba se puede ver en streaming y luego,si se quiere, el vídeo se puede compartir. El tiempo no me da para jugar mucho, pero ese primer vídeo de prueba os lo quería dejar para que lo veáis. Recordad que el móvil es una HTC Magic y la cámara es lo peor del dispositivo. Aquí lo dejo.
La compresión también baja la calidad del vídeo, pero por lo menos en Android la velocidad de lanzamiento de la aplicación y conexión (recordemos que hay que tener una conexión de datos, ya sea 3G o vía WIFI) es asombrosa. En un momento estaba el vídeo colgado en la nube y listo para etiquetar.
El registro sólo os pide un nombre, nombre de usuario, contraseña y correo electrónico. Después os dice que os descarguéis la aplicación para el móvil y una vez instalada y loqueado desde el teléfono, ya se puede comenzar a grabar. El streaming se puede ver directamente desde la web del perfil. En mi caso sería http://qik.com/doctorgenoma. Y no habría que hacer más. Os recomiendo tener este servicio sobre todo si se tiene un móvil con plan de datos contratado. Creo que en un futuro le sacaré partido a la idea.
Escuchando: Cabreados 130
Trona de viaje para niños
Estoy mirando cositas para el retoño que vendrá este año. Todo lo que se necesita lo dejará a un lado en dos días. A no ser que seas un criador de niños, todo acabará en el trastero de la casa o donándoselo a familiares o necesitados. No estaría de más tener algo de lo que poder deshacerse sin pudor. Pues han diseñado la trona que os muestro en la imagen. No es que sea algo del otro mundo (y el chaval no está demasiado contento sentado en ella), pero por algo se empieza. Para usarla todos los días no, pero como alternativa a escapadas o vacaciones, no está mal tener controlado a los babies.
La cuarta fase
Esta película ha hecho que se me pusieran de punta los pelos de los brazos. Puede ser que tenga algo que ver mi punto de vista científico y lo que me intriga desde pequeño todo lo extraño y tapado por la opinión pública. No creo que sea una película imprescindible de ver. Sin embargo el comienzo ya se distingue del montón. Milla Jovovic explica un poco lo que se va a ver. Y deja en el aire que creamos lo que queramos. Si lo que se dice y se ve es cierto, es para flipar. Si os gusta lo paranormal debéis verla. Seguro que al final del filme tendréis ganas de investigar más sobre la Doctora Abigail Tyler.
Las enzimas de restricción
A lo largo de estas semanas estoy volviendo a trabajar con enzimas de restricción y, antes de publicar un artículo sobre ciertas aplicaciones, será buena idea explicar un poco sobre el tema.
Las enzimas (ó endonucleasas) de restricción son unas proteínas con acción catalítica que tienen la propiedad de reconocer secuencias cortas, de unos cuatro ó seis pares de bases en el ADN de doble hebra, y cortar en todos los puntos donde se encuentre dicha secuencia. Este lugar de corte se denomina diana de restricción. Cada enzima de restricción tiene una diana particular en el ADN. En la actualidad hay un amplísimo catálogo de enzimas de restricción (podéis ver un ejemplo en el listado de Takara) y los usos destinados son varios: para la realización de mapas físicos (hablamos de ADN, no de cordilleras XDD), huella genética ó fingerprinting, búsqueda de polimorfismos tipo SNPs, AFLPs, RFPLs, utilización en pasos previos a la clonación…etc. Y multitud de aplicaciones más específicas que hacen muy versátiles en su uso.
Con un ejemplo queda todo más claro: una enzima muy típica es Alu I que reconoce la secuencia AGTC y corta la doble hélice del ADN entre la Guanina y la Timina. Su actuación sería darse un paseo por toda la hebra de ADN en búsqueda de esa diana. En el momento que la encuentra, se ancla y corta, obteniéndose dos fragmentos. Si no hubiera esa secuencia diana, no corta y el fragmento de ADN de doble cadena que teníamos quedará igual que antes. Si os dais cuenta, es un buen método para diferenciar individuos. La variación de nucleótidos entre distintos individuos puede observarse de esta forma sin necesidad de secuenciar.
No se aplican estas enzimas a la totalidad del ADN genómico, ya que se obtendrían multitud de bandas que no se podrían distinguir bien. Se amplifican, mediante PCR, ciertos lugares específicos del ADN para que las dianas de restricción permitan obtener unos resultados claros para su posterior análisis.
Para los que trabajamos en un laboratorio esto que acabo de explicar es como usar el cuchillo en las comidas, pero ya he visto que hay cierto interés en ciertas aplicaciones de uso en el laboratorio y pronto haré una review de herramientas que facilitan el estudio mediante enzimas de restricción.
Por ahora, para que no sea un rollo lo que he explicado, os dejo con un vídeo (es una animación en 3D) sobre como actúa una enzima de restricción para clonar un fragmento de ADN. Recordad lo que es la clonación. Es una de las técnicas de ingeniería genética más comunes en los laboratorios de biología molecular. Se puede ver como la actuación de la enzima proporciona unos extremos en el plásmido (son moléculas de ADN extracromosómico circular o lineal que se replican y transcriben independientes del ADN cromosómico. 
Están presentes normalmente en bacterias, y en algunas ocasiones en organismos eucariotas como las levaduras. Su tamaño varía desde 1 a 250 kb. El número de plásmidos puede variar, dependiendo de su tipo, desde una sola copia hasta algunos cientos por célula) que son complementarios al corte hecho a un fragmento de ADN que queremos insertar con la misma enzima de restricción. Por último serán unidos los extremos por otra enzima llamada ligasa. Así se puede incluir como si formara parte del plásmido y obtener copias idénticas del fragmento de interés al replicarse la bacteria.
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Espero que os haya gustado.