ADN

Foto actual del ADN

Aunque esto no es noticia puesto que fue publicado hace casi dos semanas, en el blog de un genetista esto es muy pero que muy relevante. Desde siempre la única foto “verdadera” del ADN eran las que se observaban gracias a la difracción de Rayos X (como la famosa imagen de Rosalind Franklin allá por los años 50 del siglo pasado -ver figura 1-).

Figura 1. Imagen de la doble hélice de ADN tomada mediante difracción de rayos X de 1952. Pulsar para agrandar

Ahora se ha conseguido sacar una instantánea de la doble hélice mediante microscopía electrónica. El trabajo se detalla en la publicación de Gentile y colaboradores del pasado 22 de noviembre y consiste en la obtención de la imagen mediante la suspensión de siete moléculas de ADN entre dos pivotes de silicio. En medio de esos pivotes se coloca un agujero por el que se hace pasar el haz de electrones que atravesará el objetivo a retratar: el ADN.
La verdad es que la foto (ver imagen de cabecera) no da una información muy obvia a simple vista pero, según se describe, se puede observar la periodicidad del enrollamiento de la doble hélice. En la imagen, las flechas en rojo señalan esas vueltas para así hacernos una idea de cómo estarían las moléculas “estiradas” de forma perpendicular a dichas marcas.

La verdad es que se aclaran bastantes cosas en el pdf suplementario al artículo (ya que se puede descargar sin pago previo) donde se muestra cómo se sitúan las dobles hélices en el experimento gracias a modelos en tres dimensiones y así poderse comparar con lo observado con la microscopía de transmisión de electrones.

Figura 2. Simulación de la imagen del ADN en 3D, la primera a la izquierda, y cómo se debería ver mediante el microscopio, las cuatro de la derecha.

Figura 3. Imagen de la colocación de las siete dobles hélices de ADN (parte superior) y la imagen obtenida mediante microscopía de transmisión de electrones (parte inferior). Pulsar para agrandar.

Ya tenemos otra foto que añadir al álbum del ADN.

Referencias:
Francesco Gentile, Manola Moretti, Tania Limongi, Andrea Falqui, Giovanni Bertoni, Alice Scarpellini, Stefania Santoriello, Luca Maragliano, Remo Proietti Zaccaria, and Enzo di Fabrizio. Direct Imaging of DNA Fibers: The Visage of Double Helix. Nano Letters Article ASAP, 22 nov 2012.(http://dx.doi.org/10.1021/nl3039162).

Novedades en las búsquedas BLAST

Hace unos días me llegó la noticia de que la herramienta dedicada a las búsquedas BLAST en el NCBI se había actualizado ofreciendo novedades.
Al obtener los resultados aparece en la parte superior un enlace a un nuevo tipo de informe “View these results in the new enhanced report” junto otro enlace a un video de YouTube donde se detallan las nuevas opciones.

Entre ellas cabe destacar por su utilidad, la posibilidad de descargar únicamente las regiones de las secuencias de la base de datos que alinean con la nuestra, así como ver gráficamente alineamientos múltiples. Os animo a ver dicho vídeo explicativo de tres minutos:

[youtube]http://www.youtube.com/watch?v=yfITRIk34Js[/youtube]

Doy las gracias al Dr. Carlos Polanco del área de Genética de la Universidad de León por seguir enviando esos correos que ayudan a estar al día de estas pequeñas grandes cosas.

El Día del ADN

La celebración de este día es algo que realmente se lleva haciendo desde hace 9 años. Aunque los “DNAólogos” como yo lo llevemos celebrando desde que supimos la publicación de los señores Watson y Crick en Nature de la estructura del ADN allá por 1953 (aconsejo visitar las publicaciones del año pasado sobre el descubrimiento de la estructura del ADN, con vídeo, y la dedicada a la publicación en Nature ;)), los norteamericanos se quisieron adueñar de esa fecha por su aportación en el proyecto del genoma humano (ya que también terminó por esas fechas en 2003). En realidad no, “su día” no suele caer el mismo 25 de abril. Ya sabemos como son. Hacen fiesta nacional y chitón. Pero algo tan relevante no puede ser “secuestrado” por unos pocos. A lo largo y ancho del globo terráqueo se celebra ese 25 de abril como el Día Mundial del ADN.

Gracias a las redes sociales se puede compartir con todo el mundo las experiencias que se tengan durante el día y que estén relacionadas con el ADN. Yo he participado a través de mi red social favorita (hablo de Twitter) los dos últimos años con el hashtag #DNAday, publicando noticias relevantes, fotografías y frases relaciondadas con el ácido desoxirribonucleico. Se pueden ver incluso concursos a nivel europeo conmemorando esta jornada. Pero este año España se une a la fiesta con una iniciativa que se debe difundir. Se trata del evento conmemorativo al Día del ADN que se celebrará en el Museo Nacional de Ciencia y Tecnología (MUNCyT). No voy a repetir lo que podéis ver en la web de Genoma España (PULSA AQUÍ Y AQUÍ), pero me parece muy bien que se inicie en el conocimiento de esta estructura a niños y mayores a través de una reunión para pasarlo bien. ¡Quién tuviera entre 5 y 8 años para hacer una doble hélice de gominolas!…ummhh…;D.
A parte de la proyección de una de las películas que más nos gusta a casi todos los biólogos moleculares y en especial a los que nos dedicamos a la Genética (GATTACA) en la sesión de adultos con la correspondiente mesa debate, los jóvenes adolescentes podrán hacer un estudio forense al más puro estilo CSI (vaya, ya he mencionado esa serie…GRR).

Claro está que no todos podremos ir a Madrid para disfrutar de los talleres. Pero para eso están las redes sociales. Con plataformas como Flickr o Instagram podremos compartir todo tipo de instantáneas mediante la etiqueta #DíadelADN (en Flickr la fundación Genoma España ya ha creado un grupo).
Existe una aplicación web muy “biofriki” que consiste en introducir tu nombre y obtener la secuencia de ADN codificante a la proteína que forma el nombre, hace una búsqueda en bases de datos y da un resultado con la proteína similar a la correspondiente a la secuencia aminoacídica obtenida tras traducir la secuencia nucleotídica de ADN (como un BLAST con el algoritmo blastx, vamos -perdón por el tecnicismo, pero he tenido que hacer muuuchos a lo largo de los últimos años-). Parece lioso, pero es simple: Nombre–>proteína—>secuencia de ADN a partir de la secuencia proteica—>búsqueda en bases de datos de las posibles traducciones con proteínas similares de algún organismo.

interfaz de la aplicación web deCODE — Interfaz de la aplicación web deCODE. Pulsar para agrandar.

Por ejemplo, mi nick es una proteína predicha de Escherichia coli. Como dicen en Genoma España, sería gracioso poner todos el día 25 el nombre pero en código ADN. Es una chorrada y SUPERBIOFRIKI ;D.

Espero que este día sea conocido un poco más por todos. Desde aquí animo a todos los internautas a que aporten con píldoras de su #DíadelADN.

Este post participa en la XII Edición del Carnaval de Biología que se organiza en este “Blog de laboratorio“.

XII Carnaval de Biología

Tomando el relevo del último Biocarnaval alojado en “Ciencia y alguna que otra cosa“, comienza una nueva edición. ¡Y van 12!. Bueno, 12 +2, porque en veranito se hizo una edición especial doble para no aburrirnos en esos meses de calor, por estas latitudes, que son Julio y Agosto. Parece que fue ayer cuando comenzó esta iniciativa aquel mes de febrero del año pasado. He disfrutado y disfrutaré de estos biocarnavales como un enano. Tanto que ya forman parte de mi genoma. Y es que se han podido leer más de 300 artículos junto con ilustraciones y fotografías relacionadas con el estudio de la vida. Esto es como un pay per view de lo que me interesa pero sin el “pay”. Y no porque sea gratis (que lo es) sino porque es IMPAGABLE todo el esfuerzo que se está haciendo y encima divirtiéndonos comunicando la ciencia. Mirad todos los temas tratados en las ediciones anteriores:

I edición (febrero de 2011): MicroGaia (Tema propuesto: Bacterias)
II edición (marzo de 2011): La muerte de un ácaro (Tema propuesto: Evolución)
III edición (abril 2011): El Pakozoico (Tema propuesto: Relaciones tróficas)
IV edición (mayo 2011): BioUnalm (Tema propuesto: Biotecnología)
V edición (junio 2011): Feelsynapsis (Tema propuesto: Ellas también investigan)
1ª edición del Biocarnaval de verano (julio y agosto de 2011), coordinado por Marimarus blog (Tema propuesto: Artrópodos) y ¡Jindetrés sal! (Tema propuesto: Anécdotas biológicas veraniegas). También se llevó a cabo el Concurso de bioilustraciónen Feelsynapsis y el de biofotografía en Microgaia
VI edición (octubre 2011): Diario de un copépodo (Tema propuesto: ¡No puedo creer que no sea…!)
VII edición (noviembre 2011): Curiosidades de la Microbiología (Tema propuesto:Gazapos)
VIII edición (diciembre 2011): Resistencia numantina (Tema propuesto: Defendiendo ideas contra la evidencia)
IX edición (enero 2012): La Ciencia de la Vida (Tema propuesto: Cordados)
X edición (febrero 2012): Scientia (Tema propuesto: Enzimas)
XI edición (marzo 2012): Ciencia y alguna que otra cosa (Tema propuesto: La información y la vida)

A modo personal, he de decir que alojar esta edición es muy importante. Es el mes de mi cumpleaños y justo el mes que viene defenderé mi tesis doctoral. Va a ser una inyección de moral impresionante.
Ya dejándonos de “ñoñerías”, voy a hacer los honores de poner a continuación las normas, directrices o reglas (como más os guste) que se han de seguir para llevar a buen puerto este XII Carnaval de Biología:

1. La participación es libre.
2. Cada mes el blog anfitrión anunciará el inicio del Carnaval indicando la fecha de comienzo (se recomienda que sea la misma que la del anuncio) y la fecha de fin del mismo (preferiblemente a finales de cada mes). La elección del blog anfitrión de cada edición la hará libremente el último blog que la haya organizado. Se puede recurrir a amigos, familiares o vecinos blogueros. Para participar no hace falta tener blog propio, se puede publicar en el de un amigo, familiar, vecino…y se hará mención expresa al autor o autores.
3. La temática será libre pudiendo ser de cualquiera de los muchos campos dentro de la biología: evolución, botánica, zoología, microbiología, bioquímica, genética, etc. Por supuesto también es libre el contenido de la misma. Aunque el anfitrión puede proponer un tema concreto sobre el que los participantes pueden escribir, dibujar, cantar, o lo que tengan pensado.
4. Cada entrada (post) publicado deberá indicar que participa en la n-Edición del Carnaval de biología citando y enlazando al blog organizador. Tenéis dos posibles formas de avisar, directamente al blog anfitrión o al twitter del carnaval @biocarnaval.
5. Cada organizador puede ir mejorando e innovando con nuevas propuestas y apuestas. Todo debe funcionar solo. Si alguien se ofrece a crear una web y/o un logo o banner para el carnaval mucho mejor.

Se irán publicando los enlaces de cada participación en esta misma entrada.
Como fecha de inicio es la correspondiente a la publicación de esta entrada, el 7 de abril, y como fin el próximo 3 de mayo. Ambos días incluidos.
Al igual que en el resto de las ediciones, el tema es libre. Como estamos en el mes en el que se celebra el día del ADN, cumpliéndose el aniversario de la publicación de la estructura de la doble hélice y siendo ésta una web con cierta tendencia genética…qué menos proponer como tema “el ADN”. Con que exista alguna relación en lo publicado, vale. Pero recordad que sólo es una propuesta.
A parte de las formas de avisar expuestas en la norma número 2 (comunicándolo en el blog o mediante la cuenta de twitter del biocarnaval), podéis contactar también por e-mail (a contacto@blogdelaboratorio.com o a mi buzón personal doctorgenoma@gmail.com) tanto para el aviso como para postear alguna publicación si no se posee algún blog a donde enlazar. Las páginas oficiales de rauldelapuente.com/ en Facebook o Google plus y las cuentas de twitter @bloglaboratorio y @doctorgenoma están también a disposición de todos para dejar comentarios o lo que estiméis oportuno.
Para dejarlo todo más fácil aún, os dejo un ejemplo en código html para copiar y pegar (que a lo mejor es más cómodo…o no ;)) de la mención que se puede poner al final del artículo que participe y que se explica en la norma 4:

Este post participa en la <a href="http://twitter.com/biocarnaval" target="_blank">XII Edición del Carnaval de Biología</a> que organiza Raúl de la Puente (<a href="http://twitter.com/doctorgenoma" target="_blank">@doctorGENoma</a>) en su "<a href="http://blogdelaboratorio.com/xii-carnaval-de-biologia/" target="_blank">Blog de laboratorio</a>".

Dicho todo esto, aquí espero vuestras aportaciones. Un abrazo a todos desde el lab ;D

LISTADO DE PARTICIPACIONES

1.- Los biomarcadores como base en el diagnóstico de enfermedades. Publicado en “Curiosidades de un químico soñador” por @yerga
2.- El plancton oceánico en peligro. Publicado en “Ser Vivo” por @Ser__vivo
3.- Superlife, silicio orgánico. Publicado en “Científicamente correcto“.
4.- Supernova bacteriana. Publicado en “Curiosidades de la Microbiología” por @Manuel_SanchezA.
5.- Electrobiocombustibles. Publicado en “Curiosidades de la Microbiología” por @Manuel_SanchezA.
6.- Los animalillos de las películas de animación (XXX). Animals United. Publicado en “La Ciencia de la vida” por @biogeocarlos.
7.- La Coenzima Q10… ¿molécula milagro o el cuento de la lechera?. Publicado en “Scientia” por @ScientiaJMLN.
8.- La última procesión. Publicado en “La Ciencia de Amara” por @bioamara.
9.- La tropa avitaminada. Publicado en “Vendo mi cuerpo por ser delgad@“.
10.- El día del ADN. Publicado en “Blog de laboratorio” por @doctorGENoma.
11.- Composición de la dosis genética de los cromosomas sexuales en plantas. Publicado en “Biounalm” por @davidzote.
12.- Luz actínica. Publicado en “La aventura de la Ciencia” por @monzonete.
13.- Dóblalo, pliégalo, foldit!!!. Publicado en “Considérate pequeño para llegar a ser grande”.
14.- ¿Cuál es la mejor plataforma de secuenciamento?. Publicado en “Biounalm ” por @davidzote .
15.- Geofagia en piquituertos . Publicado en “Ser Vivo ” por @Ser__vivo .
16.- La ranita de vaqueros azules . Publicado en “Forestalia ” por @claudator_.
17.- Los cameos científicos de Parque Jurásico . Publicado en “Cultivando cultivos “.
18.- Obesos acuosos . Publicado en “Vendo mi cuerpo por ser delgad@“.
19.- Gimli, el enano bioencapsulado por culpa de su mal olor . Publicado en “Scientia ” por @ScientiaJMLN .
20.- EL Nikola Tesla de los monos . Publicado en “Idea secundaria ” por @Jeibros .

Resultados de encuesta sobre pruebas genéticas DTC

Hace más de un año se abrió la encuesta con un artículo previo donde hacía mención al tema y explicaba el debate acontecido en aquel momento por la comunidad científica ante las pruebas de ADN directas al consumidor dirigidas a prevenir ciertas enfermedades. Ante la pregunta ¿estarías dispuesto/a a realizar una prueba genética DTC (directo al consumidor)? el resultado de la misma ha sido el siguiente.

El muestreo que origina esta encuesta puede estar sesgado debido a la gente que ha tenido acceso a ella. Así como que ha estado un poco escondida en la barra lateral durante todo este tiempo. Probablemente, los resultados se verían modificados si se hiciera a pie de calle. Por eso seguirá en vigor y se intentará que aumente el número de encuestados.
¿Os interesa algún tema de índole científica a debatir en el blog? Podéis dirigir vuestras sugerencias a cualquiera de los medios de contacto y redes sociales que queráis. Gracias por la ayuda 😉

Las fotos del ADN

Estructura química del bromuro de etidio

Ahora que estoy terminando de escribir la ansiada tesis doctoral, me hubiera gustado poder enseñar como he ido trabajando en el laboratorio día a día. Una de las labores cotidianas es realizar fotografías de los geles de electroforesis que contienen los fragmentos de ADN previamente amplificados mediante PCR para poder analizarlos posteriormente con más detenimiento. Esas imágenes se han podido ver en infinidad de documentales y series de televisión. Son esas fotografías en las que salen una serie de bandas que pertenecen a cada uno de los productos de PCR (aunque también pueden ser digestiones con enzimas u otro tipo de análisis a nivel molecular).
Resumiré las nociones básicas de por qué se ven las bandas de ADN gracias al bromuro de etidio (cada día en más desuso por la utilización de otros agentes intercalantes como el Sybr green, con relativo menor peligro mutagénico) y el por qué de su “iluminación” al incidir los rayos ultravioleta. Cuando se expone el bromuro de etidio (ó Bromuro de 3,8-diamino-5-etil-6-fenilfenantridinio) a luz ultravioleta, emite una luz roja-anaranjada, que se intensifica unas 20 veces después de haberse unido a una cadena de ADN. Este efecto es debido al aumento de la hidrofobia del medio. Como el bromuro de etidio se intercala en el ADN, esta sustancia tiene un poderoso efecto mutágenico y, posiblemente puede ser cancerígeno o teratógeno.

Desde que lanzaron el conocido Sybr green los laboratorios Invitrogen®, parecía que el miedo que siempre nos metían a todos los científicos sobre lo malo que era este compuesto desaparecería con el nuevo “invento verde”. Esta molécula se introduce en la estructura secundaria de la doble hélice del ADN y se acopla energéticamente a los ácidos nucleicos que lo forman, de manera que se incrementa notablemente su tasa de emisión fluorescente. Este fenómeno se conoce como transferencia de energía mediante resonancia de fluorescencia. El complejo resultante ADN-SYBR Green presenta el pico de absorción en λ = 498 nm y el pico de emisión en λ = 522 nm (correspondiente a la zona verde del espectro, de ahí su nombre). Ese “miedo” sobre la genotoxicidad del bromuro de etidio que nos intercalaban en nuestras mentes no está muy bien determinado. Como se explicó en 2006 en rrresearch.fieldofscience.com por Rosie Redfield, esa posibilidad mutagénica no está demostrada y las cantidades para que ocurra son increíblemente elevadas. Casi todas las marcas que lo distribuyen muestran los resultados del test de Ames que demuestran el pase de este Sybr green como no mutagénico. Sin embargo, parece ser que existen estudios (ver artículo anteriormente enlazado) en los que se demuestra una mayor toxicidad en ratones con este compuesto que con el bromuro de etidio. Lo malo es que no se suelen explicar todos los pros y contras de cada compuesto como se debería. Y los agentes de ventas de las casas que comercializan estos compuestos tampoco conocen todo sobre ellos. Y no tienen por qué ser completamente transparentes si omitiendo datos consiguen ventas. Lo importante no es echar culpas si no ser precavidos e informarse debidamente.

Una vez dicho todo esto sobre lo que esconden nuestros geles teñidos, quería mostrar que los investigadores del centro TNAU Genomics & Proteomics parece que me han leído el pensamiento y han elaborado un vídeo sobre esta toma de imágenes. Lo bueno es que es exactamente el mismo equipo que usamos en nuestros laboratorios. Tanto el transiluminador Gel Doc como el software Quantity One de BioRad®. El vídeo está en un inglés con acento hindú, pero muy fácil de seguir. Sin más dilación, os dejo con el documento multimedia:

[youtube]http://www.youtube.com/watch?v=a38-lYuPhkQ[/youtube]

Este es uno de los equipos. Para los geles de poliacrilamida de toda la vida podemos tomar las fotos con un densitómetro (como un escáner) y luego están los equipos automatizados de electroforesis capilar que te suministran los datos directamente en formato digital para analizarlos tranquilamente. Eso puede ser tema para otro artículo.
Y vosotros ¿qué compuestos y aparatos utilizáis para estas “tareas cotidianas”?

Este post participa en la VI Edición del Carnaval de Biología, , que organiza @Copepodo en su blog Diario de un Copépodo y también en el VIII Carnaval de Química organizado por @lualnu10 en su blog “Caja de Ciencia”.

Escuchando: El golpeo de las teclas en el portátil ;-P