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Raúl de la Puente

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ADN

Cómo se realiza una prueba de ADN

Recuerdo que una de las primeras prácticas de Genética consistía en “jugar” con nuestro propio ADN para hacer algún análisis mediante estudios de PCR. Como veréis en el vídeo siguiente, una prueba de ADN para determinar la paternidad por ejemplo es sencilla. No es que sea un vídeo demasiado actual (tiene unos tres años) pero está desarrollado por una empresa que se dedica a realizar dichas pruebas y lo han hecho para captar clientes, así que es muy de cara al público y sin meterse en términos técnicos y sólo muestra lo que tiene que hacer el cliente para poder envíar las muestras. Además, puede ser gracioso por los términos utilizados ya que se trata de un servicio dado por una empresa estadounidense y está doblado como aquellos dibujos animados que veíamos de pequeños.

[youtube]http://www.youtube.com/watch?v=MYrLI-J3nVs[/youtube]

Muy “atrayente” eso de “descubra el poder de la prueba de ADN hoy”. Parece más de un anuncio de detergentes.
Hay muchas empresas que se dedican a hacer este tipo de pruebas. Ésta en concreto lo hace por el “modico precio” de 169 dólares. En una de las prácticas de Bioquímica un profesor nos comentó que el presupuesto que se tenía para impartir dichas prácticas por alumno era de unos 6 euros. Sé de buena tinta que el profesor quería meternos algo de miedo porque en cursos anteriores se habían destrozado ciertos materiales y quería que tuviéramos cuidado, pero muy desencaminado no iba. He podido debatir sobre el tema con gente afín al campo de la Genética y, aunque los precios han bajado considerablemente, siguen siendo un negociazo este tipo de pruebas (a modo de ejemplo, observad estas tarifas de la empresa EasyDNA afincada en España).
¿Qué pensáis? ¿Veis razonable estas tarifas? ¿Creéis que se están favoreciendo de esa publicidad que dan las series de televisión?

Escuchando: Daboblog podcast número 30

A Structure for Deoxyribose Nucleic Acid

“We wish to suggest a structure for the salt of deoxyribose nucleic acid (D.N.A.). […]”. Así es como empieza el escrito enviado por James D. Watson y Francis H. C. Crick a la revista Nature en 1953 y que sería publicado en el volúmen 471 en casi dos páginas el 25 de Abril del mismo año.
Hace ya 58 años de la publicación y todavía sigue maravillándome cómo una página y 3 líneas han cambiado el mundo de la biología molecular. He querido colgar este escrito para que todos pudierais leerlo (aunque está en inglés) en su formato original (está en html5, pero si no lo podéis ver tenéis otro enlace con el texto a pantalla completa). De todas formas os pongo también un enlace con la traducción al español gracias al trabajo del Dr. C. de Paz que lo colgó en la web bioxeo.com hace unos cuantos años.

Molecular structure of nucleic acids

Para mí, cada vez que lo leo me permite hacer un repaso de las bases de la genética molecular. El último párrafo mencionando a otros investigadores muy relevantes para el descubrimiento (recomiendo ver el vídeo publicado en el anterior post) recuerda que este trabajo tuvo más ayuda.
Disfrutad del escrito, como lo he hecho yo.

Descubriendo la estructura del ADN

Por la conmemoración del quincuagésimo octavo aniversario del anuncio del descubrimiento de la estructura del ADN (el 28 de Febrero de 1953) y su posterior publicación en Nature (el 25 de abril de 1953) quería explicar un poco como fue todo lo relacionado con ese evento que ha cambiado “bastante” la Ciencia. Sin embargo me he topado con un vídeo que, por su duración y explicación, es más ameno que estar leyendo. Se mencionan los nombres de Wilkins, Franklin, Watson y Crick, la foto 51 y, además, cómo una cervecería volvió a ser el centro del mundo por unos momentos. Os dejo con el fragmento del documental “Watson y Crick y la doble hélice de ADN”.

[youtube]http://www.youtube.com/watch?v=uCm87Hn85Qk[/youtube]

Interesante, ¿no creéis?.

Escuchando: Gravina 82

Sobre el uso de la sangre materna para saber el genoma del feto

Descifrando el genoma del fetoEl pasado 8 de Diciembre, en la revista Science Translational Medicine se publicó cierto avance sobre el diagnóstico de enfermedades genéticas gracias a la obtención del genoma del feto mediante al análisis de la sangre de la madre. El estudio revela que hay una cierta cantidad de ADN del futuro hijo en el plasma de la sangre materna. Este ADN está degradado y por lo tanto son multitud de fragmentos “flotando” por ese suero sanguíneo.

Las avanzadas técnicas de secuenciación que ya hemos comentado en el blog, permiten el análisis de una gran cantidad de fragmentos y los programas bioinformáticos permiten ordenar esas secuencias. Los estudios para desenmascarar ese ADN del feto son muy exhaustivos y costosos (por ahora), pero se espera que en un futuro no muy lejano los costes se abaraten y sea una prueba que permita eliminar métodos invasivos como la amniocentesis para detectar enfermedades hereditarias.
El estudio se comprobó mediante un análisis a una pareja que podría dotar a su todavía no nato hijo la enfermedad de la beta-talasemia. Gracias a la comparativa del ADN de la madre y del padre junto con el obtenido del plasma sanguíneo comprobaron que la técnica permitía averiguar con certeza si el hijo tendría esa herencia perjudicial para su salud. Recordando un poco de genética, ese gen causante de la beta-talasemia está envuelto en la formación de la hemoglobina y que provoca un bajo rendimiento en la toma de oxígeno. Su herencia es clásica (si los padres son portadores del alelo mutado o malo) con un 25% de probabilidades de que herede los dos alelos “buenos”, un 50% de que herede con ambos alelos sin causar la enfermedad y un 25% de probabilidades de que lleve ambos alelos malos y desarrolle la enfermedad. El estudio del genoma del feto por medio del análisis del plasma sanguíneo permite obtener unas proporciones de los genes de ambos genomas, de la madre y del niño. Estudiando esa proporción se puede estimar si el niño lleva o no la carga genética buena o la mala. Mediante el estudio con la amniocentesis se corroboró todo y se pudo asegurar que el futuro hijo nacerá sano. En el trabajo se pudo secuenciar e identificar el 94% del genoma del feto para su comparación final de más de 900000 puntos a contrastar.

He podido leer en varios periódicos, como la Vanguardia, que explican el estudio pero verdaderamente no lo aclaran, llevando a la confusión a los lectores que comentaban cosas como que se podía conocer todo ya que las células sanguíneas dan toda la información como el cariotipo (esquema de la colocación e identificación de los cromosomas gracias a encontrarse en la fase metafase). Lo que realmente importa es que el ADN del feto que se obtiene está disgregado en el PLASMA. No hay células sanguíneas completas del feto para hacer un estudio cromosómico. Que se pueda deducir una enfermedad del tipo Síndrome de Down (trisomía del cromosoma 21) por una estimación de los genes que están contenidos en ese cromosoma 21 es una cosa y otra es obtener el cariotipo.
Como siempre, las noticias científicas no son informadas con el rigor que se debería. Yo ya he tomado cartas en este asunto ya que me parece un grandísimo avance. Ya me gustaría que todos mis compañeros investigadores cada vez que vieran faltas de rigor lo comunicaran. Así los periodistas tampoco estarían tan mal valorados.

Referencia: Y. M. Dennis Lo, K. C. Allen Chan, Hao Sun, Eric Z. Chen, Peiyong Jiang, Fiona M. F. Lun, Yama W. Zheng, Tak Y. Leung, Tze K. Lau, Charles R. Cantor and Rossa W. K. Chiu. Maternal Plasma DNA Sequencing Reveals the Genome-Wide Genetic and Mutational Profile of the Fetus. Journal of Systematics and Evolution Vol. 2, Issue 61, p. 61ra91 DOI: 10.1126/scitranslmed.3001720

Jugando a alinear secuencias con Phylo

Logo de Phylo
Ya era hora de que saliera un jueguecito para los que analizamos secuencias. Se trata de Phylo (su nombre completo es ‘Phylo: A Human Computing Framework for Comparative Genomics’), que es un juego creado en flash (sí, como esos juegos en los que se cuidan animales y tal ;-D) consistente en alineamientos de secuencias. Trata de enseñar cómo alinear secuencias gracias a unas cajitas de colores que sustituyen los valores reales de ADN, ARN y proteínas (nucleótidos y aminoácidos para ser más exactos). El alineamiento que puede tocar puede ser por lo tanto tanto secuencias de ADN como de ARN como proteínicas. Para iniciarse en esto de los alineamientos y comprender un poco el “tema” no está mal. Tiene varios niveles y se juegan con especies más o menos emparentadas que generarán alineamientos más o menos complejos. También aumenta la dificultad con un temporizador para cada alineamiento.

Ejemplo del juego Phylo
Ejemplo del juego Phylo

El juego-puzzle ha sido desarrollado por el Departamento de Bioinformática de la Universidad McGill de Canadá. Se puede jugar contra la CPU o contra otros jugadores (previo registro) e incluso tus resultados pueden ser enviados a la Universidad de California para que puedan ser cotejados por ellos. Según dicen, esas secuencias del juego son ejemplos reales y que pueden servir los alineamientos conseguidos para avanzar en investigaciones basadas en análisis de secuencias.

Tendría que dedicar unos cuantos artículos para poder explicar claramente cómo se alinean secuencias y todos los programas que se pueden usar y las variables para que el alineamiento sea más efectivo. Pero no está mal juguetear un poco para sacar las primeras impresiones. Y tranquilos, seguro que más de uno se vuelve un poco loco.

Enlace al juego

Escuchando: Los Danko

Ya son siete los genomas humanos secuenciados

Doble hélice de ADN
Un varón japonés no identificado se ha unido al grupo de humanos cuyo genoma ya ha sido secuenciado en su totalidad desde 2001. Los otros seis individuos son el genoma de James Watson, que co-descubrió la estructura del ADN, Craig Venter, el magnate de los EE.UU. de la biotecnología, un hombre de la etnia Yoruba de África occidental, dos hombres coreanos, y un varón de etnia china Han.
El estudio, publicado en la revista especializada Nature Genetics, está encabezado por Tatsuhiko Tsunoda del Centro de Medicina Genómica de Yokohama.
Un consorcio internacional de investigación ha puesto en marcha el denominado “Proyecto Mil Genomas” (Thousand Genomes Project), dirigido a la secuenciación completa del genoma de 1.000 personas anónimas y publicar los datos en el dominio público.
El proyecto tiene como objetivo arrojar luz sobre las variaciones genéticas que pueden explicar la vulnerabilidad sobre enfermedades hereditarias y poder adaptar los medicamentos a las necesidades individuales.
Tsunoda dijo que estaba cauteloso acerca de hacer una comparación rápida entre los japoneses y los otros genomas conocidos. “Más muestras -decenas- sería necesario, que es nuestro plan de futuro”, dijo.
Tsunoda dijo que su equipo estaá trabajando en nuevas maneras de detectar patrones de múltiples variaciones en el código genético.
“En el futuro, seremos capaces de encontrar gran número de variaciones en los genomas individuales que deberían estar relacionadas con muchas enfermedades”, dijo Tsunoda.
Al paso que van los avances en secuenciación, no tengo duda que en un futuro cercano podremos pedir que nos impriman una copia de nuestro ADN como si el informe de vida laboral se tratara. Espero que os haya gustado.

Enlace al estudio de secuenciación japonés

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