Ciencia

Aquí encontrarás todo lo relacionado con la ciencia y su divulgación. Gran parte, desarrollado de la extinta web "Blog de laboratorio".

El tribunal de una Tesis doctoral

En los meses previos a defender la tesis doctoral, se revisa pormenorizadamente las personas que van a constituir el tribunal que “juzgará” el trabajo que has realizado durante los (al menos) cuatro años de doctorado. Generalmente, estará formado por 5 personas: el Presidente, el Secretario y otros tres Doctores que, generalmente, proceden de universidades distintas a la que pertenece el doctorando. En muchas ocasiones vienen personas de otros países, Catedráticos en la materia en su mayoría. Esto hace que sea un orgullo defender un proyecto. También suele pertenecer al mismo grupo de investigador del doctorando uno de los dos componentes del tribunal que no vengan de fuera: el Presidente o el Secretario. Todo el tribunal suele situarse en una mesa cerca del doctorando, el cuál se coloca de pie delante de un estrado donde manejará todo lo necesario para llevar a cabo la presentación.
La verdad es que no hay nunca un tribunal igual. Los hay preguntones y los hay que le parece todo fenomenal. Los hay inquietos y otros que parece que les da lo mismo. Sin embargo, todos suelen leerse las tesis (todo lo contrario que sucede con las tesinas). Y puede que venga alguien de otro país no latino, por lo que la barrera idiomática puede ser un handicap importante en la defensa. Con la de bibliografía que se lee en lengua inglesa, creo que pocos no podrán contestar a preguntas técnicas relacionadas con el tema.
Los que hemos presentado una tesina (o lo que es en otras carreras el proyecto de fin de carrera) ya se conoce como va el proceso. Sin embargo la duración de la presentación hace mella. Toda la defensa se debe realizar en un periodo de tiempo de una hora aproximadamente, incluyendo las preguntas y respuestas. Sin embargo, es un momento que se espera, se afronta con ganas. Además suelen ir a verlo personas que importan en la vida del doctorando y permite confirmar ante todos que lo expuesto viene de un trabajo constante.
Se me olvidaba una cosa. Por supuesto la gastronomía está presente al final de todo. El conjunto del tribunal junto con las personas más allegadas, suelen ir de comida o cena para celebrar el nuevo título de Doctor. Yo creo que esto es lo mejor de todo. Pero aún me falta unos meses al menos para comprobarlo.

Escuchando: Podcast 11 de la Buhardilla 2.0

El cuaderno de laboratorio

Vamos a comentar un poco sobre el compañero inseparable del investigador: el cuaderno de laboratorio. Todo lo que se realice en el laboratorio tiene que estar bien documentado: las tareas, los resultados (buenos y malos), las ideas, protocolos…etc., y para ello está el cuaderno. A la hora de entrar en el laboratorio es lo primero que tocas y será lo último que veas cuando se sale por la puerta. Es como un gestor GTD rudimentario pero con las funciones bien definidas. Existen programas que permiten llevar las tareas del laboratorio (incluso apuntando los períodos de tiempo), pero originan más una pérdida de tiempo que una ayuda porque se necesita estar más pegado al monitor que otra cosa. Por si los maqueros quieren probar alguno, pueden pasarse por la sección de aplicaciones. Allí comento el Lab Assistant, que se puede sacar un buen partido ya que genera logs en los que se pueden incluir las imágenes que se deseen.
Dependiendo de lo que se haga y dónde se tenga el cuaderno, puede ser de un tipo u otro. Se pueden tener cuadernos de las tareas y protocolos en el laboratorio donde se “cocinen” los experimentos y luego se puede tener otro mejor ordenado donde se expongan los resultados. Yo tengo las dos cosas en el mismo ya que en el laboratorio en el que me encuentro puedo organizarlo así. Lo que tiene que tener ese bloc es orden. Orden y limpieza. La mayoría de las veces sirve para presentar los resultados y hazañas obtenidas a los directores del proyecto de investigación por lo que es muy buena idea que la imagen sea buena: las fotos bien etiquetadas, protocolos fáciles de seguir, letra legible y evitando manchurrones que enpobrezcan lo realizado entre micropipetas.
A medida que se va avanzando en el proyecto lo más seguro es que se deba tener más de 2 cuadernos. Es recomendable etiquetarlos para que no se pierdan, ya que el que se usa siempre se tiene a mano pero el resto hay ocasiones en las que se les pierde la vista (como por ejemplo al prestárselo a alguien que le interese lo que haces). En nuestro laboratorio se suele dar últimamente cuadernos que permiten arrancar las hojas y éstas ya están perforadas para archivarlas. Así tengo yo mis tomos científicos cuasi enciclopédicos XDD.
Cuando se empieza un proyecto de investigación recomiendo que el cuaderno plasme todo lo que se realiza, detallando las fechas y todos los males que puedan ocurrir. Ah!, un pequeño truco: como en la mayoría de las ocasiones se hacen chuletas para hacer algunos protocolos y luego se posa el cuaderno en cualquier sitio con peligro de derrame de sustancias líquidas, el uso del lápiz o portaminas es indispensable. Así se evitan ciertas manchas que hacen ilegibles los resultados. Aunque lo mejor es hacer chuletas separadas, claro.

A modo de curiosidad, existen marcas que fabrican cuadernitos para laboratorios. Os muestro uno en la imagen lateral. Y si queréis echar un vistazo, en este enlace se muestra un amplio catálogo de cuaderno para todo tipo de tareas. Yo por ahora me quedo con los de toda la vida.

Mapa del genoma del oso panda gigante

Investigadores del Instituto de Genomica de Pekín han terminado por secuenciar y mapear el genoma del panda gigante. Lo curioso, a parte del estudio intensivo de este animal en peligro de extinción, es que la comparación realizada con otros genomas de las bases de datos ha demostrado su similitud con el perro.
El oso panda gigante posee 21 pares de cromosomas conteniendo en ellos alrededor de 20.000 genes. Gracias a este estudio se podrá intentar encontrar las causas de la poca capacidad reproductiva si ésta se produce por una consecuencia de expresión génica. A ver si se salvan al final estos animalicos.

Fuente: Beijing Genomics Institute

Gmail: el gran aliado del investigador

Nunca pensé que iba a tener todo lo que necesito en el trabajo en cualquier lugar del mundo y que no tuviera que pagar por ello. Mucha gente comenta que estamos «cogidos por los huevos» por Google. No lo niego. Cualquier persona del mundo le preguntas cuál es su página de inicio y te va a responder como un pavo: google. Sin embargo poca gente sabe todo lo que ofrece esta empresa. En primer lugar, tienes el simple correo Gmail. Lo esencial. Para crear una cuenta en condiciones con Google, se debe registrar en este servicio. Cuando se tiene la cuenta de correo se accede al escritorio donde se ven el resto de aplicaciones.

Gmail gestiona directamente los contactos como cualquier otro proveedor de correo electrónico. Pero lo primero que impresiona es una cosa: hay 7,5 Gb de espacio en el buzón. Hace 10 años casi no había discos duros con esa capacidad y ahora nos la da un servicio por hacer un par de clics. Tiene directamente asociado un chat para que no se tenga que cambiar de ventana o aplicación para entablar una conversación. Los filtros de correos recibidos son muy configurables. Y se puede dirigir los correos de otras cuentas y de otros proveedores y enviar los mensajes utilizando ese buzón de Gmail pero pudiendo responder con la dirección que se desee. Y, como no, la posibilidad de configurarlo todo con cualquier gestor de correo y agenda. Pero Gmail es sólo lo básico. Lo siguiente que ofrecen gratuítamente es Calendar: el gestor de calendarios y tareas. Que es compatible por ejemplo con iCal y Outlook. Y si se quiere que Google te avise por sms de algún evento de la agenda, pues también es posible y gratuíto. No se tiene que sincronizar un móvil con ninguna aplicación de calendarios para recordar todos los eventos. Es posible configurarlos todos por sms y recibir los avisos en cualquier dispositivo.
Reader es otra de las herramientas que más deberían usar los investigadores. Mediante Reader se pueden seguir todos los rss para estar al día de las publicaciones y noticias referentes a la ciencia. Sin depender de las suscripciones guardadas en el portátil u ordenador de cada uno. Donde se quiera se puede acceder a la aplicación en la web y revisar los artículos.
Pasamos a Google Docs. Imaginad que estáis en un ordenador ajeno y que necesitais escribir una carta pero que no hay instalada aplicación alguna de ofimática. Pues mediante GDocs se pueden crear esos documentos y guardarlos para el momento que se quiera. Yo todavía no he tenido la oportunidad, pero ya me he visto en situaciones parecidas en ciertos hoteles que tienen ordenadores a disposición de los clientes pero que tan sólo tienen lo necesario para navegar por internet. Pues con esto está todo solucionado. Y si encima se tiene acceso a infinidad de publicaciones y que se pueden gestionar mediante su interfaz…pues, como dicen los del sur, «de lujo».
Esto que he contado es lo básico. Pero hay más cosas como Orkut (red social de google), Gtalk (chat de Google), Blogger (servicio de creación de blogs), Feedburner (administrador de los feeds de páginas web, que sirve para gestionar las sindicaciones), por no hablar de Maps (para guardar y observar rutas) o la nueva y muy verde aún Google Wave (un nuevo interfaz en el que se quiere orientar el correo al mundo empresarial en el que varias personas pueden seguir un mismo wave y opinar o escribir sobre ello desde cualquier lugar) pero que se necesita de invitación para acceder teniendo cuenta de Gmail.
Hay más cosas por ver en este mundo Google, pero yo lo veo genial y muy útil mientras que la gran mayoría de la gente que conozco se queda con los ojos abiertos y lo primero que me dice es: «¡Qué friki que eres!». No me molesta la palabra sino la falta de información y desperdicio de una de las herramientas más potentes que existen. Probádlo los que aún no lo hayáis catado y ya me contaréis.

Cómo utilizar las micropipetas

No se puede tener un instrumental más “usado” que las micropipetas en un laboratorio de biología molecular. Dejando a parte el desgaste y mal uso, una correcta utilización asegura el buen rendimiento de las reacciones de PCR, por ejemplo, cómo utilizar las micropipetas sigue siendo un factor crucial en un laboratorio.

A parte de la elección de las puntas adecuadas (hay algunas que no se adhieren bien…y ya estamos en el problema del dinero y las marcas, pero no quiero meterme en eso ahora), la selección de la micropipeta para la medición seleccionada y de estar bien seguros de haber realizado las medidas previas correctamente, el problema está en el uso del émbolo.

Cómo utilizar las micropipetas Pasos

La ilustración siguiente explica lo que se suele enseñar (o por lo menos se enseñaba) en las prácticas de laboratorio:

Se aprieta el émbolo hasta el primer tope.
Se introduce la punta y se aspira el contenido previamente ajustado en la micropipeta. Con cuidado de no generar burbujas.
A la hora de verter el volumen aspirado, se aprieta hasta el primer tope.
Presionar hasta el segundo tope para soltar el volumen completamente.
Se desecha la punta en el recipiente correspondiente después de terminar.

Esto es lo que se suele aprender. Pero luego depende de las marcas y de cómo absorben los volúmenes. Incluso de las diferentes micropipetas dentro de la misma marca.

El dibujo, si se recuerda de cuando se daban prácticas, pertenece a unas micropipetas tipo Gilson. Algo rudas en su manejo, pero eficaces al fin y al cabo. Lo que quería saber y comentar es cómo las soléis usar. Así se puede aprender un poco y mejorar las técnicas. Veremos que existen muchas variantes sobre cómo utilizar las micropipetas .

Por ejemplo, en mi micropipeta de 12 canales se aconseja el uso en el manual de instrucciones. Allí se explica que lo mejor es apretar hasta el segundo émbolo y luego absorber el volumen resultante (previamente seleccionado el volumen, claro). Se vierte hasta el primer tope y , en las sucesivas pasadas, sólo se debe apretar hasta el primer tope y verter apretando siempre hasta el primer tope. Curioso esto del pipeteo ¿no?

Escuchando: Podcast número 15 de iCharlas

Alga descubierta por la Universidad de León

La verdad es que estaría mucho antes de que apareciéramos los humanos en la faz de la tierra, pero se ha descubierto una nueva especie de alga de agua dulce en la laguna de Constanzana, en Ávila. El hallazgo ha sido llevado a cabo por el grupo del área de Ecología del Departamento de Biodiversidad y Gestión Ambiental, en la Universidad de León . Se trata de la primera descripción de una nueva diatomea, un género de algas, conseguida en España en los últimos dos años. Tiene un tamaño de cinco micras, por lo que es imperceptible al ojo humano.
El nombre para esta nueva especie es Eolimna becaresii y contiene el apellido del responsable del área de Investigación, Eloy Bécares.

Fuente: BLANCO, S., NOVAIS, M.H., HOFFMANN, L. & ECTOR, L. Eolimna becaresii sp. nov., a new diatom taxon from a Spanish shallow lake. Diatomea research 2009. 487–494